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2026-01-21T20:43:00Z

Berechnung

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Der '''Peak Counting Score''' (Abk. '''PCS''') ist ein Wert, der die Ähnlichkeit zweier [[Massenspektrum|Massenspektren]] angibt. Der PCS hängt von der Anzahl gemeinsamer und unterschiedlicher Spitzenwerte (''Peaks'') in beiden Spektren ab. Der Wert ist eine sehr einfache Möglichkeit, zwei Massenspektren miteinander zu vergleichen.

== Berechnung ==
Gegeben seien:

*'''SA''': Das Massenspektrum A als Peakliste
*'''SB''': Das Massenspektrum B als Peakliste
*'''δ''': Ein Schwellenwert, der angibt, unterhalb welcher Massendifferenz 2 Peaks als ähnlich gelten sollen
*'''ε''': Der leere Peak (Falls ein Peak nur in einem Spektrum vorkommt, steht ε für die Stelle im anderen Spektrum.)

<math>pcs(S_{A},S_{B}) = \sum_{\rm i\,\ddot ahnlich\,j} score(i,j) + \sum_\text{i nicht in B} score(i,{\rm\varepsilon}) + \sum_\text{j nicht in A} score({\rm\varepsilon},j)</math>

<math>
score(i,j) =\begin{cases}

1, & \text{wenn } \left| masse(i) - masse(j) \right| \leq {\rm\delta}\\
0, & \text{sonst}
\end{cases}
</math>

<math>
score(i,{\rm\varepsilon}) = score({\rm\varepsilon},j) = 0
</math>

== Beispiel ==

*SA = { 10,20,30,50 }
*SB = { 22,30,45,53 }
*δ = 4

Das Alignment wäre in diesem Fall:

{| class="wikitable"
|-
| Peakliste A || 10 || 20 || 30 || ε || 50
|-
| Peakliste B || ε || 22 || 30 || 45 || 53
|}

Die Wertepaare 20 und 22, 30 und 30 bzw. 50 und 53 werden als Treffer (''Match'') eingestuft, da ihre Differenzbeträge kleiner gleich δ = 4 sind.

Der PCS wäre demnach hier:
<math>
\begin{align}
pcs(S_{A},S_{B}) & = score(10,{\rm\varepsilon}) + score(20,22) + score(30,30) + score({\rm\varepsilon},45) + score(50,53) \\
& = 0 + 1 + 1 + 0 + 1 \\
& = 3
\end{align}
</math>

== Weblinks ==
*[http://www.laborpraxis.vogel.de/analytik/spektroskopie-und-photometrie/massenspektrometrie/articles/106152/ Fachartikel zum Thema Informatische Methoden zur Protein-Identifikation]
*[http://www.cs.ucr.edu/~stelo/cpm/cpm05/cpm05_10_4_Kaltenbach.pdf Folien zum Thema] (PDF-Datei; 373 kB)

[[Kategorie:Massenspektrometrie]]

Peak Counting Score - Versionsgeschichte

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