Zum Inhalt springen

Systematik der Bakterien

aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
Dies ist die aktuelle Version dieser Seite, zuletzt bearbeitet am 29. Januar 2026 um 01:11 Uhr durch imported>SchlurcherBot (Bot: http → https).
(Unterschied) ← Nächstältere Version | Aktuelle Version (Unterschied) | Nächstjüngere Version → (Unterschied)

Die hier wiedergegebene Systematik der Bakterien gilt in der Wikipedia als Referenz; dies betrifft insbesondere die Einträge in Taxoboxen.

Datei:Staphylococcus aureus Bacteria.jpg
Staphylococcus aureus (nachträglich kolorierte REM-Aufnahme)

Die taxonomische Aufteilung der Bakterien und Archaeen ist umstritten. Anfangs nur durch Aussehen und Physiologie klassifiziert, wird heute aufgrund neuer Möglichkeiten allgemein die Einteilung mittels phylogenetischer Analyse akzeptiert, wie es Carl Woese (1977, 1990) vorgeschlagen hat.<ref name="Woese1977" /><ref name="Woese1990" />

Die Erstbeschreibung von Bakteriengattungen, -arten und Taxa höherer Rangstufen hat nach einer festgelegten Prozedur zu erfolgen.<ref name="Tindall2006" /> Ein Taxon bzw. dessen Name erlangt nur Gültigkeit durch Erstpublikation oder Revision im International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM). Der aktuelle Stand, welche Taxa bzw. deren Namen diesbezüglich anerkannt sind, kann in der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN),<ref name="Euzéby1997" /> gepflegt durch Jean P. Euzéby und seit Juli 2013 weitergeführt durch Aidan C. Parte, eingesehen werden. Diese Namen entsprechen den Anforderungen des 1980 reformierten Internationalen Codes der Nomenklatur von Bakterien (ICNB),<ref name="ICNB_1990" /> d. h. jeder dieser Namen benennt ein eindeutig anhand seines hinterlegten Typusmaterials identifizierbares Taxon. Diese Namen werden generell nicht in Anführungszeichen gesetzt.

Datei:Phylogenetic tree.svg
Phylogenetischer Baum basierend auf rRNA-Genen nach Carl Woese, (1990)<ref name="Woese1990" />
Datei:Elife-66695-figures-v2 p28-bacteria.svg
Phylogenetischer Baum basierend auf 27 Markergenen (Moody et al., 2022).
Terrabacteria = Reich Bacillati,
Gracilicutes = Reich Pseudomonadati
Fusobacteria = Reich Fusobacterati.

Darüber hinaus wurde die globale Einteilung (siehe Phylogenetischer Baum) innerhalb der Bakterien reformiert: Die Taxonomie orientiert sich nunmehr auch an Erkenntnissen, die mittels phylogenetischer Analyse, basierend auf Vergleichen von Bakterienerbgut gewonnen werden.<ref name="Woese1985" /> Anfangs wurden hierfür die Nukleotide der 16S rRNA, ein für Prokaryoten typischer Vertreter der ribosomalen RNA, sequenziert und verglichen, mittlerweile werden zusätzlich bisweilen weitere phylogenetische Markergene hinzugezogen. Durch den ICNB wird ein Minimalstandard für die Beschreibung neuer Arten empfohlen, der von den jeweiligen Experten festgelegt wird (Recommendation 30b).<ref name="ICNB_1990" /> Ein derartiger Minimalstandard beinhaltet neben genetischen auch phänotypische und ökologische Merkmale.<ref name="Mattarelli2014" />

Eine aktuelle Zusammenstellung der Taxa aus dieser und zahlreichen weiterführenden Publikationen erscheint in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology.<ref name="Bergey" /> Einige dieser Taxa haben ihre Berechtigung, sind aber bis heute nicht valide publiziert oder anderweitig nicht gemäß den Anforderungen des ICNB definiert. Diese Namen, sowie alle Synonyme, die aktuell gültigen Namen eindeutig zugeordnet werden können, werden in Anführungszeichen gesetzt.

Diese Referenzliste höherer Taxa enthält die Taxa der Rangstufen Domäne (für die Bakterien insgesamt), sowie Phylum (oder Stamm im Sinn einer taxonomischen Rangstufe wie bei Eukaryoten) bis Familie (in Ausnahmen auch darunter). Bei manchen Taxa gibt es widersprüchliche Einträge. Diese wurden auf Stichhaltigkeit geprüft, anhand der Originalliteratur und einer phylogenetischen Analyse.<ref name="Ludwig2004" /><ref name="Pruesse2007" /><ref name="Yarza2008" /> Daher sind einige Abweichungen innerhalb der und von den oben beschriebenen relevanten Veröffentlichungen möglich. Ursachen dafür sind vielfältig und haben ihre Gründe. Eine Änderung einzelner Taxa sollte zunächst diskutiert werden und dann nur mit Angabe der Quelle erfolgen.

Grundlagen

Bakterien und Archaeen können im Gegensatz zu größeren mehrzelligen Eukaryoten nicht leicht in das klassische System der Taxonomie eingefügt werden. Einerseits gibt es keine sexuelle Vermehrung, weshalb der biologische Artbegriff (Ernst Mayr) nicht anwendbar ist, andererseits sind sie so klein, dass eine optische Beschreibung nicht immer wesentliche Erkenntnisse beisteuert, sodass ein phänetischer/morphologischer Artbegriff nur bedingt anwendbar ist. Eine physiologische Beschreibung trug zwar bald zur Klassifizierung bei, konnte jedoch mangels geeigneter Methoden nur eine unvollständige Einteilung bewerkstelligen. Nach der Erfindung der PCR (Polymerase-Kettenreaktion) waren Teile der genetischen Information der einzelnen Organismen zugänglich. Dabei wurde insbesondere die Sequenz der Gene für die RNA-Untereinheiten der ubiquitären Ribosomen als sinnvoller Marker für phylogenetische Analysen entdeckt. Jedes Lebewesen benötigt die in ihrer Entwicklung äußerst konservativen Ribosomen zum Zusammenbau der Proteine. Am erfolgreichsten, wenn auch nicht perfekt, war die Analyse mit Hilfe des Gens der 16S rRNA, Hauptbestandteil der kleinen Untereinheit des Ribosoms. Dadurch eröffneten sich nun ungeahnte Möglichkeiten zur phylogenetischen Analyse der Organismen, zusätzlich zu den bisherigen Methoden. Die Taxonomie der Mikroorganismen konnte überprüft werden – natürlich nicht ohne Auswirkungen. So sind viele bekannte Begriffe in Frage gestellt, aber derzeit noch nicht ganz von neuen abgelöst oder modifiziert, da meist deutlich mehr Arbeit damit verbunden ist, als ein paar Sequenzierungen. Die Systematik der Archaeen ist direkt in den Artikel der Archaeen integriert.

Taxa der Domäne Bakterien, deren Benutzung empfohlen wird

Die folgende Liste folgt LPSN (mit Stand vom 22. Oktober 2020). Taxa sind vom Rang des Phylums bis herunter zur Familie aufgegliedert (mit einigen wenigen Ausnahmen):<ref>LPSN: Domain, §"Bacteria"</ref>

Phylum „Abditibacteriota“

Phylum „Acidobacteria“

Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Phylum Actinomycetota

Phylum „Aminicenantes“

Phylum „Aquificae“

Phylum Atribacterota

Phylum „Armatimonadetes“

Phylum „Bacteroidetes“

Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Phylum „Balneolaeota“

Phylum „Caldiserica“

Phylum „Calditrichaeota“

Phylum „Chlamydiae“

Phylum „Chlorobi“

  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Klasse Dehalococcoidia
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Klasse Ignavibacteria

Phylum „Chloroflexi“

Phylum „Chrysiogenetes“

Phylum „Coprothermobacterota“

Phylum „Cryosericota“

Phylum „Cyanobacteria“

Phylum „Deferribacteres“

Phylum „Deinococcus-Thermus“

Phylum „Dictyoglomi“

Phylum „Elusimicrobia“

Phylum „Fibrobacteres“

Phylum „Firmicutes“

  • Klasse Bacilli (alternativ: Firmibacteria oder Teichobacteria)

Phylum „Fusobacteria“

Phylum „Gemmatimonadetes“

Phylum „Kiritimatiellaeota“

Phylum „Krumholzibacteriota“

Phylum „Lentisphaerae“

Phylum „Margulisbacteria“

Phylum „Mcinerneyibacteriota“

Phylum „Melainabacteria“

Phylum „Nitrospinae“

Phylum Nitrospirota

Phylum „Parcubacteria“

Phylum „Parcunitrobacteria“

Phylum „Peregrinibacteria“

Phylum „Planctomycetes“

Synonym: „Planctobacteria“

  • Klasse Planctomycetia (alternativ: Planctomycea, vorher: Planctomycetacia)

Phylum Pseudomonadota

Klasse Acidithiobacillia

Klasse Alphaproteobacteria

  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Ordnung Magnetococcales
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Ordnung Micropepsales
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Ordnung „Pelagibacterales“

Klasse Betaproteobacteria

Klasse Deltaproteobacteria

Klasse Epsilonproteobacteria

Klasse Gammaproteobacteria

  • Ordnung Enterobacterales (zuvor als Ordnung „Enterobacteriales“ bezeichnet<ref name="Adeolu2016" />)
  • Ordnung Nevskiales (inklusive früherer Ordnung „Salinisphaerales“)

Klasse Hydrogenophilalia

Klasse Oligoflexia

Klasse „Zetaproteobacteria“

Phylum „Rhodothermaeota“

Phylum „Spirochaetae“

Phylum „Synergistetes“

Phylum „Tenericutes“

Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Phylum Thermodesulfobacteriota

(Quelle: <ref>LPSN: Phylum Thermodesulfobacteriota Garrity and Holt 2021.</ref>)

Phylum „Thermomicrobia“

Phylum „Thermotogota“

Alternativ: „Synthermota“ oder „Thermotogaeota“

Phylum „Verrucomicrobia“

(in der GTDB: Verrucomicrobiota)

Taxa, deren Zuordnung nicht oder noch nicht zweifelsfrei feststeht

Die Taxonomie der Bakterien ist Gegenstand zahlreicher, laufender Veränderungen und Verbesserungen aufgrund neuer Erkenntnisse, die einen neutralen, beobachtenden Standpunkt verunmöglichen. Einige höhere Taxa wurden oben nicht berücksichtigt, bei anderen sind in näherer Zukunft Änderungen zu erwarten. Dieser Anhang enthält Kommentare zur Klärung, soweit bekannt:

Phyla bestätigter Gruppen

  • Phylum Firmicutes: Die Stellung vieler Mitglieder dieses Phylums ist derzeit schlecht zu klären. Dabei spielt nicht nur historischer Ballast eine Rolle, sondern auch die eingeschränkten Möglichkeiten der phylogenetischen Analyse. Während einige Mitglieder aus nachvollziehbaren Gründen nur vollkommen falsch klassifiziert waren, kann man in einigen Bereichen weitgehende Änderungen nicht ausschließen. Diese betrifft unter anderem auch das Phylum Deferribacteres. Mit der fortschreitenden Analyse ganzer Genome wird möglicherweise weiter Klarheit geschaffen.
    • Klasse „Bacilli“
      • Ordnung Bacillales
        • Familie Caryophanaceae: Sonstige Gründe
    • Klasse „Clostridia“
      • Ordnung Clostridiales
        • Familie Oscillospiraceae: Die Typusgattung ist der Familie der Ruminococcaceae zugeordnet.
  • Phylum Proteobacteria
    • Klasse Gammaproteobacteria: Die Stellung vieler Mitglieder dieses Phylums ist derzeit schlecht zu klären. Dabei spielt nicht nur historischer Ballast eine Rolle, sondern auch die eingeschränkten Möglichkeiten der phylogenetischen Analyse.
    • Klasse Deltaproteobacteria: Die Familie der Syntrophorhabdaceae ist dieser Klasse zugeordnet, aber bisher noch keiner Ordnung oder Unterordnung.
  • Phylum Tenericutes: Dieses Phylum wurde zusätzlich zur Information der Sequenzen des 16S rRNA Gens durch Unterschiede weiterer phylogenetischer Marker und seine besonderen Eigenschaften von den Firmicutes abgegrenzt. Die Sequenzen des 16S rRNA Gens zeigen direkte Verwandtschaft zur Klasse/Ordnung der „Erysipelotrichi“.
  • Phylum Verrucomicrobia
    • Klasse
      • Ordnung
        • Familie Xiphinematobacteriaceae: Ein Typstamm konnte nicht isoliert werden (syntrophe Bakterien, Parasiten, Endosymbionten oder andere Gründe), daher nicht als Art, sondern als Candidatus definiert. Nach den derzeitigen Regeln des ICSB gibt es dafür keinen validierten Platz in der Taxonomie.<ref name="DeVos2000" /> Vorläufig kein Eintrag.
  • Phylum „Calditrichaeota“: Eine weitere Einteilung in Ordnung und Familie fehlt derzeit (Dezember 2018) noch.

Kandidatengruppen aus Metagenomanalysen

Datei:A Novel Representation Of The Tree Of Life.png
Stammbaum des Lebens auf der Basis ribosomaler Proteine. Die Domäne der Bakterium ist in zwei Gruppen aufgeteilt: CPR ({{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value), auch Patescibacteria) mit Wirthbacteria auf der einen, alle herkömmlichen Bakterienphyla auf der anderen Seite (Stand: 2016).
Datei:41467 2019 8499 Fig3b mod.jpg
Phylogenetischer Baum der bakteriellen Population des „Smokejumper 3“ (SJ3) im Yellowstone-Nationalpark, {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value). Metagenomik-Daten ausgewertet nach der Maximum-Likelihood-Methode (Stand: 2019).

Metagenomanalysen aus verschiedenen Habitaten zeigen, dass die Systematik der kultivierbaren Bakterien auch mit den oben genannten Methoden immer noch ein sehr unvollständiges Bild des gesamten Spektrums liefert. Kleine Formen von Bakterien (und Archaeen) mit langsamem Stoffwechsel blieben bisher unberücksichtigt, machen aber einen großen Anteil im Boden wie auch in den Ozeanen und Süßgewässern aus. Unter Berücksichtigung der vorläufigen Ergebnisse dieser Analysen wurde ein erheblich erweiterter Stammbaum vorgeschlagen.<ref>Two Major Microbial Groups Discovered That Can’t Breathe – May Predate the Evolution of Respiration. Auf: SciTechDaily vom 31. August 2020, Quelle: Bigelow Laboratory for Ocean Science.</ref><ref name="Beam2020" /> Es wird vermutet, dass es diese 15 % der gesamten bakteriellen Diversität ausmachen und aus mehr als 35<ref name="Parks2017" /> bis 70<ref name="Danczak2017" /> verschiedenen Phyla bestehen.

  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.„Microgenomates“ / OP11<ref name="Hugenholtz1998-12" />
Es wurde ursprünglich angenommen, dass die „Mikrogenomates“ ein einzelnes Phylum bilden. Tatsächlich gibt es aber Hinweise, dass diese Gruppe über 11 bakterielle Phyla umfasst,<ref name="Brown2015" /><ref name="Anantharaman2016-10" /> einschließlich „Curtissbacteria“, „Daviesbacteria“, „Levybacteria“, „Gottesmanbacteria“, „Woesebacteria“, „Amesbacteria“, „Shapirobacteria“, „Roizmanbacteria“, „Beckwithbacteria“, „Collierbacteria“ und „Pacebacteria“. Nach neueren Untersuchungen stehen die „Woykebacteria“ basal in den „Microgenomates“.<ref name="Danczak2017" /><ref name="NCBI1817899" /> Die Gruppe wurde ursprünglich mit dem Akronym OP11 nach dem Fundort {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value) (44,6101° N, 110,4388° W
 {{#coordinates:44,61006|−110,4388|
   |dim=
   |globe=
   |name=Obsidian Pool
   |region=US-WY
   |type=waterbody
  }}) im Yellowstone-Nationalpark benannt.
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.„Parcubacteria“ / OD1<ref name="Harris2004" /><ref>LinkFang: Parcubacteria (spanisch)</ref>
Auch die Gruppe der „Parcubacteria“ wurde ursprünglich als ein einziges Phylum von Kandidaten mit einer 16S-rRNA von weniger als 100 Nukleotiden beschrieben. Inzwischen steht aber eine viel größere Vielfalt an solchen 16S rRNA-Sequenzen aus Genomanalysen unkultivierter Organismen zur Verfügung. Man schätzt daher, dass diese Gruppe aus bis zu 28 bakteriellen Phyla bestehen könnte.<ref name="Yarza2014" /> Passend dazu sind jetzt bereits über 14 Phyla innerhalb dieser Gruppe der Parcubakterien beschrieben worden,<ref name="Brown2015" /><ref name="Anantharaman2016-10" /> einschließlich „Kaiserbacteria“, „Adlerbacteria“, „Campbellbacteria“, „Nomurabacteria“, „Giovannonibacteria“, „Wolfebacteria“, „Jorgensenbacteria“, „Yanofskybacteria“, „Azambacteria“, „Moranbacteria“, „Uhrbacteria“ und „Magasanikbacteria“. Nach neueren Untersuchungen gehören etliche weitere Kandidatenphyla zu dieser Gruppe, wie die „Brownbacteria“, die „Hugbacteria“<ref name="Danczak2017" /> und die „Azambacteria“ (letztere sind offenbar nicht monophyletisch und wurden daher aufgespalten);<ref name="Anantharaman2016-10" /> die Gruppe selbst wurde aufgeteilt in vier größere (und weitere kleinere) Untergruppen „Parcubacteria 1“ bis „Parcubacteria 4“.<ref name="Jaffe2020" />
Vertreter der zu dieser Gruppe gehörenden Klasse Eremiobacter(i)ia wurden bei Metagenomanalysen von Proben auf der Vulkaninsel Hunga Tonga-Hunga Haʻapai gefunden, bevor diese durch einen Ausbruch im Januar 2022 weitestgehend zerstört wurde.<ref name="Dragone2023">

Nicholas B. Dragone, Kerry Whittaker, Olivia M. Lord, Emily A. Burke, Helen Dufel, Emily Hite, Farley Miller, Gabrielle Page, Dan Slayback, Noah Fierer: The Early Microbial Colonizers of a Short-Lived Volcanic Island in the Kingdom of Tonga. In: ASM Journals: mBio, 11. Januar 2023; doi:10.1128/mbio.03313-22. </ref>

  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.„Patescibacteria“ / CPR
CPR ({{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Vorlage:lang:103: attempt to index field 'wikibase' (a nil value)) ist ein beschreibender Begriff, der sich auf eine monophyletische Gruppe (Klade) von Kandidaten-Phyla innerhalb der Domäne der Bakterien bezieht.<ref name="Castelle2018" />
Da die CPR-Mitglieder bisher bis auf wenige Ausnahmen nicht kultivierbar sind,<ref name="He2015" /> können sie nicht formell in die bakterielle Taxonomie aufgenommen werden. Für eine Reihe von provisorischen oder Kandidatennamen besteht jedoch bereits eine allgemeine Übereinkunft.<ref name="Rinke2013" />
Die „Patescibacteria“ wurden ursprünglich als Superphylum vorgeschlagen, um die Gruppen der „Microgenomates“ (OP11), „Parcubacteria“ (OD1) und „Gracilibacteria“ (GNO2/BD1-5) zusammenzufassen.
Neuere phylogenetische Analysen zeigen, dass der letzte gemeinsame Vorfahre dieser Taxa derselbe Knoten ist wie der der CPR.<ref name="Castelle2018" />
Die „Peregrinibacteria“ scheinen eher mit den „Gracilibacteria“ eine gemeinsame Klade innerhalb von CPR zu bilden, als den „Parcubacteria“ anzugehören.
Die „Saccharibacteria“ (TM7)<ref name="McLean2018" /><ref name=He2015 /><ref name="McLean2020" /> könnten ähnlich eher mit den „Berkelbacteria“ eine gemeinsame Klade bilden, als den „Parcubacteria“ anzugehören. Das anfangs benutzte für diese Gruppe benutzte Akronym TM7 leitet sich ab von „Torf, Mittlere Schicht“. Dies ist die erste Gruppe der CPR, bei denen die Isolation von Vertretern gelang.
Die „Dojkabacteria“ (WS6) und die „Katanobacteria“ (WWE3) könnten in beide in einer basalen Position (d. h. ohne weitere Zuordnung) noch CPR angehören.<ref name="Danczak2017" /><ref name="Guermazi2008" /><ref name="Jaffe2020" /> WS ist Akronym für {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value).
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.„Wirthbacteria“
„Wirthbacteria“ ist ein vorgeschlagenes Bakterienphylum, der nur eine bekannte Stichprobe aus dem Aquifer des Kaltwassergeysirs Crystal Geyser, der Spezies „Wirthibacter wanneri“. Dieses Bakterium steht in einer basalen Position zur CPR-Gruppe (Candidate Phyla Radiation), wird aber nicht als Teil dieser Gruppe angesehen.<ref name="Probst2017" /> Diese Bakterien wurden durch Genomanalyse identifiziert und konnten bisher noch nicht kultiviert werden.<ref name="Hug2016" /><ref name="Tully2016" /> Sie weisen einige Merkmale wie die Mitglieder der CPR-Gruppe auf wie z. B. geringe Größe, fehlende Atmungsketten, reduzierter Stoffwechsel, niedrige Nukleotid- und Aminosäuresynthese usw., und stehen dieser Gruppe daher nahe.<ref name="Vavourakis2018" /> Die letzten drei genannten Merkmale erschweren die Kultivierung dieser Bakterien.
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.„Planctobacteria“ / PVC
Die „Planctobacteria“ (auch als PVC-Gruppe bezeichnet, benannt nach den Mitgliedsphyla „Planctomycetes“, „Verrucomicrobia“ und „Chlamydiae“) umfasst insgesamt folgende Phyla: „Chlamydiae“, „Lentisphaerae“, „Omnitrophica“, „Planctomycetes“, „Poribacteria“ und „Verrucomicrobia“.<ref name="Rinke2013" /><ref name="Sekiguchi2015" />
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.„Sphingobacteria“ / FCB
Die „Sphingobacteria“ (auch als FCB-Gruppe bezeichnet, benannt nach den Mitgliedsphyla „Fibrobacteres“, „Chlorobi“ und „Bacteroidetes“) umfassen folgende Phyla: „Bacteroidetes“, „Calditrichaeota“, „Chlorobi“ inklusive des möglichen Synonyms „Ignavibacteriae“, „Cloacimonetes“, „Fibrobacteres“, „Gemmatimonadetes“, „Latescibacteria“, „Marinimicrobia“ und „Zixibacteria“.<ref name="Rinke2013" /><ref name="Sekiguchi2015" />
Die Bezeichnung „Sphingobacteria“ (s. l. ein Synonym FCB-Gruppe, s. s. ein Synonym für Bacteroidetes<ref>LPSN: <templatestyles src="Webarchiv/styles.css" />"Sphingobacteria" Cavalier-Smith 2002 (Memento des Vorlage:IconExternal vom 9. März 2022 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/lpsn.dsmz.de (Phylum)</ref>) ist zu unterscheiden von der Klasse „Sphingobacteriia“,<ref>LPSN: Sphingobacteriia Kämpfer 2012 (Class)</ref> einem Mitglied der „Bacteroidetes“ und damit Teil der FCB-Gruppe.
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.„Terrabacteria“
Das vorgeschlagene Superphylum „Terrabacteria“ umfasst die Phyla „Actinobacteria“, „Armatimonadetes“ (OP10), „Cyanobacteria“, „Deinococcus–Thermus“, „Chloroflexi“ und „Firmicutes“.<ref name="Battistuzzi2004" /><ref name="Battistuzzi2008" /><ref name="Rinke2013" /><ref name="Sekiguchi2015" />
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.„Proteobacteria“
Es wurde vorgeschlagen, dass einige Mitgliedsklassen aus bisherigen Phylum „Proteobacteria“ als eigenständige Phyla anzuerkennen, was die „Proteobacteria“ in den Rang eines Superphylums erheben würde.<ref name="Yarza2014"/> Zudem bildet das bisherige Phylum der Deltaproteobakteria keine konsistente monophyletische Abstammungslinie mit den anderen Klassen der „Proteobakteria“.<ref name="Hug2016" />

Aktueller Stand: Die Proteobacteria wurden in Pseudomandota umbenannt (korrektes Suffix für Phyla).<ref>LPSN: Phylum Pseudomonadota.</ref><ref>GTDB: p__Pseudomonadota (p = phylum).</ref>

  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Candidatus Calescibacteriota
Kandidatenphylum aus Metangenomik und Einzelzell-Sequenzierung. Candidatus Calescibacteriota ist die offizielle Bezeichnung in der LPSN, in der GTDB ist der Name Calescibacterota. Frühere Bezeichnungen sind Calescamantes und {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value).<ref>LPSN: Phylum "Candidatus Calescibacteriota".</ref><ref>GTDB: p__Calescibacterota.</ref><ref>NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Calescamantes (Tree), Candidatus Calescamantes (Details).</ref>
  • „kryptische Superphyla“
Datei:Tm7 bacteria phylogenetic tree.svg
Phylogenetischer Baum des Kandidaten-Phylums TM7 (Saccharibacteria), mit Neighbor-Joining-Algorithmus ermittelt.
Mehrere Kandidaten-Phyla („Microgenomates“, „Omnitrophica“, „Parcubacteria“ und „Saccharibacteria“) und mehrere akzeptierte Phyla („Elusimicrobia“, „Caldiserica“ und „Armatimonadetes“) wurden vorgeschlagen, in den Rang von Superphyla zu erheben, die fälschlicherweise als Phyla beschrieben wurden, weil Regeln zur Definition eines Bakterienphylums fehlen (und erst recht eines Superphylums), oder weil aufgrund einer ursprünglich mangelnden Sequenzvielfalt in den Gendatenbanken zu dem Zeitpunkt, als das betreffende Phylum etabliert wurde. So wird z. B. vorgeschlagen, dass der zunächst als Phylum vorgeschlagene Kandidat „Parcubacteria“ in Wirklichkeit ein Superphylum ist, das 28 untergeordnete Phyla umfasst,<ref name="Yarza2014" /> mit vier größeren Untergruppen „Parcubacteria 1“ bis „Parcubacteria 4“ (s. o.).<ref name="Jaffe2020" /> Ebenso ist das Phylum „Elusimicrobia“ in Wirklichkeit eher ebenfalls ein Superphylum, das 7 untergeordnete Phyla umfasst.<ref name="Yarza2014" /> Die CPR-Gruppe wäre dann konsequenterweise in den Rang eines Reichs oder wenigstens Unterreichs (en. {{Modul:Vorlage:lang}} Modul:Multilingual:153: attempt to index field 'data' (a nil value)) zu erheben.

Liste von CPR und Verwandte

Anbei eine vorläufige Systematik der vorgeschlagenen Phyla von CPR und naher Verwandter. Die Zuordnung zu Microgenomates, Parcubacteria und weitere folgt dabei Jaffe (2020).<ref name="Jaffe2020" />

  • „Wirthbacteria“<ref name="Probst2017" /><ref name="Hug2016" /><ref name="Tully2016" /><ref name="Vavourakis2018" /> - Schwestertaxon zu CPR
  • „Microgenomates“ (OP11) – nach Brown et al. (2015),<ref name="Brown2015" /> bis auf „Blackburnbacteria“, „Chisholmbacteria“ und „Woykebacteria“:
Den „Microgenomates“ nahestehend:
  • „Dojkabacteria“ (WS6)<ref name="Jaffe2020" /> – basal
  • „Katanobacteria“ (WWE3)<ref name="Guermazi2008" /><ref name="Jaffe2020" /> – fast basal
  • „Parcubacteria“ (OD1) – nach Brown et al. (2015), Fig. S2a,<ref name="Brown2015" /> und – markiert mit [*] – Anantharaman et al. (Okt. 2016),<ref name="Anantharaman2016-10" /> bis auf „Brownbacteria“, „Hugbacteria“, „Gribaldobacteria“ und „Torokbacteria“:
  • „Parcubacteria 1“<ref name="Jaffe2020" />
Den „Parcubacteria 1“ nahestehend:
Ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:
  • „Parcubacteria 2“<ref name="Jaffe2020" />
  • „Parcubacteria 3“<ref name="Jaffe2020" />
  • „Parcubacteria 4“<ref name="Jaffe2020" />
Den „Parcubacteria 4“ nahestehend:
Ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:
  • Nicht-klassifizierte „Parcubacteria“:
Ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:
  • Saccharibacteria-Berkelbakteria-Klade – nach Jaffe et al.(2020),<ref name="Jaffe2020" /> bis auf „Lindowbacteria“:
ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:
  • Skriptfehler: Ein solches Modul „Vorlage:Anker“ ist nicht vorhanden.Gracilibacteria-Absconditabacteria-Peregrinibacteria-Klade – nach Jaffe et al.(2020),<ref name="Jaffe2020" /> bis auf „Fertabacteria“:
Ebenso, aber nicht bei Jaffe et al. (2020) aufgeführt:
  • „Fertabacteria“<ref name="Dudek2017" /><ref name="Brown2015" />


Einzelnachweise

<references> <ref name="ICNB_1990"> S. P. Lapage, P. H. A. Sneath, E. F. Lessel, V. B. D. Skerman, H. P. R. Seeliger, W. A. Clark (Hrsg.): International Code of Nomenclature of Bacteria – Bacteriological Code, 1990 Revision. ASM Press, Washington (DC), USA 1992, ISBN 1-55581-039-X (online). </ref> <ref name="NCBI1817899"> NCBI: Candidatus Woykebacteria (phylum). </ref> <ref name="UniProt1798534"> UniProt: candidate division Kazan-3B-28. </ref> <ref name="Bergey"> Bergey's Manual Trust, Department of Microbiology, 527 Biological, Sciences Building, University of Georgia, Athens, GA 30602-2605, USA. </ref> <ref name="Adeolu2016"> M. Adeolu, S. Alnajar, S. Naushad, R. S. Gupta: Genome-based phylogeny and taxonomy of the ‘Enterobacteriales’: proposal for Enterobacterales ord. nov. divided into the families Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. nov., Pectobacteriaceae fam. nov., Yersiniaceae fam. nov., Hafniaceae fam. nov., Morganellaceae fam. nov., and Budviciaceae fam. nov. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Nr. 66, Dezember 2016, S. 5575–5599, doi:10.1099/ijsem.0.001485. </ref> <ref name="Anantharaman2016-01"> Karthik Anantharaman, Christopher T. Brown, David Burstein, Cindy Castelle: Analysis of five complete genome sequences for members of the class Peribacteria in the recently recognized Peregrinibacteria bacterial phylum. In: PeerJ. Band 4, Nr. 8, Artikel e1607, Januar 2016, doi:10.7717/peerj.1607. </ref> <ref name="Anantharaman2016-10">Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Battistuzzi2004"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: A genomic timescale of prokaryote evolution: insights into the origin of methanogenesis, phototrophy, and the colonization of land. In: BMC Evolutionary Biology. Band 4. Jahrgang, Vorlage:Cite book/Date, S. 44, doi:10.1186/1471-2148-4-44, PMID 15535883, PMC 533871 (freier Volltext) – (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Battistuzzi2008"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: A Major Clade of Prokaryotes with Ancient Adaptations to Life on Land. In: Molecular Biology and Evolution. Band 26. Jahrgang, Nr. 2, Vorlage:Cite book/Date, S. 335–343, doi:10.1093/molbev/msn247, PMID 18988685 (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Beam2020"> Jacob P. Beam, Eric D. Becraft, Julia M. Brown, Frederik Schulz, Jessica K. Jarett, Oliver Bezuidt, Nicole J. Poulton, Kayla Clark, Peter F. Dunfield, Nikolai V. Ravin, John R. Spear, Brian P. Hedlund, Konstantinos A. Kormas, Stefan M. Sievert, Mostafa S. Elshahed, Hazel A. Barton, Matthew B. Stott, Jonathan A. Eisen, Duane P. Moser, Tullis C. Onstott, Tanja Woyke, Ramunas Stepanauskas: Ancestral Absence of Electron Transport Chains in Patescibacteria and DPANN. In: Frontiers in Microbiology. Band 11, 2020, doi:10.3389/fmicb.2020.01848. </ref> <ref name="Brown2015"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: Unusual biology across a group comprising more than 15% of domain Bacteria. In: Nature. Band 523. Jahrgang, Nr. 7559, Vorlage:Cite book/Date, ISSN 1476-4687, S. 208–211, doi:10.1038/nature14486, PMID 26083755, bibcode:2015Natur.523..208B (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Castelle2017"> Cindy J. Castelle, Christopher T. Brown, Brian C. Thomas, Kenneth H. Williams, Jillian F. Banfield: Unusual respiratory capacity and nitrogen metabolism in a Parcubacterium (OD1) of the Candidate Phyla Radiation. In: Scientific Reports. Band 7, 40101, 9. Januar 2017, doi:10.1038/srep40101. </ref> <ref name="Castelle2018"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life. In: Cell. Band 172. Jahrgang, Nr. 6, Vorlage:Cite book/Date, S. 1181–1197, doi:10.1016/j.cell.2018.02.016, PMID 29522741 (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Danczak2017"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: Members of the candidate phyla radiation are functionally differentiated by carbon- and nitrogen-cycling capabilities. In: Microbiome. Band 5. Jahrgang, Nr. 1, Vorlage:Cite book/Date, S. 112, doi:10.1186/s40168-017-0331-1, PMID 28865481, PMC 5581439 (freier Volltext) – (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="DeVos2000"> P. De Vos, H. G. Trüper: Judicial Commission of the International Committee on Systematic Bacteriology. IXth International (IUMS) Congress of Bacteriology and Applied Microbiology. Minutes of the meetings, 14, 15 and 18 August 1999, Sydney, Australia. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Band 50, 2000, S. 2239–2244. </ref> <ref name="Dudek2017">Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2--> </ref> <ref name="Emerson2007"> David Emerson, Jeremy A. Rentz, Timothy G. Lilburn, Richard E. Davis, Henry Aldrich, Clara Chan, Craig L. Moyer, Anna-Louise Reysenbach: A Novel Lineage of Proteobacteria Involved in Formation of Marine Fe-Oxidizing Microbial Mat Communities. In: PLoS ONE. Band 2, Nr. 8, August 2007, S. e667, doi:10.1371/journal.pone.0000667. </ref> <ref name="Euzéby1997"> J. P. Euzéby: List of bacterial names with standing in nomenclature: a folder available on the Internet. In: International Journal of Systematic Bacteriology. Band 47, 1997, S. 590–592, PMID 9103655. </ref> <ref name="Hahn2017"> Martin W. Hahn, Johanna Schmidt, Ulrike Koll, Manfred Rohde, Susanne Verbarg, Alexandra Pitt, Ryosuke Nakai, Takeshi Naganuma, Elke Lang: Silvanigrella aquatica gen. nov., sp. nov., isolated from a freshwater lake, description of Silvanigrellaceae fam. nov. and Silvanigrellales ord. nov., reclassification of the order Bdellovibrionales in the class Oligoflexia, reclassification of the families Bacteriovoracaceae and Halobacteriovoraceae in the new order Bacteriovoracales ord. nov., and reclassification of the family Pseudobacteriovoracaceae in the order Oligoflexales. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Nr. 67, August 2017, S. 2555–2568, doi:10.1099/ijsem.0.001965. </ref> <ref name="Harris2004"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: New Perspective on Uncultured Bacterial Phylogenetic Division OP11. In: Applied and Environmental Microbiology. Band 70. Jahrgang, Nr. 2, Vorlage:Cite book/Date, ISSN 0099-2240, S. 845–849, doi:10.1128/AEM.70.2.845-849.2004, PMID 14766563, PMC 348892 (freier Volltext) – (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="He2015"> X. He, J. S. McLean, A. Edlund, S. Yooseph, A. P. Hall, S. Y. Liu et al.: Cultivation of a human-associated TM7 phylotype reveals a reduced genome and epibiotic parasitic lifestyle. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. (PNAS) Band 112, 2015, S. 244–249, doi:10.1073/pnas.1419038112. </ref> <ref name="Hug2016">Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Hugenholtz1998-12"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: Impact of Culture-Independent Studies on the Emerging Phylogenetic View of Bacterial Diversity. In: Journal of Bacteriology. Band 180. Jahrgang, Nr. 24, Vorlage:Cite book/Date, ISSN 1098-5530, S. 4765–4774, doi:10.1128/jb.180.24.6793-6793.1998, PMID 9733676, PMC 107498 (freier Volltext) – (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Guermazi2008"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: Discovery and characterization of a new bacterial candidate division by an anaerobic sludge digester metagenomic approach. In: Environmental Microbiology. Band 10. Jahrgang, Nr. 8, Vorlage:Cite book/Date, ISSN 1462-2912, S. 2111–2123, doi:10.1111/j.1462-2920.2008.01632.x, PMID 18459975, PMC 2702496 (freier Volltext) – (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Jaffe2020"> Alexander L. Jaffe, Cindy J. Castelle, Paula B. Matheus Carnevali, Simonetta Gribaldo, Jillian F. Banfield: The rise of diversity in metabolic platforms across the Candidate Phyla Radiation. In: BMC Biology. Band 18, Nr. 69, Juni 2020 (@BMC, doi:10.1186/s12915-020-00804-5, Fig. S2). </ref> <ref name="Ley2006">Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Ludwig2004"> W. Ludwig et al.: ARB: a software environment for sequence data. In: Nucleic Acids Research. Band 32, Nr. 4, 2004, S. 1363–1371, ISSN 1362-4962, doi:10.1093/nar/gkh293, PMID 14985472, PMC 390282 (freier Volltext). </ref> <ref name="Mattarelli2014"> P. Mattarelli, W. Holzapfel at al.: Recommended minimal standards for description of new taxa of the genera Bifidobacterium, Lactobacillus and related genera. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Band 64, Nr. 4, April 2014, S. 1434–1451, ISSN 1466-5026, doi:10.1099/ijs.0.060046-0. </ref> <ref name="McLean2018"> Jeffrey S. McLean, Batbileg Bor, Thao T. To, Quanhui Liu, Kristopher A. Kerns, Lindsey Solden, Kelly Wrighton, Xuesong He, Wenyuan Shi: Evidence of independent acquisition and adaption of ultra-small bacteria to human hosts across the highly diverse yet reduced genomes of the phylum Saccharibacteria (Host Adaptation of the Saccharibacteria Phylum), auf: bioRxiv (PrePrint), 2. Februar 2018, doi:10.1101/258137. </ref> <ref name="McLean2020"> Jeffrey S. McLean, Batbileg Bor, Kristopher A. Kerns, Quanhui Liu, Thao T. To, Lindsey Solden, Erik L. Hendrickson, Kelly Wrighton, Wenyuan Shi, Xuesong He: Acquisition and Adaptation of Ultra-small Parasitic Reduced Genome Bacteria to Mammalian Hosts. In: Cell Reports. Band 32, Nr. 3, 21. Juli 2020, 107939, doi:10.1016/j.celrep.2020.107939. </ref> <ref name="Nakai2014"> R. Nakai, M. Nishijima, N. Tazato, Y. Handa, F. Karray, S. Sayadi, H. Isoda, T. Naganuma: Oligoflexus tunisiensis gen. nov., sp. nov., a Gram-negative, aerobic, filamentous bacterium of a novel proteobacterial lineage, and description of Oligoflexaceae fam. nov., Oligoflexales ord. nov. and Oligoflexia classis nov. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Nr. 64, Oktober 2014, S. 3353–3359, doi:10.1099/ijs.0.060798-0. </ref> <ref name="Parks2017"> Donovan H. Parks, Christian Rinke, Maria Chuvochina, Pierre-Alain Chaumeil, Ben J. Woodcroft, Paul N. Evans, Philip Hugenholtz, Gene W. Tyson: Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life. In: Nature Microbiology. Band 2, S. 1533–1542, 11. September 2017, doi:10.1038/s41564-017-0012-7, mit Korrektur vom 12. Dezember 2017, doi:10.1038/s41564-017-0083-5. </ref> <ref name="Probst2017"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: Genomic resolution of a cold subsurface aquifer community provides metabolic insights for novel microbes adapted to high CO2 concentrations. In: Environmental Microbiology. Band 19. Jahrgang, Nr. 2, Vorlage:Cite book/Date, S. 459–474, doi:10.1111/1462-2920.13362, PMID 27112493 (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Pruesse2007"> E. Pruesse, C. Quast et al.: SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB, in: Nucleic Acids Research. Band 35, Nr. 21, 2007, S. 7188–7196, ISSN 1362-4962, doi:10.1093/nar/gkm864, PMID 17947321, PMC 2175337 (freier Volltext). </ref> <ref name="Rheims1996"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: A molecular approach to search for diversity among bacteria in the environment. In: Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. Band 17. Jahrgang, Nr. 3–4, Vorlage:Cite book/Date, ISSN 0169-4146, S. 159–169, doi:10.1007/bf01574689 (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Rinke2013"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. In: Nature. Band 499. Jahrgang, Nr. 7459, Vorlage:Cite book/Date, S. 431–437, doi:10.1038/nature12352, PMID 23851394, bibcode:2013Natur.499..431R (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Sekiguchi2015"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: First genomic insights into members of a candidate bacterial phylum responsible for wastewater bulking. In: PeerJ. Band 3. Jahrgang, Vorlage:Cite book/Date, S. e740, doi:10.7717/peerj.740, PMID 25650158, PMC 4312070 (freier Volltext) – (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Tindall2006"> B. J. Tindall, P. Kämpfer, J. P. Euzéby, A. Oren: Valid publication of names of prokaryotes according to the rules of nomenclature: past history and current practice. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Band 56, Nr. 11, November 2006, S. 2715–2720, ISSN 1466-5026, doi:10.1099/ijs.0.64780-0, PMID 17082418. </ref> <ref name="Tully2016"> B. J. Tully, R. Sachdeva, E. D. Graham, J. F. Heidelberg: 290 Metagenome-assembled Genomes from the Mediterranean Sea: Ongoing Effort to Generate Genomes from the Tara Oceans Dataset Auf: biorxiv.org vom 16. April 2016, Artikel 069484. </ref> <ref name="Vavourakis2018"> Charlotte D. Vavourakis, Adrian-Stefan Andrei, Maliheh Mehrshad, Rohit Ghai, Dimitry Y. Sorokin, Gerard Muyzer: A metagenomics roadmap to the uncultured genome diversity in hypersaline soda lake sediments. In: Microbiome. Band 6, Nr. 168, Springer, 19. September 2018, doi:10.1186/s40168-018-0548-7. </ref> <ref name="Williams2013"> K. P. Williams, D. P. Kelly: Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Nr. 63, August 2013, S. 2901–2906, doi:10.1099/ijs.0.049270-0. </ref> <ref name="Woese1977"> Carl R. Woese, G. E. Fox: Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Band 74, Nr. 11, November 1977, S. 5088–5090, ISSN 0027-8424, PMID 270744, PMC 432104 (freier Volltext). </ref> <ref name="Woese1985"> Carl R. Woese, E. Stackebrandt, T. J. Macke, G. E. Fox: A phylogenetic definition of the major eubacterial taxa, in: Systematic and Applied Microbiology. Band 6, 1985, S. 143–151, ISSN 0723-2020, PMID 11542017. </ref> <ref name="Woese1990"> Carl R. Woese, O. Kandler, M. L. Wheelis: Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya, in: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 87, Nr. 12, Juni 1990, S. 4576–4579, ISSN 0027-8424, doi:10.1073/pnas.87.12.4576, PMID 2112744i PMC 54159 (freier Volltext). </ref> <ref name="Wrighton2012"> Vorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/NameVorlage:Cite book/Name: Fermentation, Hydrogen, and Sulfur Metabolism in Multiple Uncultivated Bacterial Phyla. In: Science. Band 337. Jahrgang, Nr. 6102, Vorlage:Cite book/Date, ISSN 0036-8075, S. 1661–1665, doi:10.1126/science.1224041, PMID 23019650, bibcode:2012Sci...337.1661W (Vorlage:Cite book/URL [abgerufen am -05-]).Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Wrighton2014">Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> <ref name="Yarza2008"> Pablo Yarza, M. Richter, J. Peplies, J. Euzéby, R. Amann, K. H. Schleifer, W. Ludwig, F. O. Glöckner, R. Rosselló-Móra: The All-Species Living Tree project: a 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains, in: Systematic and Applied Microbiology. Band 31, Nr. 4, September 2008, S. 241–250, ISSN 0723-2020, doi:10.1016/j.syapm.2008.07.001, PMID 18692976. </ref> <ref name="Yarza2014">Vorlage:Cite book/URLVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/MeldungVorlage:Cite book/Meldung2 </ref> </references>

Weblinks

Abgerufen von „https://wiki-de.moshellshocker.dns64.de/index.php?title=Systematik_der_Bakterien&oldid=1433942“