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[[Datei:Wwpdb-logo.png|mini|Logo]]
[[Datei:Protein structure examples.png|mini|Beispiele von Proteinstrukturen aus der PDB]] Die '''Protein Data Bank''' ('''PDB''') ist eine [[Open Access]] [[Datenbank]] für 3D-Strukturdaten von großen biologischen Molekülen. Über ein Internet-Informationsportal und ein herunterladbares Datenarchiv bietet die PDB Zugang zu 3D-Strukturdaten für [[Proteine]], [[DNA]] und [[RNA]]. Sie ist heute eine weltweit führende Ressource für experimentelle Daten, die für wissenschaftliche Entdeckungen von zentraler Bedeutung sind. Die Kenntnis der 3D-Struktur eines biologischen Makromoleküls ist wesentlich für das Verständnis seiner Funktion. Die Strukturdaten wurden üblicherweise durch [[Kristallstrukturanalyse]] oder [[NMR-Spektroskopie]] gewonnen.

Das Archiv der Proteindatenbank (PDB) enthält derzeit über 158.000 Einträge<ref>{{Internetquelle |url= https://www.rcsb.org/stats/growth/growth-released-structures|titel=PDB Statistics: Overall Growth of Released Structures Per Year|abruf=2020-08-19}}</ref> (Stand 2019) als 3D-Strukturen von Biomolekülen auf atomarer Ebene.

Die PDB wurde 1971 als erste frei zugängliche, digitale Datenquelle in der Biologie eingerichtet und die Rechenzentren werden seit 1999 von der „Research Collaboratory for Structural Bioinformatics“ (RCSB PDB) betrieben. Sie stellt PDB-Daten allen Datenkonsumenten kostenlos und ohne Nutzungseinschränkungen (Policies) zur Verfügung.

Die RCSB-PDB wird an den Standorten [[Rutgers]], der State University of New Jersey, und dem [[University of California, San Diego]]/San Diego Supercomputer Center betrieben. Durch eine einzigartige Vereinbarung werden PDB-Daten auch von anderen Partnern der Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) (einschließlich der Protein Data Bank Europe (PDBe)), Protein Data Bank Japan und der Biological Magnetic Resonance Bank zur Verfügung gestellt. Das RCSB-PDB-Team (das an der Rutgers University und der University of California, San Diego tätig ist) ist jedoch der wwPDB-Archivbetreuer und ist auch für die Datenintegrität und die Notfallwiederherstellung verantwortlich. Die Betriebskosten des RCSB-PDB, einschließlich der Kosten für die Datenerstellung und ‑speicherung sowie andere Ausgaben belaufen sich auf insgesamt 6,9 Millionen US-Dollar pro Jahr.<ref>{{Internetquelle |autor= Kevin P. Sullivan, Peggy Brennan-Tonetta, Lucas J. Marxen |url= https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/general_information/about_pdb/Economic%20Impacts%20of%20the%20PDB.pdf|titel= Economic Impacts of the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank |hrsg= Rutgers New Jersey Agricultural Experiment Station |datum= 2017|abruf=2020-08-19}}</ref>

== Geschichte ==
Die PDB setzte sich ursprünglich aus Proteinstrukturen aus der Röntgen-Kristallstrukturanalyse und dem 1968 gegründeten ''Brookhaven RAster Display'' (BRAD) zusammen. Das BRAD-System konnte digitalisierte Hough-Powell-[[Blasenkammer]]-Fotografien auf dem Bildschirm eines Schwarz-Weiß-[[Fernsehgerät]]s abbilden. Die Entwickler erkannten das Potenzial des BRAD-Systems für 3D-Grafiken und Walter C. Hamilton, leitender Chemiker am [[Brookhaven National Laboratory]], nutzte das Potenzial des BRAD-Displays für die 3D-Molekulargrafik. Zusammen mit Edgar Meyer ([[Texas A&M University]]) wurde das Programm ''DISPLAY'', eine Software zur Speicherung von Atomkoordinaten in einem gemeinsamen Format eingeführt. Das Programm DISPLAY konnte 3D-Modelle mit bis zu 512 Atomen zeichnen.

Bis 1970 wurden in [[Brookhaven (New York)|Brookhaven]] die verfügbaren Atomkoordinaten von Proteinen gesammelt und mit dem Programm PROIN in einem einheitlichen Format gespeichert. Wegen des beschränkten Zugangs zu grafischen Darstellungen wurden sie kaum allgemein verwendet; man konnte nur endlose Listen von Atomkoordinaten bewundern oder Messingstangen so biegen, dass sie wie versteinerte Regenwürmer aussahen. Daher wurde 1971 von Meyer das Programm SEARCH<ref name="meyer"/> in [[Fortran|FORTRAN]] geschrieben, um auf die PDB zuzugreifen und Koordinaten für die Offline-Anzeige bereitzustellen. Es konnte ein bestimmtes Protein aus der PDB auswählen und Atomkoordinaten auf der Grundlage von Atomtyp, Resttyp oder Sequenzbereich extrahieren<ref name="meyer">{{cite journal|author=EF Meyer |year=1997 |title=The first years of the Protein Data Bank |journal=Protein Science |volume=6 |pages=1591–1597 |publisher=Cambridge University Press |doi=10.1002/pro.5560060724 |pmid=9232661 |issue=7 |pmc=2143743 |language=en}}</ref>. Nach Hamiltons Tod 1973 übernahm Tom Koetzle die Leitung für die folgenden 20 Jahre. Im Jahr 1994 ging die Führung an [[Joel Sussman]] über.

Von Oktober 1998 bis Juni 1999 wurde die PDB in das ''[[Research Collaboratory for Structural Bioinformatics]]'' (RCSB) übertragen.<ref>{{Webarchiv |url=http://home.rcsb.org/ |text=RCSB / Research Collaboratory for Structural Bioinformatics |wayback=20070205000027 |archiv-bot=}}</ref><ref>{{cite journal|date=Januar 2000 | title = The Protein Data Bank | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 28 | issue = 1 | pages = 235–242 | doi = 10.1093/nar/28.1.235 | url = http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/28/1/235 | pmid = 10592235 | pmc = 102472 |author= HM Berman, J Westbrook, Z Feng, G Gilliland, TN Bhat, H Weissig, IN Shindyalov, PE Bourne |language=en }}</ref> Dort wurde [[Helen M. Berman]] von der [[Rutgers University]] neue Direktorin.<ref>{{cite web |title=RCSB PDB Newsletter Archive |publisher=RCSB Protein Data Bank |url=http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/news_publications/newsletters/newsletter.html |language=en}}</ref> Im Jahr 2003 wurde die PDB mit der Gründung von ''Worldwide Protein Data Bank'' (wwPDB) international. Gründungsmitglieder sind PDBe (Europe),<ref>[https://www.pdbe.org/ PDBe Protein Data Bank in Europe]</ref> RCSB (USA) und PDBj (Japan).<ref>[https://www.pdbj.org/ Welcome to PDBj]</ref> 2006 schloss sich die ''Biological Magnetic Resonance Bank'' (BMRB) an.<ref>[http://www.bmrb.wisc.edu/ BMRB / Biological Magnetic Resonance Bank]</ref> Jeder Eintrag wird durch die Mitarbeiter bearbeitet.<ref>{{cite book |author= E Curry, A Freitas, S O'Riáin |url=http://books.google.com/?id=DsMrnk9-4NsC&lpg=PA25&pg=PA25#v=onepage&q&f=false |chapter=The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises |title=Linking Enterprise Data |editor=D. Wood |location=Boston MA |publisher=Springer US |year=2010 |pages=25–47 |isbn=978-1-4419-7664-2 |language=en}}</ref><ref>{{Webarchiv |url=http://sw-tools.pdb.org/apps/VAL/index.html |text=PDB Validation Suite |wayback=20160303183744 |archiv-bot=}}</ref>

== Siehe auch ==
* [[Crystallography Open Database]]

== Literatur ==
* H.M. Berman et al.: ''The Protein Data Bank.'' In: ''[[Nucleic Acids Research]].'' Bd. 28, 2000, S. 235–242.
* H. Berman et al.: ''The worldwide Protein Data Bank (wwPDB): ensuring a single, uniform archive of PDB data.'' In: ''Nucleic Acids Res.'' Bd. 35, 2007, S. D301–D303. PMID 17142228, [[doi:10.1093/nar/gkl971]]
* S. Dutta, H.M. Berman: [http://biomaps.rutgers.edu/Dutta_Berman.pdf ''Large macromolecular complexes in the Protein Data Bank: a status report.''] (PDF) In: ''Structure.'' Bd. 13, 2005, S. 381–388. PMID 15766539, [[doi:10.1016/j.str.2005.01.008]].
* W. F. Bluhm, B. Beran, C. Bi, D. Dimitropoulos, A. Prlic, G. B. Quinn, P. W. Rose, C. Shah, J. Young, B. Yukich, H. M. Berman, P. E. Bourne: ''Quality assurance for the query and distribution systems of the RCSB Protein Data Bank.'' In: ''Database: the journal of biological databases and curation.'' Band 2011, 2011, S. bar003, [[doi:10.1093/database/bar003]], PMID 21382834, {{PMC|3056270}}.

== Weblinks ==
* [https://www.ebi.ac.uk/pdbe/ PDB Europa]
* [https://www.wwpdb.org/ Worldwide Protein Data Bank]

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Proteinstruktur| ]]
[[Kategorie:Biologie-Onlinedatenbank]]

Protein Data Bank - Versionsgeschichte

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