Aufgrund der politischen Verhältnisse in den Nachkriegsjahren erschien es den Brüdern Schuke ratsam, im Westteil von Berlin ein weiteres Standbein zu haben. Somit wurde 1950 durch den Mitarbeiter Ernst Bittcher die Berliner Orgelbauwerkstatt als Ableger der Potsdamer Firma gegründet. Im Jahr 1953 übernahm Karl Schuke die alleinige Unternehmensführung der Berliner Werkstatt, die somit auch zur Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt GmbH umbenannt wurde. Bis 1966 wurde in der Werkstatt einer ehemaligen Tischlerei in Berlin-Lichterfelde gearbeitet. Noch in diesem Jahr wurde in Berlin-Zehlendorf ein neues Werkstattgebäude gebaut.
Im Jahr 1976 kam es zu einer Neuordnung der Geschäftsführung mit Mitarbeitern als Gesellschafter. Im Jahr 1987 verstarb Karl Schuke im Alter von 80 Jahren. Da keines der vier Kinder von Karl Schuke in das Unternehmen einsteigen wollte bzw. konnte, lag die Fortführung des Unternehmens nun in der Hand der Gesellschafter. Auch bis zum heutigen Tage werden in der Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt Neubauten und Restaurierungen durchgeführt. Martin Schwarz trat als Geschäftsführer im September 2021 zurück. Von März 2022 bis Juni 2022 leitete Stephan Märker die Firma sowie von August 2023 bis Juni 2024 Pascal Speier. Von Juni 2024 bis Mai 2025 übernahm Martin Schwarz erneut interimsmäßig die Leitung.<ref>Registerportal | Chronologischer Abdruck Amtsgericht Berlin (Charlottenburg) HRB 11116. Abgerufen am 28. April 2026.</ref>
Seit August 2025 leitet Timo Zwick die Firma<ref>Registerportal | Chronologischer Abdruck Amtsgericht Berlin (Charlottenburg) HRB 11116. Abgerufen am 28. April 2026.</ref>, der in Berlin bereits in andere Geschäftsmodelle wie u. a. Saunaclubs<ref>Siegessäule1216. 29. November 2016, abgerufen am 28. April 2026 (Lua-Fehler in Modul:Multilingual, Zeile 153: attempt to index field 'data' (a nil value)).</ref> investierte. Im Dezember 2025 kaufte die Birkenstein Global Consulting UG<ref>Registerportal | Dokumentenansicht Amtsgericht Berlin (Charlottenburg) HRB 11116. Abgerufen am 28. April 2026.</ref> die Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt, sodass nun keine Angehörigen der Familie Schuke und keine Mitarbeiter mehr als Gesellschafter beteiligt sind.
Werkliste (Auswahl)
Orgeln der Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt GmbH werden mittlerweile in der ganzen Welt gespielt. Bis zum Ausscheiden aus der Alexander Schuke Potsdam Orgelbauanstalt im Dezember 1952 war Karl Schuke auch dort maßgeblich beteiligt an Bestandsaufnahmen, Reparaturen, Wiederaufbauten zerstörter Orgeln und zahlreichen Neubauten. Zu seinen Arbeiten in Deutschland gehören unter anderem die nachfolgend aufgeführten.
In der sechsten Spalte der Tabelle bezeichnet die römische Zahl die Anzahl der Manuale, ein großes „P“ ein selbstständiges Pedal, ein kleines „p“ ein nur angehängtes Pedal und die arabische Zahl in der siebten Spalte die Anzahl der klingenden Register.
Disposition von Karl Schuke und Landeskirchenmusikdirektor Artur Kalkoff<ref>Wolfgang Runge: Kirchen im Oldenburger Land. Band III: Kirchenkreise Oldenburg 1 und 2. Oldenburg 1988, ISBN 3-87358-298-8, S. 322f.</ref>
mit Koppelmanual; 2004 durch den Orgelbaumeister Amadeus Junker in der Epiphanias-Kirche in Bochum mit einem neuen Prospekt wiederaufgebaut<ref>orgel-information.de</ref>
Gefertigt nach einer Disposition des Kantors M.H. Hoffmann; der Prospekt gleicht dem der Vorgängerorgel von 1928 des Orgelbauers Weigle und berücksichtigt das Rundfenster in der Giebelwand
Orgel mit 35 Registern, aus sieben Reihen, drei Transmissionen und einem Vorabzug, verteilt auf
zwei Manuale und Pedal
mit elektrischer Ton- und Registertraktur
Festgottesdienst zur Indienststellung der Orgel am 2. Oktober 2022<ref>Orgel in Kleinmachnow, Neue Kirche, abgerufen am 18. Juli 2023.</ref>