Epicocconon

Vorlage:Infobox Chemikalie

Epicocconon ist ein Fluoreszenzfarbstoff aus dem Pilz Epicoccum nigrum.<ref>P. J. Bell, P. Karuso: Epicocconone, a novel fluorescent compound from the fungus epicoccumnigrum. In: Journal of the American Chemical Society. Band 125, Nummer 31, August 2003, S. 9304–9305, Vorlage:DOI, PMID 12889954.</ref>

Eigenschaften und Verwendung

Das wasserlösliche Epicocconon fluoresziert schwach grünlich (λ_em = 520 nm) in seiner protonierten Form, nach Bindung eines Proteins verschiebt sich die maximale Fluoreszenz zu einer Wellenlänge von 605 nm.<ref>J. A. Mackintosh, D. A. Veal, P. Karuso: Fluoroprofile, a fluorescence-based assay for rapid and sensitive quantitation of proteins in solution. In: Proteomics. Band 5, Nummer 18, Dezember 2005, S. 4673–4677, doi:10.1002/pmic.200500095, PMID 16267819.</ref> Das Absorptionsmaximum liegt bei 395 nm.<ref>J. A. Mackintosh, H. Y. Choi, S. H. Bae, D. A. Veal, P. J. Bell, B. C. Ferrari, D. D. Van Dyk, N. M. Verrills, Y. K. Paik, P. Karuso: A fluorescent natural product for ultra sensitive detection of proteins in one-dimensional and two-dimensional gel electrophoresis. In: Proteomics. Band 3, Nummer 12, Dezember 2003, S. 2273–2288, doi:10.1002/pmic.200300578, PMID 14673778.</ref> Bei Zugabe von Base wird ein Proton abgegeben. Das resultierende Anion verliert jedoch die Fähigkeit zu fluoreszieren:

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Der Farbstoff kann mit primären Aminen reagieren. Dies wird in der Biochemie im Rahmen einer Proteincharakterisierung genutzt, um Proteine anzufärben, insbesondere bei der Mengenbestimmung in Lösungen,<ref>J. A. Mackintosh, D. A. Veal, P. Karuso: Fluoroprofile, a fluorescence-based assay for rapid and sensitive quantitation of proteins in solution. In: Proteomics. Band 5, Nummer 18, Dezember 2005, S. 4673–4677, doi:10.1002/pmic.200500095, PMID 16267819.</ref> zur Verfolgung einer Proteolyse,<ref>P. Karuso, A. S. Crawford, D. A. Veal, G. B. Scott, H. Y. Choi: Real-time fluorescence monitoring of tryptic digestion in proteomics. In: Journal of proteome research. Band 7, Nummer 1, Januar 2008, S. 361–366, doi:10.1021/pr0704480, PMID 18052032.</ref> bei der SDS-PAGE,<ref name="Rehm">Hubert Rehm, Thomas Letzel: Der Experimentator: Proteinbiochemie / Proteomics. 6. Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2009. ISBN 978-3-8274-2312-2. S. 18, 28.</ref> bei der 2D-Gelelektrophorese mit In-Gel-Verdau und massenspektrometrischer Analyse,<ref>D. R. Coghlan, J. A. Mackintosh, P. Karuso: Mechanism of reversible fluorescent staining of protein with epicocconone. In: Organic letters. Band 7, Nummer 12, Juni 2005, S. 2401–2404, doi:10.1021/ol050665b, PMID 15932208.</ref><ref>N. S. Tannu, G. Sanchez-Brambila, P. Kirby, T. M. Andacht: Effect of staining reagent on peptide mass fingerprinting from in-gel trypsin digestions: a comparison of SyproRuby and DeepPurple. In: Electrophoresis. Band 27, Nummer 15, August 2006, S. 3136–3143, doi:10.1002/elps.200500740, PMID 16800026.</ref> sowie als Ladekontrolle bei Western Blots (Nachweisgrenze 1 ng nach 40 Minuten).<ref name="PMID 24339236">C. P. Moritz, S. X. Marz, R. Reiss, T. Schulenborg, E. Friauf: Epicocconone staining: a powerful loading control for Western blots. In: Proteomics, Band 14, Nummer 1–2, Februar 2014, S. 162–168, doi:10.1002/pmic.201300089, PMID 24339236.</ref><ref name="Rehm" /> Die Färbung ist reversibel und kompatibel mit einer Immunfärbung oder Massenspektrometrie. Bei der Reaktion bildet sich ein intensives, rot-fluoreszierendes Enamin.<ref>D. R. Coghlan et al. : Mechanism of reversible fluorescent staining of protein with epicocconone. In: Org Lett. 7, Nr. 12, 2005, S. 2401–2404, PMID 15932208.</ref> Sollten die Proteine aber in einem zu basischem Milieu vorliegen, wird das Enaminprodukt deprotoniert und verliert seine fluoreszenten Eigenschaften.

Datei:Epicocconone protein.svg

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Synthetische Variante

Datei:Epicoccum nigrum 80352.jpg

Epicoccum nigrum (dunkel)

Neben der natürlichen Variante aus dem Pilz existiert der Farbstoff mittlerweile auch als synthetisches Produkt.<ref>A. Boulange, P. A. Peixoto, X. Franck: Diastereoselective IBX oxidative dearomatization of phenols by remote induction: towards the epicocconone core framework. In: Chemistry. Band 17, Nummer 37, September 2011, S. 10241–10245, doi:10.1002/chem.201101681, PMID 21809405.</ref> Bezüglich der Färbeeigenschaften von Proteinen gibt es keine Unterschiede zwischen der natürlichen und der synthetischen Variante.<ref name="PMID 24339236" />

Weblinks

fluorophores.tugraz.at: Epicocconone

Einzelnachweise