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'''SIMAP''' ('''''Si'''milarity '''Ma'''trix of '''P'''roteins''; dt.: Ähnlichkeitsmatrix für [[Proteine]]) ist eine Datenbank für Proteinähnlichkeiten. Diese Datenbank beinhaltet alle bisher veröffentlichten [[Proteinsequenz]]en und wird fortlaufend aktualisiert. Ähnlichkeiten der Proteine werden dabei unter Verwendung des [[FASTA-Algorithmus]] berechnet.<ref>{{Literatur |Autor=Roland Arnold, Florian Goldenberg, Hans-Werner Mewes, Thomas Rattei |Titel=SIMAP—the database of all-against-all protein sequence similarities and annotations with new interfaces and increased coverage |Sammelwerk=Nucleic Acids Research |Band=42 |Nummer=D1 |Datum=2014-01 |ISSN=0305-1048 |DOI=10.1093/nar/gkt970 |PMC=3965014 |PMID=24165881 |Seiten=D279–D284 }}</ref><ref>{{Literatur |Autor=Thomas Rattei, Patrick Tischler, Stefan Götz, Marc-André Jehl, Jonathan Hoser, Roland Arnold, Ana Conesa, Hans-Werner Mewes |Titel=SIMAP—a comprehensive database of pre-calculated protein sequence similarities, domains, annotations and clusters |Sammelwerk=Nucleic Acids Research |Band=38 |Nummer=suppl_1 |Datum=2010-01 |ISSN=0305-1048 |DOI=10.1093/nar/gkp949 |PMC=2808863 |PMID=19906725 |Seiten=D223–D226 }}</ref><ref>{{Literatur |Autor=T. Rattei, P. Tischler, R. Arnold, F. Hamberger, J. Krebs, J. Krumsiek, B. Wachinger, V. Stumpflen, W. Mewes |Titel=SIMAP structuring the network of protein similarities |Sammelwerk=Nucleic Acids Research |Band=36 |Nummer=Database |Datum=2007-12-23 |ISSN=0305-1048 |DOI=10.1093/nar/gkm963 |PMC=2238827 |PMID=18037617 |Seiten=D289–D292 }}</ref><br />
<br />
Es handelt sich um die bisher einzige derartige Datenbank, die tatsächlich alle bisher bekannten Proteine mit einbezieht. Seit 2014 wird eine neue SIMAP-Datenbank (SIMAP2) entwickelt. SIMAP2 verwendet den exakten [[Smith-Waterman-Algorithmus]] und soll daher eine bessere Empfindlichkeit als das ursprüngliche Projekt erreichen. Dieses wurde Ende 2014 letztmals aktualisiert, bleibt aber noch so lange online, wie es wissenschaftlich relevant ist. SIMAP2 wird nicht mehr mit BOINCSIMAP, sondern mit einem Hochleistungscomputer der [[Universität Wien]] berechnet.<br />
<br />
== Hintergrund ==<br />
Proteinähnlichkeiten sind ein wichtiges Arbeitsmittel der [[Bioinformatik]]. Sie bieten ein Maß für eine Art Verwandtschaftsverhältnis zwischen verschiedenen Proteinen. Da die Zahl der bekannten Proteine bei weitem die Menge übersteigt, die sich experimentell in Labors untersuchen lässt, werden die Eigenschaften bereits untersuchter Proteine auf nahe Verwandte, also sehr ähnliche Proteine, übertragen. Bisher wurden diese Ähnlichkeiten bei Bedarf immer wieder aufs Neue berechnet. Bei SIMAP werden diese Ähnlichkeiten nun nicht bei Bedarf, sondern bereits im Voraus vollständig berechnet und in der Datenbank hinterlegt. SIMAP ist ein Gemeinschaftsprojekt des [[Helmholtz-Zentrum München|GSF-Forschungszentrums für Gesundheit und Umwelt]] in [[Neuherberg (Oberschleißheim)|Neuherberg]] und der [[Technische Universität München|Technischen Universität München]] und steht für Forschung und Lehre vollständig kostenlos zur Verfügung.<br />
<br />
== BOINCSIMAP ==<br />
{{Infobox DC-Projekt<br />
| Name = SIMAP@home<br />
| Logo = <br />
| Ziel = Berechnung der Ähnlichkeit von [[Proteinsequenz]]en und Speicherung in einer [[Datenbank]]<br />
| Betreiber = [[Universität Wien]]<br />
| Land = [[Deutschland]]<br />
| Website = [https://boincsimap.org/ boincsimap.org]<br />
| Status = beendet<br />
| Plattform = [[Berkeley Open Infrastructure for Network Computing|BOINC]]<br />
| Bereich = [[Biochemie]]<br />
| Kommerziell = <br />
| Beginn = 13.12.2005<br />
| Ende = 31.12.2014 <br />
}}<br />
Da der immens hohe Rechenaufwand bei der Vorausberechnung der Ähnlichkeiten die ''SIMAP''-Kapazitäten übersteigt, entschloss man sich, mit dem Projekt ''BOINCSIMAP'' und dem [[Computerprogramm|Programm]] ''SIMAP@home'' auf Mittel des [[Verteiltes Rechnen|verteilten Rechnens]] zurückzugreifen. Dazu wurde auf der Basis von FASTA ein [[Client]] entwickelt, welcher die ''[[BOINC]]''-Infrastruktur nutzt.<ref>{{Internetquelle |autor=Ralph Hülsenbusch |url=https://www.heise.de/news/Deutsche-simap-home-Community-erstellt-Protein-Karte-130404.html |titel=Deutsche simap@home-Community erstellt Protein-Karte |datum=2006-06-08 |sprache=de |abruf=2025-02-08}}</ref><br />
<br />
Ein weiteres Programm namens ''[[HMMER]]'' nutzt das ''[[Hidden Markov Model]]'' zur Suche nach [[Proteindomäne]]n und wird auch gelegentlich mit BOINCSIMAP eingesetzt.<br />
<br />
Für die Analyse der Sequenzähnlichkeiten und Domänen werden unter anderem die Daten aus den Datenbanken ''[[Protein Data Bank|PDB]]'', ''[[Reference Sequence|RefSeq]]'', ''[[UniProt]]'' und ''[[GenBank]]'' verwendet.<ref>{{Webarchiv|url=http://boincsimap.org/boincsimap/old_news.php |wayback=20101230142226 |text=BOINCSIMAP News |archiv-bot=2019-05-11 12:34:51 InternetArchiveBot }} – Meldung bei ''BOINCSIMAP''; Stand: 12.&nbsp;Oktober 2007</ref><br />
<br />
== Weblinks ==<br />
* {{Webarchiv |url=http://cube.univie.ac.at/resources/simap |wayback=20150104011855 |text=Projektseite}} (englisch)<br />
* {{Webarchiv |url=http://liferay.csb.univie.ac.at/portal/web/simap |wayback=20170809160135 |text=Hauptseite}} (englisch) <br />
<br />
== Einzelnachweise ==<br />
<references/><br />
<br />
{{SORTIERUNG:Simap}}<br />
[[Kategorie:Biologie-Onlinedatenbank]]<br />
[[Kategorie:Verteiltes Rechnen]]</div>imported>Matthias M.