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	<title>Phylogenetik - Versionsgeschichte</title>
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	<subtitle>Versionsgeschichte dieser Seite in Wikipedia (Deutsch) – Lokale Kopie</subtitle>
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		<title>imported&gt;Einsenkungsmarke: Formatierungen</title>
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		<summary type="html">&lt;p&gt;Formatierungen&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;Neue Seite&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;[[Datei:CollapsedtreeLabels-simplified.svg|mini|lang=de|Baum des Lebens]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Die &amp;#039;&amp;#039;&amp;#039;Phylogenetik&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039; ([[retronym]]es [[Kofferwort]] aus {{grcS|φυλή, φῦλον|phylé, phylon|de=Stamm}}, ‚Clan‘, ‚Sorte‘ und {{lang|grc|γενετικός|genetikós|de=Ursprung}}) ist eine Fachrichtung der [[Genetik]] und [[Bioinformatik]], die sich mit der Erforschung von [[Abstammung]]en beschäftigt.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Eigenschaften ==&lt;br /&gt;
Die Phylogenetik verwendet heutzutage [[Algorithmus|Algorithmen]] zur Bestimmung von Verwandtschaftsgraden zwischen verschiedenen [[Art (Biologie)|Arten]] oder zwischen Individuen einer Art aus [[DNA-Sequenz]]en, die zuvor per [[DNA-Sequenzierung]] ermittelt wurden. Dadurch kann ein [[phylogenetischer Baum]] erstellt werden. Die Phylogenetik wird unter anderem zur Erzeugung von [[Taxonomie]]n herangezogen. Als Algorithmen werden unter anderem [[Maximale Sparsamkeit|Parsimony]], die [[Maximum-Likelihood-Methode]] (ML-Methode) und die [[MCMC-Verfahren|MCMC]]-basierte [[Bayesische Inferenz]] verwendet.&amp;lt;ref name=&amp;quot;Semple&amp;quot;&amp;gt;Charles Semple: &amp;#039;&amp;#039;Phylogenetics.&amp;#039;&amp;#039; Oxford University Press, 2003, ISBN 0-19-850942-1.&amp;lt;/ref&amp;gt;&amp;lt;ref&amp;gt;{{Literatur |Autor=David Penny |Titel=Inferring Phylogenies.—Joseph Felsenstein. 2003. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts. |Sammelwerk=Systematic Biology |Band=53 |Nummer=4 |Datum=2004-08-01 |ISSN=1063-5157 |Seiten=669–670 |Sprache=en |Online=https://academic.oup.com/sysbio/article/53/4/669/1649371 |Abruf=2020-03-13 |DOI=10.1080/10635150490468530}}&amp;lt;/ref&amp;gt; Vor der Entwicklung der DNA-Sequenzierung und von Computern wurde die Phylogenetik aus [[Phänotyp]]en über eine [[Distanzmatrix]] abgeleitet (&amp;#039;&amp;#039;[[Phänetik]]&amp;#039;&amp;#039;),&amp;lt;ref&amp;gt;A. W. F. Edwards, [[Luigi Luca Cavalli-Sforza|L. L. Cavalli-Sforza]]: [http://www.faculty.biol.ttu.edu/Strauss/Phylogenetics/Readings/EdwardsCavalliSforza1964.pdf &amp;#039;&amp;#039;Reconstruction of evolutionary trees&amp;#039;&amp;#039;] (PDF) In: Vernon Hilton Heywood, J. McNeill: &amp;#039;&amp;#039;Phenetic and Phylogenetic Classification&amp;#039;&amp;#039;. Systematics Association, 1964, S. 67–76.&amp;lt;/ref&amp;gt; jedoch waren die Unterscheidungskriterien teilweise nicht eindeutig, da Phänotypen – selbst über einen kurzen Zeitraum betrachtet – von vielen weiteren Faktoren beeinflusst werden und sich verändern.&amp;lt;ref name=&amp;quot;Nei&amp;quot;&amp;gt;Masatoshi Nei: &amp;#039;&amp;#039;Molecular Evolution and Phylogenetics.&amp;#039;&amp;#039; Oxford University Press, 2000, ISBN 0-19-513585-7, S. 3.&amp;lt;/ref&amp;gt;&amp;lt;ref name=&amp;quot;Wiley&amp;quot;&amp;gt;E. O. Wiley: &amp;#039;&amp;#039;Phylogenetics.&amp;#039;&amp;#039; John Wiley &amp;amp; Sons, 2011, ISBN 978-1-118-01787-6.&amp;lt;/ref&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Geschichte ==&lt;br /&gt;
[[Datei:Bronn tree.gif|mini|Lebensbaum von Heinrich Bronn]]&lt;br /&gt;
Im 14. Jahrhundert entwickelte der [[Franziskanische Orden|franziskanische]] Philosoph [[Wilhelm von Ockham]] das Abstammungsprinzip &amp;#039;&amp;#039;lex parsimoniae&amp;#039;&amp;#039;. Im Jahr 1763 wurde Pastor [[Thomas Bayes]]’ Grundlagenwerk zur [[Bayessche Statistik|Bayesschen Statistik]] veröffentlicht.&amp;lt;ref&amp;gt;T. Bayes: &amp;#039;&amp;#039;An Essay towards solving a Problem in the Doctrine of Chances.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Phil. Trans.&amp;#039;&amp;#039; 53, 1763, S. 370–418.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im 18. Jahrhundert führte [[Pierre Simon Laplace]], Marquis de Laplace, eine Form des [[Bayessche Statistik#Maximum-Likelihood-Ansatz|Maximum-likelihood-Ansatzes]] ein. 1837 publizierte [[Charles Darwin]] die [[Evolutionstheorie]] mit einer Darstellung eines [[Stammbaum]]s. Eine Unterscheidung der [[Homologie (Biologie)|Homologie]] und der [[Analogie (Biologie)|Analogie]] wurde erstmals 1843 von [[Richard Owen]] getroffen. Der Paläontologe [[Heinrich Georg Bronn]] publizierte 1858 erstmals das [[Aussterben]] und Neuauftreten von Arten im Stammbaum.&amp;lt;ref&amp;gt;J. David Archibald: &amp;#039;&amp;#039;Edward Hitchcock’s Pre-Darwinian (1840) &amp;#039;Tree of Life&amp;#039;.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Journal of the History of Biology.&amp;#039;&amp;#039; 2009, S. 568.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im gleichen Jahr wurde die Evolutionstheorie erweitert.&amp;lt;ref&amp;gt;Charles R. Darwin, A. R. Wallace: &amp;#039;&amp;#039;On the tendency of species to form varieties; and on the perpetuation of varieties and species by natural means of selection. Journal of the Proceedings of the Linnean Society of London.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Zoology.&amp;#039;&amp;#039; Band 3, 1858, S. 45–50.&amp;lt;/ref&amp;gt; Die Bezeichnung &amp;#039;&amp;#039;Phylogenie&amp;#039;&amp;#039; wurde 1866 von [[Ernst Haeckel]] geprägt.&amp;lt;ref&amp;gt;Douglas Harper: [http://www.etymonline.com/index.php?allowed_in_frame=0&amp;amp;search=Phylogeny&amp;amp;searchmode=term &amp;#039;&amp;#039;Phylogeny&amp;#039;&amp;#039;.] In: &amp;#039;&amp;#039;Online Etymology Dictionary.&amp;#039;&amp;#039;&amp;lt;/ref&amp;gt; Er postulierte in seiner [[Rekapitulations-Theorie]] einen Zusammenhang zwischen der [[Phylogenese]] und der [[Ontogenese]], der heute nicht mehr haltbar ist.&amp;lt;ref&amp;gt;Erich Blechschmidt: &amp;#039;&amp;#039;The Beginnings of Human Life&amp;#039;&amp;#039;. Springer-Verlag, 1977, S. 32.&amp;lt;/ref&amp;gt;&amp;lt;ref&amp;gt;Paul Ehrlich, Richard Holm, Dennis Parnell: &amp;#039;&amp;#039;The Process of Evolution&amp;#039;&amp;#039;. McGraw–Hill, New York 1963, S. 66.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1893 wurde &amp;#039;&amp;#039;Dollo’s Law of Character State Irreversibility&amp;#039;&amp;#039; veröffentlicht.&amp;lt;ref&amp;gt;Louis Dollo: &amp;#039;&amp;#039;Les lois de l’évolution.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Bull. Soc. Belge Géol. Paléont. Hydrol.&amp;#039;&amp;#039; Band 7, 1893, S. 164–166.&amp;lt;/ref&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Im Jahr 1912 verwendete [[Ronald Fisher]] die &amp;#039;&amp;#039;maximum likelihood&amp;#039;&amp;#039; ([[Maximum-Likelihood-Methode#Anwendungsbeispiel: Maximum-Likelihood in der molekularen Phylogenie|Maximum-Likelihood-Methode in der molekularen Phylogenie]]). 1921 wurde die Bezeichnung &amp;#039;&amp;#039;phylogenetisch&amp;#039;&amp;#039; von [[Robert John Tillyard]] bei seiner Klassifizierung geprägt.&amp;lt;ref&amp;gt;Robert J. Tillyard: &amp;#039;&amp;#039;A new classification of the order Perlaria.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Canadian Entomologist.&amp;#039;&amp;#039; Band 53, 1921, S. 35–43.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1940 führte [[Lucien Cuénot]] den Begriff der [[Klade]] ein. Ab 1946 präzisierten [[Prasanta Chandra Mahalanobis]], ab 1949 [[Maurice Quenouille]] und ab 1958 [[John Tukey]] das Vorläufer-Konzept.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Im Jahr 1950 folgte eine erste Zusammenfassung von [[Willi Hennig]],&amp;lt;ref&amp;gt;W. Hennig: &amp;#039;&amp;#039;Grundzüge einer Theorie der phylogenetischen Systematik.&amp;#039;&amp;#039; Deutscher Zentralverlag, Berlin 1950.&amp;lt;/ref&amp;gt; im Jahr 1966 die englische Übersetzung.&amp;lt;ref&amp;gt;W. Hennig: &amp;#039;&amp;#039;Phylogenetic systematics.&amp;#039;&amp;#039; Illinois University Press, Urbana 1966.&amp;lt;/ref&amp;gt; 1952 entwickelte [[William Wagner]] die &amp;#039;&amp;#039;Divergenzmethode&amp;#039;&amp;#039;.&amp;lt;ref&amp;gt;W. H. Wagner Jr.: &amp;#039;&amp;#039;The fern genus Diellia: structure, affinities, and taxonomy.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Univ. Calif. Publ. Botany.&amp;#039;&amp;#039; Band 26, 1952, S. 1–212.&amp;lt;/ref&amp;gt; 1953 wurde der Begriff [[Kladogenese]] geprägt.&amp;lt;ref&amp;gt;Webster’s 9th New Collegiate Dictionary&amp;lt;/ref&amp;gt; [[Arthur Cain]] und [[Gordon Harrison]] verwendeten ab 1960 die Bezeichnung &amp;#039;&amp;#039;kladistisch&amp;#039;&amp;#039;.&amp;lt;ref&amp;gt;A. J. Cain, G. A. Harrison: &amp;#039;&amp;#039;Phyletic weighting.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Proceedings of the Zoological Society of London.&amp;#039;&amp;#039; Band 35, 1960, S. 1–31.&amp;lt;/ref&amp;gt; Ab 1963 verwendeten [[A. W. F. Edwards]] und Cavalli-Sforza die &amp;#039;&amp;#039;maximum likelihood&amp;#039;&amp;#039; in der Linguistik.&amp;lt;ref&amp;gt;A. W. F. Edwards, L. L. Cavalli-Sforza: &amp;#039;&amp;#039;The reconstruction of evolution.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Ann. Hum. Genet.&amp;#039;&amp;#039; Band 27, 1963, S. 105–106.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1965 wurde von J. H. Camin und [[Robert R. Sokal]] die &amp;#039;&amp;#039;Camin-Sokal parsimony&amp;#039;&amp;#039; und ein erstes Computerprogramm für kladistische Analysen entwickelt.&amp;lt;ref&amp;gt;J. H. Camin, R. R. Sokal: &amp;#039;&amp;#039;A method for deducing branching sequences in phylogeny.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Evolution.&amp;#039;&amp;#039; Band 19, 1965, S. 311–326.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im gleichen Jahr wurde die &amp;#039;&amp;#039;character compatibility method&amp;#039;&amp;#039; gleichzeitig von [[Edward Osborne Wilson]] sowie von Camin und Sokal entwickelt.&amp;lt;ref&amp;gt;E. O. Wilson: &amp;#039;&amp;#039;A consistency test for phylogenies based on contemporaneous species.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Systematic Zoology.&amp;#039;&amp;#039; Band 14, 1965, S. 214–220.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1966 wurden die Begriffe [[Kladistik]] und [[Kladogramm]] geprägt. 1969 entwickelte [[James Farris]] die dynamische und sukzessive Wichtung,&amp;lt;ref&amp;gt;J. S. Farris: &amp;#039;&amp;#039;A successive approximations approach to character weighting.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; Band 18, 1969, S. 374–385.&amp;lt;/ref&amp;gt; auch erschien die &amp;#039;&amp;#039;Wagner parsimony&amp;#039;&amp;#039; von Kluge und Farris&amp;lt;ref name=&amp;quot;Kluge&amp;quot;&amp;gt;A. G. Kluge, J. S. Farris: &amp;#039;&amp;#039;Quantitative phyletics and the evolution of anurans.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; Band 18, 1969, S. 1–32.&amp;lt;/ref&amp;gt; und der CI (&amp;#039;&amp;#039;consistency index&amp;#039;&amp;#039;).&amp;lt;ref name=&amp;quot;Kluge&amp;quot; /&amp;gt; sowie die paarweise Kompatibilität der Clique-Analyse von W. Le Quesne.&amp;lt;ref&amp;gt;W. J. Le Quesne: &amp;#039;&amp;#039;A method of selection of characters in numerical taxonomy.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Systematic Zoology.&amp;#039;&amp;#039; Band 18, 1969, S. 201–205.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1970 generalisierte Farris die &amp;#039;&amp;#039;Wagner parsimony.&amp;#039;&amp;#039;&amp;lt;ref&amp;gt;J. S. Farris: &amp;#039;&amp;#039;Methods of computing Wagner trees.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; Band 19, 1970, S. 83–92.&amp;lt;/ref&amp;gt; 1971 veröffentlichte [[Walter Fitch]] die &amp;#039;&amp;#039;Fitch parsimony&amp;#039;&amp;#039;&amp;lt;ref&amp;gt;W. M. Fitch: &amp;#039;&amp;#039;Toward defining the course of evolution: minimum change for a specified tree topology.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; Band 20, 1971, S. 406–416.&amp;lt;/ref&amp;gt; und [[David F. Robinson]] veröffentlichte den NNI (&amp;#039;&amp;#039;nearest neighbour interchange&amp;#039;&amp;#039;),&amp;lt;ref&amp;gt;D. F. Robinson: &amp;#039;&amp;#039;Comparison of labeled trees with valency three.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Journal of Combinatorial Theory.&amp;#039;&amp;#039; Band 11, 1971, S. 105–119.&amp;lt;/ref&amp;gt; zeitgleich mit Moore u.&amp;amp;nbsp;a. Auch wurde 1971 die ME (&amp;#039;&amp;#039;minimum evolution&amp;#039;&amp;#039;) von Kidd und Sgaramella-Zonta publiziert.&amp;lt;ref&amp;gt;K. K. Kidd, Laura Sgaramella-Zonta: &amp;#039;&amp;#039;Phylogenetic analysis: concepts and methods.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Am. J. Human Genet.&amp;#039;&amp;#039; Band 23, 1971, S. 235–252.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im folgenden Jahr entwickelte E. Adams den &amp;#039;&amp;#039;Adams consensus.&amp;#039;&amp;#039;&amp;lt;ref&amp;gt;E. Adams: &amp;#039;&amp;#039;Consensus techniques and the comparison of taxonomic trees.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; Band 21, 1972, S. 390–397.&amp;lt;/ref&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Die erste Anwendung des &amp;#039;&amp;#039;maximum likelihood&amp;#039;&amp;#039; für Nukleinsäuresequenzen erfolgte 1974 durch J. Neyman.&amp;lt;ref&amp;gt;J. Neyman: &amp;#039;&amp;#039;Molecular studies: A source of novel statistical problems.&amp;#039;&amp;#039; In: S. S. Gupta, J. Yackel: &amp;#039;&amp;#039;Statistical Decision Theory and Related Topics.&amp;#039;&amp;#039; Academic Press, New York 1974, S. 1–27.&amp;lt;/ref&amp;gt; Farris publizierte 1976 das Präfix-System für Ränge.&amp;lt;ref&amp;gt;J. S. Farris: &amp;#039;&amp;#039;Phylogenetic classification of fossils with recent species.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; Band 25, 1976, S. 271–282.&amp;lt;/ref&amp;gt; Ein Jahr später entwickelte er die &amp;#039;&amp;#039;Dollo parsimony.&amp;#039;&amp;#039;&amp;lt;ref&amp;gt;J. S. Farris: &amp;#039;&amp;#039;Phylogenetic analysis under Dollo’s Law.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; 26, 1977, S. 77–88.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1979 wurde der &amp;#039;&amp;#039;Nelson consensus&amp;#039;&amp;#039; von Gareth Nelson veröffentlicht,&amp;lt;ref&amp;gt;Gareth J. Nelson: &amp;#039;&amp;#039;Cladistic Analysis and Synthesis: Principles and Definitions, with a Historical Note on Adanson’s &amp;#039;&amp;#039;Familles Des Plantes&amp;#039;&amp;#039; (1763–1764).&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; Band 28, 1979, S. 1–21. [[doi:10.1093/sysbio/28.1.1]]&amp;lt;/ref&amp;gt; sowie der MAST (maximum agreement subtree) und GAS (greatest agreement subtree) von A. Gordon&amp;lt;ref&amp;gt;A. D. Gordon: &amp;#039;&amp;#039;A measure of the agreement between rankings.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Biometrika.&amp;#039;&amp;#039; Band 66, 1979, S. 7–15. [[doi:10.1093/biomet/66.1.7]]&amp;lt;/ref&amp;gt; und der &amp;#039;&amp;#039;bootstrap&amp;#039;&amp;#039; von Bradley Efron.&amp;lt;ref&amp;gt;B. Efron: &amp;#039;&amp;#039;Bootstrap methods: another look at the jackknife.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Ann. Stat.&amp;#039;&amp;#039; 7, 1979, S. 1–26.&amp;lt;/ref&amp;gt; 1980 wurde PHYLIP als erste Software für phylogenetische Analysen von [[Joseph Felsenstein]] publiziert. Im Jahr 1981 wurde der &amp;#039;&amp;#039;majority consensus&amp;#039;&amp;#039; von Margush und MacMorris,&amp;lt;ref&amp;gt;T. Margush, F. R. McMorris: &amp;#039;&amp;#039;Consensus n-trees.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Bull. Math. Biol.&amp;#039;&amp;#039; Band 43, 1981, S. 239–244.&amp;lt;/ref&amp;gt; der &amp;#039;&amp;#039;strict consensus&amp;#039;&amp;#039; von Sokal und Rohlf&amp;lt;ref&amp;gt;R. R. Sokal, F. J. Rohlf: &amp;#039;&amp;#039;Taxonomic congruence in the Leptopodomorpha re-examined.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; 30, 1981, S. 309–325.&amp;lt;/ref&amp;gt; und der erste effiziente Maximum-Likelihood-Algorithmus von Felsenstein.&amp;lt;ref&amp;gt;J. Felsenstein: &amp;#039;&amp;#039;Evolutionary trees from DNA sequences: A maximum likelihood approach.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;J. Mol. Evol.&amp;#039;&amp;#039; 17, 1981, S. 368–376.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im folgenden Jahr wurden PHYSIS von Mikevich und Farris sowie &amp;#039;&amp;#039;branch and bound.&amp;#039;&amp;#039; von Hendy und Penny&amp;lt;ref&amp;gt;M. D. Hendy, D. Penny: &amp;#039;&amp;#039;Branch and bound algorithms to determine minimal evolutionary trees.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Math Biosci.&amp;#039;&amp;#039; 59, 1982, S. 277–290.&amp;lt;/ref&amp;gt; veröffentlicht. 1985 wurde, basierend auf [[Genotyp]] und [[Phänotyp]], die erste kladistische Analyse von [[Eukaryoten]] durch [[Diana Lipscomb]] publiziert.&amp;lt;ref&amp;gt;Diana Lipscomb: &amp;#039;&amp;#039;The Eukaryotic Kingdoms.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Cladistics.&amp;#039;&amp;#039; 1, 1985, S. 127–140.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im gleichen Jahr wurde &amp;#039;&amp;#039;bootstrap&amp;#039;&amp;#039; erstmals für phylogenetische Untersuchungen von Felsenstein verwendet,&amp;lt;ref&amp;gt;J. Felsenstein: &amp;#039;&amp;#039;Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Evolution.&amp;#039;&amp;#039; 39, 1985, S. 783–791.&amp;lt;/ref&amp;gt; ebenso wie &amp;#039;&amp;#039;jackknife&amp;#039;&amp;#039; von Scott Lanyon.&amp;lt;ref&amp;gt;S. M. Lanyon: &amp;#039;&amp;#039;Detecting internal inconsistencies in distance data.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; 34, 1985, S. 397–403.&amp;lt;/ref&amp;gt; 1987 wurde die &amp;#039;&amp;#039;neighbor-joining method&amp;#039;&amp;#039; von Saitou und Nei publiziert.&amp;lt;ref&amp;gt;N. Saitou, M. Nei: &amp;#039;&amp;#039;The Neighbor-joining Method: A New Method for Constructing Phylogenetic Trees. Mol. Biol.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Evol.&amp;#039;&amp;#039; 4, 1987, S. 406–425.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr darauf wurde &amp;#039;&amp;#039;Hennig86&amp;#039;&amp;#039; in der Version 1.5 von Farris entwickelt. Im Jahr 1989 wurde der RI (&amp;#039;&amp;#039;retention index&amp;#039;&amp;#039;) und der RCI (&amp;#039;&amp;#039;rescaled consistency index&amp;#039;&amp;#039;) von Farris&amp;lt;ref&amp;gt;J. S. Farris: &amp;#039;&amp;#039;The retention index and rescaled consistency index.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Cladistics.&amp;#039;&amp;#039; Band 5, 1989, S. 417–419.&amp;lt;/ref&amp;gt; und die HER (&amp;#039;&amp;#039;homoplasy excess ratio&amp;#039;&amp;#039;) von Archie publiziert.&amp;lt;ref&amp;gt;J. W. Archie: &amp;#039;&amp;#039;Homoplasy Excess Ratios: new indices for measuring levels of homoplasy in phylogenetic systematics and a critique of the Consistency Index.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Zool.&amp;#039;&amp;#039; Band 38, 1989, S. 253–269.&amp;lt;/ref&amp;gt; 1990 wurde der &amp;#039;&amp;#039;combinable components (semi-strict) consensus&amp;#039;&amp;#039; von Bremer&amp;lt;ref&amp;gt;Kåre Bremer: &amp;#039;&amp;#039;Combinable Component Consensus.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Cladistics.&amp;#039;&amp;#039; Band 6, 1990, S. 369–372.&amp;lt;/ref&amp;gt; sowie das SPR (&amp;#039;&amp;#039;subtree pruning and regrafting&amp;#039;&amp;#039;) und die TBR (&amp;#039;&amp;#039;tree bisection and reconnection&amp;#039;&amp;#039;) von Swofford und Olsen veröffentlicht.&amp;lt;ref&amp;gt;D. L. Swofford, G. J. Olsen: &amp;#039;&amp;#039;Phylogeny reconstruction.&amp;#039;&amp;#039; In: D. M. Hillis, G. Moritz: &amp;#039;&amp;#039;Molecular Systematics.&amp;#039;&amp;#039; Sinauer Associates, Sunderland, Mass., 1990, S. 411–501.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1991 folgte der DDI (&amp;#039;&amp;#039;data decisiveness index&amp;#039;&amp;#039;) von Goloboff.&amp;lt;ref&amp;gt;P. A. Goloboff: &amp;#039;&amp;#039;Homoplasy and the choice among cladograms.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Cladistics.&amp;#039;&amp;#039; Band 7, 1991, S. 215–232.&amp;lt;/ref&amp;gt;&amp;lt;ref&amp;gt;P. A. Goloboff: &amp;#039;&amp;#039;Random data, homoplasy and information.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Cladistics.&amp;#039;&amp;#039; Band 7, 1991, S. 395–406.&amp;lt;/ref&amp;gt; 1993 wurde das &amp;#039;&amp;#039;implied weighting&amp;#039;&amp;#039; von Goloboff publiziert.&amp;lt;ref&amp;gt;P. A. Goloboff: &amp;#039;&amp;#039;Estimating character weights during tree search.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Cladistics.&amp;#039;&amp;#039; 9, 1993, S. 83–91.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1994 wurde der &amp;#039;&amp;#039;decay index&amp;#039;&amp;#039; von Bremer veröffentlicht.&amp;lt;ref&amp;gt;K. Bremer: &amp;#039;&amp;#039;Branch support and tree stability.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Cladistics.&amp;#039;&amp;#039; 1994. [[doi:10.1111/j.1096-0031.1994.tb00179.x]]&amp;lt;/ref&amp;gt; Ab 1994 wurde der &amp;#039;&amp;#039;reduced cladistic consensus&amp;#039;&amp;#039; von Mark Wilkinson entwickelt.&amp;lt;ref&amp;gt;Mark Wilkinson: &amp;#039;&amp;#039;Common cladistic information and its consensus representation: reduced Adams and reduced cladistic consensus trees and profiles.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Biol.&amp;#039;&amp;#039; Band 43, 1994, S. 343–368.&amp;lt;/ref&amp;gt;&amp;lt;ref&amp;gt;Mark Wilkinson: &amp;#039;&amp;#039;More on reduced consensus methods.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Syst. Biol.&amp;#039;&amp;#039; Band 44, 1995, S. 436–440.&amp;lt;/ref&amp;gt; 1996 wurde die erste MCMC-basierte Anwendung der Bayesschen Inferenz unabhängig von Li,&amp;lt;ref&amp;gt;S. Li: &amp;#039;&amp;#039;Phylogenetic tree construction using Markov Chain Monte Carlo.&amp;#039;&amp;#039; Ph.D. dissertation, Ohio State University, Columbus 1996.&amp;lt;/ref&amp;gt; Mau&amp;lt;ref&amp;gt;B. Mau: &amp;#039;&amp;#039;Bayesian phylogenetic inference via Markov chain Monte Carlo Methods.&amp;#039;&amp;#039; Ph.D. dissertation, University of Wisconsin, Madison 1996. (abstract)&amp;lt;/ref&amp;gt; sowie Rannalla und Yang entwickelt.&amp;lt;ref&amp;gt;B. Rannala, Z. Yang: &amp;#039;&amp;#039;Probability distribution of molecular evolutionary trees: A new method of phylogenetic inference.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;J. Mol. Evol.&amp;#039;&amp;#039; 43, 1996, S. 304–311.&amp;lt;/ref&amp;gt; Im Jahr 1998 wurde die TNT (&amp;#039;&amp;#039;Tree Analysis Using New Technology&amp;#039;&amp;#039;) von Goloboff, Farris und Nixon publiziert. 2003 wurde das &amp;#039;&amp;#039;symmetrical resampling&amp;#039;&amp;#039; von Goloboff veröffentlicht.&amp;lt;ref&amp;gt;Pablo Goloboff, James Farris, Mari Källersjö, Bengt Oxelman, Maria Ramiacuterez, Claudia Szumik: &amp;#039;&amp;#039;Improvements to resampling measures of group support.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Cladistics.&amp;#039;&amp;#039; 19, 2003, S. 324–332.&amp;lt;/ref&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Anwendungen ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Evolution von Karzinomen ===&lt;br /&gt;
Seit der Entwicklung von [[Next Generation Sequencing]] kann man die Evolution von Krebszellen auch auf molekularer Ebene verfolgen.&amp;lt;ref&amp;gt;{{Literatur |Autor=Niko Beerenwinkel, Chris D. Greenman, Jens Lagergren |Titel=Computational Cancer Biology: An Evolutionary Perspective |Sammelwerk=PLoS Computational Biology |Band=12 |Nummer=2 |Datum=2016-02-04 |ISSN=1553-734X |Sprache=en |DOI=10.1371/journal.pcbi.1004717 |PMC=4742235 |PMID=26845763}}&amp;lt;/ref&amp;gt; Wie im Hauptartikel [[Karzinogenese]] beschrieben, entsteht ein Tumor zuerst durch eine Mutation in einer Zelle. Unter bestimmten Bedingungen häufen sich weitere Mutationen an, die Zelle teilt sich unbeschränkt und schränkt ihre DNA-Reparatur weiter ein. Es entwickelt sich ein Tumor, der aus verschiedenen Zellpopulationen besteht, die jeweils unterschiedliche Mutationen haben können. Diese Tumor-Heterogenität ist gerade für die Behandlung von Krebspatienten von enormer Bedeutung. Phylogenetische Methoden&amp;lt;ref&amp;gt;{{Literatur |Autor=Niko Beerenwinkel, Chris D. Greenman, Jens Lagergren |Titel=Computational Cancer Biology: An Evolutionary Perspective |Sammelwerk=PLoS Computational Biology |Band=12 |Nummer=2 |Datum=2016-02-04 |ISSN=1553-734X |Sprache=en |DOI=10.1371/journal.pcbi.1004717 |PMC=4742235 |PMID=26845763}}&amp;lt;/ref&amp;gt;&amp;lt;ref&amp;gt;{{Literatur |Autor=Niko Beerenwinkel, Roland F. Schwarz, Moritz Gerstung, Florian Markowetz |Titel=Cancer Evolution: Mathematical Models and Computational Inference |Sammelwerk=Systematic Biology |Band=64 |Nummer=1 |Datum=2015-01-01 |ISSN=1063-5157 |Seiten=e1–e25 |DOI=10.1093/sysbio/syu081 |Sprache=en}}&amp;lt;/ref&amp;gt; erlauben es, den Stammbaum für einen Tumor zu bestimmen. An diesem kann man ablesen, welche Mutationen in welcher Subpopulation des Tumors vorhanden sind.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Linguistik ===&lt;br /&gt;
[[Cavalli-Sforza]] beschrieb erstmals die Ähnlichkeit der Phylogenetik von Genen mit der Evolution von [[Sprache]]n aus [[Ursprache]]n.&amp;lt;ref&amp;gt;L. L. Cavalli-Sforza: &amp;#039;&amp;#039;An Evolutionary View in Linguistics.&amp;#039;&amp;#039; In: M. Y. Chen, O. J.-L. Tzeng: &amp;#039;&amp;#039;Interdisciplinary Studies on Language and Language Change.&amp;#039;&amp;#039; Pyramid, Taipei 1994, S. 17–28.&amp;lt;/ref&amp;gt;&amp;lt;ref&amp;gt;L. L. Cavalli-Sforza, William S.-Y. Wang: &amp;#039;&amp;#039;Spatial Distance and Lexical Replacement.&amp;#039;&amp;#039; In: &amp;#039;&amp;#039;Language.&amp;#039;&amp;#039; Band 62, 1986, S. 38–55.&amp;lt;/ref&amp;gt; Die Methoden der Phylogenetik werden daher auch zur Bestimmung von Abstammungen von Sprachen verwendet.&amp;lt;ref&amp;gt;{{Literatur |Autor=Remco Bouckaert, Philippe Lemey, Michael Dunn, Simon J. Greenhill, Alexander V. Alekseyenko |Titel=Mapping the Origins and Expansion of the Indo-European Language Family |Sammelwerk=Science |Band=337 |Nummer=6097 |Datum=2012-08-24 |ISSN=0036-8075 |Seiten=957–960 |Sprache=en |DOI=10.1126/science.1219669 |PMID=22923579}}&amp;lt;/ref&amp;gt; Dies führte unter anderem dazu, die sogenannte Urheimat der [[Indogermanische Sprachen|indoeuropäischen Sprachfamilie]] in Anatolien zu verorten.&amp;lt;ref&amp;gt;{{Literatur |Autor=Remco Bouckaert, Philippe Lemey, Michael Dunn, Simon J. Greenhill, Alexander V. Alekseyenko |Titel=Mapping the Origins and Expansion of the Indo-European Language Family |Sammelwerk=Science |Band=337 |Nummer=6097 |Datum=2012-08-24 |ISSN=0036-8075 |Seiten=957–960 |Sprache=en |Online=https://science.sciencemag.org/content/337/6097/957 |Abruf=2020-03-29 |DOI=10.1126/science.1219669 |PMC=4112997 |PMID=22923579}}&amp;lt;/ref&amp;gt; In der Wissenschaft ist diese Anwendungsübertragung der Phylogenetik jedoch grundsätzlich umstritten, da die Verbreitung von Sprachen nicht nach biologisch-evolutionären Mustern verläuft, sondern eigenen Gesetzmäßigkeiten folgt.&amp;lt;ref&amp;gt;{{Literatur |Autor=Lewis, Martin W., Pereltsvaig, Asya |Titel=The Indo-European Controversy: Facts and Fallacies in Historical Linguistics |Verlag=Cambridge University Press |Ort=Cambridge (United Kingdom) |Datum=2015 |ISBN=978-1-316-31924-6 |Sprache=en |DOI=10.1017/CBO9781107294332}}&amp;lt;/ref&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Literatur ==&lt;br /&gt;
* David Williams: &amp;#039;&amp;#039;The Future of Phylogenetic Systematics.&amp;#039;&amp;#039; Cambridge University Press, Cambridge 2016, ISBN 978-1-316-68918-9.&lt;br /&gt;
* Donald R. Forsdyke: &amp;#039;&amp;#039;Evolutionary Bioinformatics.&amp;#039;&amp;#039; 3. Auflage. Springer, Cham 2016, ISBN 978-3-319-28755-3.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Einzelnachweise ==&lt;br /&gt;
&amp;lt;references /&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
{{Normdaten|TYP=s|GND=4174591-7}}&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[Kategorie:Genetik]]&lt;br /&gt;
[[Kategorie:Bioinformatik]]&lt;br /&gt;
[[Kategorie:Kofferwort]]&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>imported&gt;Einsenkungsmarke</name></author>
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