Hottinger studierte Theologie in Zürich und Leipzig und bekleidete eine Lehrerstelle an der Töchterschule, hierauf eine Professur an der Kunstschule seiner Vaterstadt.
Als Erziehungsrat, Mitglied des Grossen Rats und Regierungsrats machte er sich besonders um das Schulwesen verdient. Später wurde er ausserordentlicher, 1844 ordentlicher Professor der Geschichte an der Universität. 1834 wurde ihm bereits die Ehrendoktorwürde verliehen. 1813 nahm ihn die FreimaurerlogeModestia cum libertate in Zürich auf.
Nach dem Tod Robert Glutz von Blotzheims setzte er Johannes von MüllersDer Geschichten Schweizerischer Eidgenossenschaft mit dem Untertitel: Geschichte der Eidgenossen während der Zeiten der Kirchentrennung – Erste und zweyte Abtheilung (sechster und siebenter Band, Zürich 1825 und 1829) fort.
Geschichte der Republik Zürich (Band 3, Zürich 1856).
Ausserdem redigierte er die Schweizer Monatschronik und gab mit Vögeli Heinrich BullingersReformationsgeschichte (1840, 3 Bde.), mit Escher das Archiv für Schweizer Geschichte und Landeskunde (Zürich 1827–1829, 3 Bde.) und mit Wackernagel und Gerlach ein Schweizerisches Museum für historische Wissenschaften (1837–1839, 3 Bde.) heraus.