Bei einer Restaurierung wurde die Baunummer 1 des Orgelbaumeisters identifiziert und seine Geschichte erforscht. Diese Orgel wurde am 24. September 1745 im Franziskanerkloster Ellingen fertiggestellt. Nach der Schließung des Klosters durch Feldmarschall Carl Philipp von Wrede im Jahre 1818 und der Säkularisation wurde die Orgel an die Pfarrkirche von Walting abgegeben. Nach mehrfachen Umbauten und Modernisierungen verfiel die Orgel und galt als kaum mehr spielbar. Deshalb wurde sie 1999 durch einen Neubau ersetzt. Die Orgel kam schließlich in das Orgelzentrum Valley und wurde dort von Sixtus Lampl restauriert.
2013 Neubau durch Orgelbau Linder mit II/24 unter Beibehaltung der noch vorhandenen Anton-Bayr-Substanzen (Pfeifenwerk, Gehäuse, Dächer, Rückwand etc.). → Orgel
um 1770<ref>Georg Brenninger: Orgeln in Altbayern. Bruckmann, München 1978, S. 60.</ref>
Prospekt mit Engelskonzert von Christian Jorhan d. Ä.<ref>Monika Soffner-Loibl: Mallersdorf – Ehem. Benediktinerabteikirche und Pfarrkirche St. Johannes Ev. Kunstverlag Peda, Passau 2009, ISBN 978-3-89643-752-5. S. 21f.</ref> 1895 Neubau von Binder und Siemann im historischen Gehäuse von 1783 1985 Neubau von Manfred Mathis im historischen Gehäuse von 1783 → Orgel