Seine Neigung war, schon durch seine Erziehung, von Anfang an auf religiöse Themen gerichtet, doch wollte er der religiösen Malerei, im Zusammenhang mit der realistischen Kunstanschauung seiner Zeit, einen nationalen Inhalt geben. In Werken wie Die Auferweckung des Lazarus (1896) behandelte er die biblischen Szenen vom Standpunkt der niederländischen und deutschen Meister des 15. und 16. Jahrhunderts, indem er den Figuren nicht nur die Tracht und die äußere Erscheinung der Menschen jener Epoche gab, sondern sie auch nach den künstlerischen Mustern der Zeit charakterisierte.
Meyers Großes Konversations-Lexikon von 1907 bewertete sein Werk entsprechend: „Was er dadurch an Tiefe, Schlichtheit und Wahrheit der Empfindung gewann, gab er an Schönheit und Idealität der Darstellung auf, weshalb seine Schöpfungen ebenso heftige Gegner wie eifrige Bewunderer gefunden haben. Doch haben sich in neuerer Zeit diese Gegensätze durch den Umschwung der Kunstanschauung zum Realismus ausgeglichen, und der Ernst Gebhardtscher Darstellung findet allgemeine Anerkennung.“<ref></ref>
Er gehörte zur Auswahl zeitgenössischer Künstler, die das „Komité zur Beschaffung und Bewertung von Stollwerckbildern“ dem Kölner Schokoladeproduzenten Ludwig Stollwerck zur Beauftragung für Entwürfe vorschlug.<ref>Detlef Lorenz: Reklamekunst um 1900. Künstlerlexikon für Sammelbilder. Reimer-Verlag, 2000.</ref> Zur Jahrhundertwende 1900 entwarf Eduard Gebhardt das Lukas-Schutzzeichen für alle Produkte der Lukas Künstlerfarben der Künstlerfarben- und Maltuchfabrik Dr. Fr. Schoenfeld & Co. in Düsseldorf.<ref><templatestyles src="Webarchiv/styles.css" />Gestaltung des Zeichen der Lukas Farben. (Memento vom 19. April 2015 im Internet Archive) bitverlag.de; abgerufen am 1. Oktober 2019.</ref>
Das letzte Abendmahl (1870, Berliner Nationalgalerie; Hauptwerk, in welchem die realistischen Neigung des Malers mit der Würde des religiösen Motivs als glücklich vereinigt gilt),
Jesus und die Jünger auf dem stürmischen Meer, 1902, verschollen.
Von seinen Bildern über Themen aus der Reformationszeit sind zu nennen: Religionsgespräch, Der Reformator bei der Arbeit, Deutsche Hausfrau, Die Klosterschüler (1882).
Wilhelmine Bertha Emma, genannt Minna von Gebhardt (* 4. September 1873; † 1939)<ref>Grabstein befindet sich auf dem Nordfriedhof Düsseldorf</ref>
Wilhelm Gregor Ferdinand Eduard von Gebhardt (* 23. Januar 1876; † 8. Oktober 1909 in Breslau), Königlich Preußischer Regierungs-Assessor. Dessen Sohn war der Kaufmann und Politiker Anno von Gebhardt.
Elisabeth Paula Lina, genannt Betti von Gebhardt (* 18. Oktober 1877; † 8. Mai 1911 in Bonn). Sie heiratete den Oberregierungsrat Max von Walther (1858–1921). Deren Sohn war der Diplomat Gebhardt von Walther.
Bettina Baumgärtel: Eduard von Gebhardt und die religiöse Malerei der Düsseldorfer Malerschule. In: Johannes Myssok (Hrsg.): Die Kunstakademie Düsseldorf 1773–2023. Kunstgeschichte einer Institution. Deutscher Kunstverlag, Berlin 2023, ISBN 978-3-422-80165-3, S. 121–138.
Dietrich Bieber, Ekkehard Mai: Gebhardt und Janssen – Religiöse und Monumentalmalerei im späten 19. Jahrhundert. In: Wend von Kalnein: Die Düsseldorfer Malerschule. Verlag Philipp von Zabern, Mainz 1979, ISBN 3-8053-0409-9, S. 165 ff.
Die Archaisten – Eduard von Gebhardt. In: David Koch: Eduard von Gebhardt. Verlag für Volkskunst Rich. Keutel, Stuttgart 1910.
Gernot Blum: Aufbruch in die Moderne – Das Exlibris um 1900. Wiesbaden 1990, ISBN 978-3-922835-19-6.
Erik Thomson, Günter Krüger: Eduard von Gebhardt – Leben und Werk. Lüneburg 1991.
J. H. Schmidt: Eduard von Gebhardt zum Gedächtnis ab S. 75 und R. Graubner: Eduard von Gebhardts Wandmalerei in Kullaaru in Estland ab S. 79 und Eduard von Gebhardts Briefe an die Familie von Petzold. dspace.ut.ee (PDF). In: Beiträge zur Kunde Estlands, herausgegeben von der Estländischen Literarischen Gesellschaft, 1938, 21. Band, Tallin.
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