Nidovirales

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Systematik
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Die Ordnung Nidovirales umfasst vier Familien von Viren mit einem nicht-segmentierten, einzelsträngigen RNA-Genom von positiver Polarität. Der Name leitet sich von {{#invoke:Vorlage:lang|full|CODE=la |SCRIPTING=Latn |SERVICE=lateinisch}} ab, was auf die geschachtelten (engl. {{#invoke:Vorlage:lang|flat}}) messenger-RNAs der Nidovirales anspielt. Die drei Familien der Nidovirales unterscheiden sich hinsichtlich der Struktur und Funktion der viralen Replikase (RNA-Polymerase) von allen anderen RNA-Viren. Aufgrund von Strukturuntersuchungen dieser Replikasen sprach man zunächst von einer „Coronavirus-like superfamily“<ref>Snijder EJ, Spaan WJM: The coronavirus-like superfamily. In: Sidell SG (Hrsg.): The Coronaviridae, Plenumpress, New York 1995</ref> Dies ist der Grund einer sonst nicht vorgenommenen Zusammenfassung anderer Familien in eine Ordnung.
Die Vertreter der Nidovirales verursachen wichtige Infektionen bei Säugetieren (besonders die Familie Coronaviridae). Lediglich die Familie Roniviridae wird nur bei Krustentieren gefunden.

Genom

Die Nidovirales haben vergleichsweise große RNA-Genome von 13–16 kb (Arterivirus) bis zu 28–31 kb (Coronaviridae). In dieser Unterfamilie befindet sich auch jenes Virus mit dem bislang größten bekannten nicht-segmentierten RNA-Genom, das Maus-Hepatitisvirus (MHV) mit einer Größe von 31.526 nt.<ref>Referenzsequenz des MHV-Genoms</ref> Die genomische RNA der Nidovirales ist polyadenyliert und besitzt (außer bei der Gattung Okavirus) eine Cap-Struktur an ihrem 5'-Ende. Typisch ist die Strategie der Nidovirales bei der Transkription der viralen mRNAs. Die verschiedenen Transkripte mindestens eines Leserahmens besitzen das gleiche polyA-Ende, jedoch verschiedene Startpunkte, sie sind daher polycistronische (nested) mRNAs.

Systematik

Nach Vorgabe des ICTV mit Stand März 2020 gliedern sich die Nidovirales wie folgt:<ref name="ICTV_MSL#35" />

• Ordnung Nidovirales

• Unterordnung Abnidovirineae

• Familie Abyssoviridae

• Unterfamilie Tiamatvirinae

• Genus Alphaabyssovirus

• Subgenus: Aplyccavirus

• Familie Arteriviridae

• Unterfamilie Crocarterivirinae

• Genus Muarterivirus

• Unterfamilie Equarterivirinae

• Genus Alphaarterivirus (früher Spezies Alphaarterivirus equid alias Equartevirus mit Equine arteritis virus<ref>NCBI: Equine arteritis virus (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)

• Unterfamilie Heroarterivirinae

• Genus Lambdaarterivirus (mit Spezies Lambdaarterivirus afriporav inkl. African pouched rat arterivirus<ref>NCBI: African pouched rat arterivirus (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)

• Unterfamilie Simarterivirinae (frühere Gattung Simartevirus)<ref>SIB: Simartevirus, auf: ViralZone</ref>

• Genus Deltaarterivirus

• Subgenus: Hedartevirus (mit Spezies Deltaarterivirus hemfev inkl. Simian hemorrhagic fever virus<ref>NCBI: Simian hemorrhagic fever virus (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)

• Genus Epsilonarterivirus

• Subgenus: Sheartevirus

• Spezies Simian hemorragic fever virus (alias Epsilonarterivirus hemcep, SHEV)

• Genus Etaarterivirus
• Genus Iotaarterivirus

• Subgenus: Debiartevirus (mit Spezies Iotaarterivirus debrazmo inkl. DeBrazza's monkey arterivirus<ref>NCBI: DeBrazza's monkey arterivirus (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)
• Subgenus: Kigiartevirus
• Subgenus: Pedartevirus

• Genus Thetaarterivirus

• Subgenus: Kaftartevirus
• Subgenus: Mitartevirus

• Genus Zetaarterivirus

• Unterfamilie Variarterivirinae

• Genus Betaarterivirus

• Subgenus: Ampobartevirus

• Spezies PRRS-2-Virus (engl. Betaarterivirus suid 2)

• Subgenus: Chibartevirus
• Subgenus: Eurpobartevirus

• Spezies PRRS-1-Virus (engl. Betaarterivirus suid 1)

• Genus Gammaarterivirus (mit Spezies Gammaarterivirus lacdeh mit Lactate dehydrogenase-elevating virus<ref>NCBI: Lactate dehydrogenase-elevating virus (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)
• Genus Nuarterivirus

• Unterfamilie Zealarterivirinae (frühere Gattung Nesartevirus)

• Genus Kappaarterivirus

• Unterfamilie nicht klassifiziert

• Spezies „Porcine reproductive and respiratory syndrome virus“ (PRRSV, vorgeschlagen)<ref>NCBI: [1] (species)</ref><ref name="Shi2016" />
• Spezies „Southwest baboon virus 1“ (vorgeschlagen)<ref>NCBI: Southwest baboon virus 1 (species)</ref><ref name="Shi2016" />

Aufgrund der Reorganisation dieser Familie gibt es die früheren Gattungen Dipartevirus, Nesartevirus, Porartevirus und Simartevirus nicht mehr.

• Familie Cremegaviridae

• Unterfamilie Rodepovirinae

• Genus Pontunivirus

• Familie Gresnaviridae

• Unterfamilie Reternivirinae

• Genus Cyclophivirus

• Familie Olifoviridae

• Unterfamilie Gofosavirinae

• Genus Kukrinivirus

• Unterordnung Cornidovirineae

• Familie Coronaviridae

• Unterfamilie Letovirinae

• Genus Alphaletovirus

• Subgenus: Milecovirus (mit Spezies: Microhyla letovirus 1)

• Unterfamilie Orthocoronavirinae

• Genus Alphacoronavirus

• Subgenus: Colacovirus
• Subgenus: Decacovirus
• Subgenus: Duvinacovirus (mit Spezies Human coronavirus 229E)
• Subgenus: Luchacovirus
• Subgenus: Minacovirus
• Subgenus: Minunacovirus (mit Spezies Bat coronavirus HKU8)
• Subgenus: Myotacovirus
• Subgenus: Nyctacovirus
• Subgenus: Pedacovirus (mit Spezies Feline infectious peritonitis virus)
• Subgenus: Rhinacovirus
• Subgenus: Setracovirus (mit Spezies Human coronavirus NL63)
• Subgenus: Soracovirus
• Subgenus: Sunacovirus
• Subgenus: Tegacovirus (mit Spezies Porcine epidemic diarrhea virus)

• Genus Betacoronavirus

• Subgenus: Embecovirus (mit Spezies Human coronavirus HKU1 und Betacoronavirus 1 inkl. Human coronavirus OC43)
• Subgenus: Hibecovirus
• Subgenus: Merbecovirus (mit Spezies MERS-Coronavirus)
• Subgenus: Nobecovirus
• Subgenus: Sarbecovirus (mit Spezies SARS-Coronavirus inkl. SARS-CoV-2)

• Genus Gammacoronavirus

• Subgenus: Brangacovirus
• Subgenus: Cegacovirus (mit Spezies Beluga Whale coronavirus SW1)
• Subgenus: Igacovirus (mit Spezies Avian coronavirus alias Avian infectious bronchitis virus)

• Genus Deltacoronavirus

• Subgenus: Andecovirus (mit Spezies Wigeon coronavirus HKU20)
• Subgenus: Buldecovirus (inkl. früherem Subgenus Moordecovirus – mit Spezies Common moorhen coronavirus HKU21 und „Sparrow coronavirus HKU17“ – vorgeschlagen<ref>NCBI: Sparrow coronavirus HKU17 (species)</ref><ref name="Shi2016" />)
• Subgenus: Herdecovirus

• Unterordnung Mesnidovirineae

• Familie Medioniviridae

• Unterfamilie Medionivirinae

• Genus Turrinivirus

• Subgenus: Beturrivirus (mit Spezies Turrinivirus 1 inkl. Beihai Nido-like virus 1)

• Unterfamilie Tunicanivirinae

• Genus Bolenivirus

• Subgenus: Balbicanovirus

• Familie Mesoniviridae

• Unterfamilie Hexponivirinae

• Genus Alphamesonivirus

• Subgenus: Casualivirus
• Subgenus: Enselivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 8 inkl. Nse virus)
• Subgenus: Hanalivirus
• Subgenus: Kadilivirus
• Subgenus: Karsalivirus
• Subgenus: Menolivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 9 inkl. Meno virus)
• Subgenus: Namcalivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 1 inkl. Nam Dinh virus)
• Subgenus: Ofalivirus

• Unterordnung Monidovirineae

• Familie Mononiviridae

• Unterfamilie Mononivirinae

• Genus Alphamononivirus

• Subgenus: Dumedivirus

• Unterordnung Nanidovirineae

• Familie Nanghoshaviridae

• Unterfamilie Chimanivirinae

• Genus Chimshavirus

• Familie Nanhypoviridae

• Unterfamilie Hyporhamsavirinae

• Genus Sajorinivirus

• Unterordnung Ronidovirineae

• Familie Euroniviridae

• Unterfamilie Ceronivirinae

• Genus Charybnivirus

• Subgenus: Cradenivirus (mit Spezies Charybnivirus 1 inkl. Beihai Nido-like virus 2<ref>NCBI: Beihai Nido-like virus 2 (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)
• Subgenus: Wenilivirus (mit Spezies Decronivirus 1 inkl. Wenling nido-like virus 1<ref>NCBI: Wenling nido-like virus 1 (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)

• ohne Gattungszuordnung:

• Spezies Wenzhou Nido-like virus 1<ref>NCBI: Wenzhou Nido-like virus 1 (species)</ref><ref name="Shi2016" />

• Unterfamilie Crustonivirinae

• Genus Paguronivirus

• Subgenus: Behecravirus (mit Spezies Paguronivirus 1 inkl. Beihai hermit crab virus 4<ref>NCBI: Beihai hermit crab virus 4 (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)

Datei:Roniviridae genome.svg

Genomkarte der Familie Roniviridae

• Familie Roniviridae<ref>SIB: Roniviridae, auf: ViralZone</ref>

• Unterfamilie Okanivirinae

• Genus Okavirus<ref>SIB: Okavirus, auf: ViralZone</ref>

• Subgenus: Tipravirus (mit Spezies Okavirus 1,Gill-associated virus<ref>NCBI: Gill-associated virus (species)</ref><ref>ICTV: ICTV Taxonomy history: Gill-associated virus, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)</ref> und Yellow head virus<ref>ThermoFisher: Gelbkopfvirus (YHV), in: Tierkrankheiten – Aquakultur/Fisch</ref><ref>A.R. Ochoa-Meza et al.: Evaluation of a detection system of yellow head disease virus (YHV) using Q-PCR, in: Archives of Biological Sciences 65(4), S. 1629–1636, Januar 2013, doi:10.2298/ABS1304629O</ref><ref>OIE: CHAPTER 2.2.9. Infection With Yellow Head Virus Genotype 1 Infection with yellow head virus genotype 1 means infection with the pathogenic agent yellow head virus genotype 1 (YHV1) of the Genus Okavirus and Family Roniviridae, in: Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals, 19. August 2019</ref><ref>Cesar B. Nadala Jr et al.: {{#if:20191102172651

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  }}, in: Dis Aquat Org, Band 31, S. 141–146, 20. November 1997</ref><ref>Y. Lu et al.: Infection of the yellow head baculo‐like virus (YBV) in two species of penaeid shrimp, Penaeus stylirostris (Stimpson) and Penaeus vannamei (Boone), in: Journal of Fish Diseases, November 1994, doi:10.1111/j.1365-2761.1994.tb00263.x (taxonomische Zuordnung offenbar veraltet)</ref>)

• Unterordnung Tornidovirineae

• Familie Tobaniviridae

• Unterfamilie Piscanivirinae

• Genus Bafinivirus (früher zu Coronaviridae:Torovirinae)

• Subgenus: Blicbavirus (mit Spezies Güster-Virus en. {{#invoke:Vorlage:lang|flat}}<ref name="Shi2016" />)
• Subgenus: Pimfabavirus (mit Spezies Goldelritzen-Nidovirus en. {{#invoke:Vorlage:lang|flat}})

• Genus Oncotshavirus

• Subgenus: Salnivirus (mit Spezies Königslachs-Bafinivirus en. {{#invoke:Vorlage:lang|flat}})

• Unterfamilie Remotovirinae

• Genus Bostovirus

• Subgenus: Bosnitovirus

• Unterfamilie Serpentovirinae

• Genus Infratovirus

• Subgenus: Hepoptovirus
• Subgenus: Xintolivirus (mit Spezies Infratovirus 1 inkl. Xinzhou toro-like virus<ref>NCBI: Xinzhou toro-like virus (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)

• Genus Lyctovirus

• Subgenus: Rebatovirus

• Genus Pregotovirus (inkl. früherem Genus Tiruvirus)

• Subgenus: Roypretovirus (mit Spezies Ball python nidovirus 1<ref name="Shi2016" />)
• Subgenus: Snaturtovirus
• Subgenus: Tilitovirus

• Genus Sectovirus

• Subgenus: Sanematovirus (mit Spezies Sectovirus 1 inkl. Xinzhou nematode virus 6<ref>NCBI: Xinzhou nematode virus 6 (no rank)</ref><ref name="Shi2016" />)

• Unterfamilie Torovirinae (früher zu Fam. Coronaviridae)

• Genus Torovirus

• Subgenus: Renitovirus (mit Spezies Porcine torovirus<ref name="Shi2016" /> und Bovine torovirus inkl. Breda virus<ref>NCBI: Breda virus (no rank)</ref>)

• Unterordnung nicht klassifiziert

• „ShiM-2016 Nido-like viruses“<ref>NCBI: unclassified RNA viruses ShiM-2016 (nur Nido-ähnliche Kandidaten)</ref>

• Spezies Hubei tetragnatha maxillosa virus 7<ref>NCBI: Hubei tetragnatha maxillosa virus 7 (species)</ref><ref name="Shi2016" /><ref name="Medd2018-VE" /><ref name="Medd2018-UE" />
• Spezies Wuhan insect virus 19<ref>NCBI: Wuhan insect virus 19 (species)</ref><ref name="Shi2016" /><ref name="Medd2018-VE" /><ref name="Medd2018-UE" />
• Spezies Wuhan nido-like virus 1<ref>NCBI: Wuhan nido-like virus 1 (species)</ref><ref name="Shi2016" /><ref name="Medd2018-VE" /><ref name="Medd2018-UE" />
• Spezies Fuefuki virus<ref>NCBI: Fuefuki virus (species)</ref><ref name="Medd2018-VE" /><ref name="Medd2018-UE" />

Im folgenden Kladogramm nach Mang Shi et al. (2016) wurden die Bezeichnungen gemäß ICTV MSL #35 (Stand März 2020) aktualisiert:<ref name="Shi2016">Mang Shi, Xiabn-Dan Lin, Jun-Huia Tian et al.: Redefining the invertebrate RNA virosphere, in: Nature 540, S. 539–543, 23. November 2016, doi:10.1038/nature20167, via ResearchGate (Volltext), Supplement (PDF)</ref><ref name="ICTV_MSL#35" />

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Literatur

• A. M. Q. King, M. J. Adams, E. B. Carstens, Elliot J. Lefkowitz (Hrsg.): Virus Taxonomy. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Amsterdam 2012, ISBN 978-0-12-384684-6, S. 785–795
• C. M. Fauquet, M. A. Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, London, San Diego, 2005
• David M. Knipe, Peter M. Howley et al. (Hrsg.): Fields' Virology, 4. Auflage, Philadelphia 2001

Weblinks

• Nidovirales: Familien, Genera und Spezies (NCBI)
• Chris Lauber, Xiaoyu Zhang, Josef Vaas, Franziska Klingler, Pascal Mutz, Arseny Dubin, Thomas Pietschmann, Olivia Roth, Benjamin W. Neuman, Alexander E. Gorbalenya, Ralf Bartenschlager, Stefan Seitz: Deep mining of the Sequence Read Archive reveals major genetic innovations in coronaviruses and other nidoviruses of aquatic vertebrates. In: PLoS Pathogenes, Band 20, Nr. 4, 22. April 2024, e1012163; doi:10.1371/journal.ppat.1012163 ({{#invoke:Vorlage:lang|full|CODE=en|SCRIPTING=Latn|SERVICE=englisch}}). Dazu:
  • Scientists Uncover New Nidoviruses That Could Cause the Next Pandemic. Auf: SciTechDaily vom 26. Mai 2024. Quelle: Deutsches Krebsforschungszentrum.

Belege

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