Rudiviridae

Rudiviridae
Datei:F29-01-9780123846846-Rudiviridae-Fig1-SRV.png (SRV), Gattung Azorudivirus, Balken 200 nm
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Adnaviria<ref name="ICTV_MSL#36">ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)</ref> Reich: Zilligvirae Phylum: Taleaviricota Klasse: Tokiviricetes Ordnung: Ligamenvirales Familie: Rudiviridae Gattung: Rudivirus
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear Baltimore: Gruppe 1 Symmetrie: helikal Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Links
ICTV Taxon History: Vorlage:MakeURLsFromIDs NCBI Taxonomy: Vorlage:MakeURLsFromIDs ViralZone (Expasy, SIB): Vorlage:MakeURLsFromIDs

Die Virusfamilie Rudiviridae umfasst unbehüllte Archaeenviren mit einem Strang linearer, doppelsträngiger DNA als Genom. Die bisher klassifizierten Virusspezies haben thermophile Archaeen der Abteilung Crenarchaeota zum Wirt; besonders gut beschrieben ist ihr Vorkommen in Sulfolobus islandicus (Klasse Thermoprotei). Die Bezeichnung der Familie leitet sich vom lateinischen rudis (Rapier, kleiner Stab) ab, was auf die längliche Form der Viren hindeuten soll.

Morphologie und Genom

Datei:Rudiviridae image.svg

Schemazeichnung eines Virions der Familie Rudiviridae, rechts aufgeschnitten

Datei:F29-03-9780123846846-Rudiviridae-Fig3-SIRV2-virion.png

Schemazeichnung eines Virions von , Gattung Icerudivirus

Datei:F29-03-9780123846846-Rudiviridae-Fig3-SIRV2-infection.png

, Gattung Icerudivirus, in einer Zelle von Sulfolobis islandicus replizierend. Austritt erfolgt über die virus-induzierten Pyramiden. Balken 200 nm.

Die Virionen der Rudiviridae sind stabförmig mit einem konstanten Durchmesser von 23 nm und einer variablen Länge von 830 bis 900 nm. Dieses helikale Kapsid ist aus spiralförmig angeordneten Molekülen eines DNA-bindenden Kapsidproteins aufgebaut. Die Windungen der Spirale wiederholen sich alle 4,3 nm. An den Enden der Virionen erkennt man stöpselartige Strukturen, die das Kapsid verschließen und an denen sich je drei kurze für die Rezeptorbindung zuständige Fibrillen (Schwanzfasern) befinden.

Datei:F29-02-9780123846846-Rudiviridae-Genomes.png

Genomkarte von (SRV), (SIRV1) and (ARV1)

Das Genom der Rudiviren besteht aus einem einzigen Strang einer doppelsträngigen DNA mit einer Größe von 32 bis 35 kBp. Das Genom enthält offene Leserahmen für 45 (SIRV-1) bzw. 54 (SIRV-2) virale Proteine. Typisch sind sehr lange repetitive Sequenzen an den Enden des DNA-Stranges.

Systematik

Datei:Viruses-09-00120-g001-550.jpg

SIRV-5 (links) und SIRV-8 (rechts), beide Gattung Usarudivirus

Die frühere Gattung Rudivirus wurde inzwischen vom ICTV aufgeteilt. Mit der Umstellung auf binäre Nomenklatur (analog zu zellulären Organismen) wurden die alten Speziesnamen zu Bezeichnungen für die jeweiligen Referenzstämme. Damanach ist die Systematik der Rudiviridae inklusive Vorschläge nach der Taxonomie des NCBI mit Stand Anfang März 2025 wie folgt:<ref name="MSL40v1">ICTV: MSL #40.v1, 3. März 2025.</ref>

• Familie Rudiviridae
  • Gattung Azorudivirus
    • Spezies Azorudivirus furnasense (früher Azorudivirus SRV), mit (SRV)
  • Gattung Hoswirudivirus
    • Spezies Hoswirudivirus acidiani (früher Hoswirudivirus ARV3) mit (ARV-3)
    • Spezies Hoswirudivirus metallosphaerae (früher Hoswirudivirus MRV1), mit (MRV-1)
    • Spezies Hoswirudivirus pozzuoliense (früher Hoswirudivirus ARV2), mit (ARV-2)
    • Spezies Hoswirudivirus saccharolobi (früher Hoswirudivirus SSRV1), mit (SSRV-1)
  • Gattung Icerudivirus
    • Spezies Icerudivirus gunnuhverense (früher Icerudivirus SIRV3), mit (SIRV-3)
    • Spezies Icerudivirus hveragerdiense (früher Icerudivirus SIRV2), mit (SIRV-2)<ref name="Forterre_Spektrum_201708">Patrick Forterre: Evolution - Die wahre Natur der Viren, in: Spektrum August 2017, S. 37—41 (Online-Artikel vom 19. Juli 2017). Hier insbes. die Abb. S. 39.</ref>
    • Spezies Icerudivirus kverkfjoellense (früher Icerudivirus SIRV1), mit (SIRV-1) und )
  • Gattung Itarudivirus
    • Spezies Itarudivirus pozzuoliense (früher Itarudivirus ARV1), mit (ARV-1)
  • Gattung Japarudivirus
    • Spezies Japarudivirus beppuense (früher Japarudivirus SBRV1), mit (SBRV-1)
  • Gattung Mexirudivirus
    • Spezies Mexirudivirus azufresense (Mexirudivirus SMRV1), mit (SMRV-1)<ref name="Prangishvili2013"/>
  • Gattung Usarudivirus
    • Spezies Usarudivirus acidum (früher Usarudivirus SIRV10), mit (SIRV-10)
    • Spezies Usarudivirus aestus (früher Usarudivirus SIRV9), mit (SIRV-9)
    • Spezies Usarudivirus caloris (früher Usarudivirus SIRV8), mit (SIRV-8)
    • Spezies Usarudivirus dryadis (früher Usarudivirus SIRV11), mit (SIRV-11)
    • Spezies Usarudivirus nymphense (früher Usarudivirus SIRV5), mit (SIRV-5) und (SIRV-6)
    • Spezies Usarudivirus yellowstonense (früher Usarudivirus SIRV4), mit (SIRV-4)
    • Spezies „Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 7“ (SIRV-7)

Ursprünglich wurde die Virusspezies „Thermoproteus tenax virus 4“ (TTV4) in die alte Gattung Rudivirus klassifiziert. Da sich die Morphologie jedoch erheblich unterscheidet und nicht ausreichend Sequenzinformationen vorliegen, wurde das TTV4 als unklassifizierte Virusspezies keiner bestehende Virusfamilie zugeordnet. Eine neue Virusfamilie Bacilloviridae wurde vorgeschlagen,<ref name="Zillig1996"/> jedoch vom ICTV (bisher) nicht akzeptiert. Siehe auch Thermoproteus tenax spherical virus 1 (TTSV-1), Gattung Alphaglobulovirus, in Globuloviridae, ebenfalls Archaeenviren.

Ähnlichkeiten zu anderen Viren

Das Genom zeigt Ähnlichkeiten mit der Virusfamilie Poxviridae bei Wirbeltieren.<ref name="Blum2001"/> Dies betrifft die Anordnung und Reihenfolge der Gene wie auch die Replikation des Genoms in der infizierten Zelle. Auffällige Sequenzübereinstimmungen von bis zu 30 % bestehen zur Familie Lipothrixviridae, deren Mitglieder bis auf eine zusätzliche Virushülle auch einen ähnlichen, helikalen Aufbau des Kapsids zeigen. Aufgrund erweiterter Sequenzanalysen kann ein gemeinsamer evolutionärer Ursprung der beiden Familien Rudiviridae und Lipothrixviridae angenommen werden, weshalb sie seit 2012 zu einer neuen, gemeinsamen Ordnung Ligamenvirales zusammengefasst sind.

Weblinks

• Rudiviren in der TEM-Abbildung
• Rudiviridae in der Datenbank des ICTV
• Referenzsequenzen einiger Rudiviren

Einzelnachweise

<references> <ref name="Blum2001"> H. Blum, Wolfram Zillig et al.: The genome of the archaeal virus SIRV1 has features in common with genomes of eukaryal viruses. In: Virology, Band 281, Nr. 1, 1. März 2001, S. 6–9; doi:10.1006/viro.2000.0776, PMID 11222090 (englisch).</ref> <ref name="Prangishvili2013"> David Prangishvili, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic: Genomics and biology of Rudiviruses, a model for the study of virus–host interactions in Archaea. In: Biochemical Society Transactions, Band 41, Nr. 1, 29. Januar 2013, S. 443–450; doi:10.1042/BST20120313. Zitat: „According to the GenBank® record, this virus, SMRV1 (Sulfolobales Mexican rudivirus 1), has been recovered from a hot spring located in Los Azufres National Park, Mexico“ (englisch). </ref> <ref name="Zillig1996"> Wolfram Zillig, David Prangishvilli, Christa Schleper, Marieke Elferink, Ingelore Holz, Sonja Albers, Davorin Janekovic, Dorothee Götz: Viruses, plasmids and other genetic elements of thermophilic and hyperthermophilic Archaea. In: FEMS Microbiol. Rev., Band 18, Nr. 2-3, 1996, S. 225–236; doi:10.1111/j.1574-6976.1996.tb00239.x, PMID 8639330 (englisch).</ref> </references>