https://wiki-de.moshellshocker.dns64.de/index.php?action=history&feed=atom&title=PSORTPSORT - Versionsgeschichte2026-05-28T05:59:52ZVersionsgeschichte dieser Seite in Wikipedia (Deutsch) – Lokale KopieMediaWiki 1.43.8https://wiki-de.moshellshocker.dns64.de/index.php?title=PSORT&diff=540098&oldid=previmported>YMS: Datenbank lange nicht mehr online (siehe Diskussion), QS erledigt2024-12-08T14:24:56Z<p>Datenbank lange nicht mehr online (siehe Diskussion), QS erledigt</p>
<p><b>Neue Seite</b></p><div>'''PSORT''' war eine online verfügbare [[Datenbank]], die eine Vorhersage von Proteinlokalisationen in Zellen trifft. Dies geschah durch Analyse der eingegebenen Aminosäuresequenz. Sequenzen, die charakteristisch für [[Sortiersignal]]e sind (beispielsweise Länge der [[N-terminale Region|N-terminalen Region]], der [[Hydrophobe Region|hydrophoben Region]], [[Nettoladung]]en), wurden mit bekannten Sortiersignalen verglichen. Daraus wurde eine Lokalisationswahrscheinlichkeit für [[Zytoplasma]], [[Periplasma]], [[innere Membran]] und [[Äußere Membran|Außenmembran]] errechnet.<br />
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== Aufbau ==<br />
<br />
PSORT bestand aus mehreren Subdatenbanken:<br />
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* PSORT (alte Version; Bakterien, Pflanzen)<br />
* PSORT II (Tiere, Hefe; in Bearbeitung: Pflanzen, Gram-positive und Gram-negative Bakterien)<br />
* Wolf PSORT (basierend auf PSORT II; Pilze, Tiere, Pflanzen)<br />
* iPSORT (Detektion von N-terminalen Sortiersignalen)<br />
* PSORT-B (Gram-negative Bakterien)<br />
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''PSORT'' untersuchte Proteinsequenzen mithilfe der Aminosäuresequenzen. Mit einer anfänglichen Kategoriebestimmung wurde die Herkunft (Tier, Pflanze etc.) des Proteins bestimmt. Im Anschluss wurde der Standard-Buchstabencode für Aminosäuren eingegeben. Die Ausgabe erfolgte in drei Abschnitten: Zunächst wurde die eingegebene Sequenz (ggf. korrigiert) gelistet. Daran anschließend waren die Ergebnisse der Subprogramme zu ersehen. Die errechnete Wahrscheinlichkeit der Lokalisation erfolgte im dritten Abschnitt.<br />
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== Ergebnisbeispiel ==<br />
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''1. Abschnitt: Wiederholung der Eingabesequenz''<br />
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''2. Abschnitt: Ergebnisse der Subprogramme (Auswahl)''<br />
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* PSG: Signalpeptidvorhersage<br />
Aufgrund von Sequenzvergleichen mit eingespeisten Aminosäuresequenzen wurde eine Vorhersage getroffen, ob das eingegebene Protein ein [[Signalpeptid]] besitzt. Dies geschah aufgrund der Länge der N-terminalen Region und aufgrund der Nettoladungen in dieser Region.<br />
* GvH: Signalsequenzerkennung<br />
Weitere Methode zur Signalsequenzbestimmung, die auf der [[Weight-Matrix-Methode]] beruht. Dabei wurden die Input-Sequenzen an den [[Konsensussequenz]]en in der Nähe der möglichen Schnittstellen mit bekannten Signal-Sequenzen verglichen.<br />
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''3. Abschnitt: Lokalisationswahrscheinlichkeit''<br />
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Hier wurden die von den Subprogrammen errechneten Daten durch Algorithmen zu einer Lokalisationswahrscheinlichkeit zusammengerechnet. Angegeben wurden die Orte mit den fünf höchsten Wahrscheinlichkeiten.<br />
<br />
{{SORTIERUNG:Psort}}<br />
[[Kategorie:Bioinformatik]]<br />
[[Kategorie:Abkürzung]]</div>imported>YMS