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2026-02-04T18:13:31Z

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{{Infobox Software
| Logo = [[Datei:OpenChrom Logo.svg]]
| Screenshot = [[Datei:OpenChrom 1.5.0 peak traces.png|250px]]
| Beschreibung = OpenChrom Version 1.5.0 „McLafferty“
| Hersteller = Lablicate GmbH [[et al.]]
| Erscheinungsjahr = 
| AktuelleVersion = 
| Betriebssystem = 
| Programmiersprache = 
| Kategorie = [[Chemoinformatik|Chemo-]] und [[Bioinformatik]]
| Lizenz = [[Eclipse Public License|EPL]], Drittkomponenten teilweise unter anderen OSI-kompatiblen Lizenzen<ref>[https://marketplace.eclipse.org/content/openchrom OpenChrom im Eclipse Marketplace]</ref>
| Deutsch = teilweise
| Website = [https://www.openchrom.net/ openchrom.net]
}}

'''OpenChrom''' ist eine [[freie Software]] zum Analysieren [[Massenspektrometrie|massenspektrometrischer]] Daten der [[Chromatographie]]. Der Fokus liegt auf der Bearbeitung von Messdaten chromatographischer Systeme (z. B. GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS). Dabei werden Datenformate unterschiedlicher Hersteller wie [[Agilent Technologies|Agilent]], [[Bruker]], [[Shimadzu]], [[Thermo Fisher Scientific]], [[PerkinElmer]] und weiterer Anbieter unterstützt.<ref name="NadC-2014">Andreas Klingberg, Philip Wenig: ''Mit Open Source auswerten.'' In: ''[[Nachrichten aus der Chemie]].'' 62, 2014, S. 1085, {{DOI|10.1002/nadc.201490380}}.</ref>

OpenChrom unterstützt nur die Analyse bereits aufgezeichneter Messdaten. Eine Gerätesteuerung wird nicht unterstützt. Die Software verfügt über eine anpassbare grafische Oberfläche. Zum Bearbeiten der chromatographischen Daten stehen Methoden zum Finden von Basislinien als auch zum Detektieren und Integrieren von Spitzen bereit. Filter erlauben eine zusätzliche Optimierung der Daten, zum Beispiel, um Massenfragmente (m/z) wie Wasser (18) und Stickstoff (28) zu entfernen.<ref name="AnalytikNews">Philip Wenig: [https://analytik.news/fachartikel/2012/32.html OpenChrom – die betriebssystemübergreifende Open-Source-Alternative zur ChemStation] ([https://analytik.news/fachartikel/pdf/OpenChrom1.pdf PDF]), 10. Juli 2012</ref> OpenChrom ist freie Software und basiert auf einem modularen Ansatz, um zusätzliche Methoden und Algorithmen in die Plattform zu integrieren. OpenChrom baut auf der [[Eclipse RCP|Eclipse Rich Client Platform (RCP)]] auf und ist für die Betriebssysteme Microsoft Windows, Linux und Mac OS X verfügbar. OpenChrom steht unter der [[Eclipse Public License]] 1.0 (EPL). Drittkomponenten werden über separate Plugins bereitgestellt und liegen unter verschiedenen [[Open Source Initiative|OSI]]-kompatiblen Lizenzen vor.

== Geschichte ==
[[Datei:ChemClipse-0-7-0.png|miniatur|ChemClipse in Version 0.7.0]]

OpenChrom entstand im Rahmen der [[Dissertation]] von Philip Wenig an der [[Universität Hamburg]].<ref>''Softwarebasierte Verfahren zur datenbankgestützten Identifizierung organischer Substanzen mittels analytischer Pyrolyse gekoppelt mit Gaschromatographie/Massenspektrometrie (Py-GC/MS)'', Philip Wenig, ''Dissertation''; '''2012'''; {{DNB|1027167683}}</ref> In seiner Arbeit beschäftigte er sich mit der Mustererkennung auf Daten der analytischen [[Pyrolyse]] gekoppelt mit der Gaschromatographie und Massenspektrometrie (Py-GC/MS).<ref>''Post-optimization of Py-GC/MS data: A case study using a new digital chemical noise reduction filter (NOISERA) to enhance the data quality utilizing OpenChrom mass spectrometric software'', Philip Wenig, ''[[Journal of Analytical and Applied Pyrolysis]]''; '''2011'''; {{DOI|10.1016/j.jaap.2011.05.013}}.</ref> Mittels des Moduls ChromIdent können eigene [[Pyrogramm]]-Datenbanken zur Identifizierung aufgebaut werden.<ref>Dr. Philip Wenig, Dr. Andreas Klingberg: [https://www.analytik-news.de/Fachartikel/Volltext/openchrom2.pdf Mittels ChromIdent Auswertung von Pyrolyse-GC/MS Daten – eine sportliche Herausforderung], Lablicate UG 11. September 2014.</ref> Die Software wurde entsprechend generisch implementiert, und schnell wurde klar, dass sich die Anwendung auch auf andere Fragestellungen mit schwer auswertbaren Chromatogrammen wie etwa der Analytik von [[Geruchsstoff]]en in komplexer Matrix anwenden lässt.<ref>''Characterizing odorous emissions using new software for identifying peaks in chemometric models of gas chromatography – mass spectrometry datasets'', K.R. Murphy, P. Wenig, G. Parcsi, T. Skov, R.M. Stuetz, ''[[Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems]]''; 2012 {{DOI|10.1016/j.chemolab.2012.07.006}}, [http://www.models.life.ku.dk/Loads2Chrom Loads2Chrom].</ref>

Im August 2010 hat OpenChrom den ersten Platz beim Thomas Krenn Open-Source-Förderwettbewerb belegt<ref>Werner Fischer: [https://www.thomas-krenn.com/de/wiki/Thomas_Krenn_Open_Source_F%C3%B6rderung_2010 Thomas Krenn Open Source Förderung 2010], Thomas-Krenn.AG, 23. Aug. 2010.</ref><ref>Oliver Frommel: [http://www.admin-magazin.de/News/Preistraeger-fuer-Open-Source-Foerderung-stehen-fest Preisträger für Open-Source-Förderung stehen fest], [[Admin-Magazin]], 23. August 2010.</ref> sowie im März 2011 den Eclipse Community Award als beste [[Rich Client Platform|RCP]]-Anwendung gewonnen.<ref>Alexander Neumann: [https://www.heise.de/developer/meldung/EclipseCon-Eclipse-Community-Awards-mit-deutschen-Gewinnern-1210528.html EclipseCon: Eclipse Community Awards mit deutschen Gewinnern], [[Heise online]], 22. März 2011.</ref> Die Entwickler sind zudem Gründungsmitglieder der Eclipse Science Working Group.<ref>Philip Wenig: [https://jaxenter.de/startschuss-fur-die-eclipse-science-working-group-1035 Startschuss für die Eclipse Science Working Group], JAXenter, 10. Juni 2014</ref><ref>Diana Kupfer: [https://jaxenter.de/open-source-und-wissenschaft-sind-ein-dream-team-1019 'Open Source und Wissenschaft sind ein Dream-Team'], JAXenter, 13. Juni 2014.</ref><ref>Alexander Neumann: [https://www.heise.de/developer/meldung/Entwicklerwerkzeuge-fuer-Forscher-unter-dem-Dach-von-Eclipse-2237053.html Entwicklerwerkzeuge für Forscher unter dem Dach von Eclipse], [[Heise online]], 24. Juni 2014</ref><ref>Hans-Joachim Baader: [https://www.pro-linux.de/news/1/21219/eclipse-startet-wissenschaftsplattform.html Eclipse startet Wissenschaftsplattform], [[Pro-Linux]], 24. Juni 2014.</ref><ref>Philip Wenig: [https://jaxenter.de/die-zeit-ist-reif-fur-eine-gemeinsame-eclipse-basierte-plattform-fur-die-wissenschaft-2788 Die Zeit ist reif für eine gemeinsame, Eclipse-basierte Plattform für die Wissenschaft], JAXenter, 12. August 2013.</ref> Auch nach der erfolgreichen Kommerzialisierung der freien Software und damit in Verbindung stehender Dienste wurde das Engagement der Firma Lablicate im Bereich Open Source durch die Veröffentlichung der Schwestersoftware ''ChemClipse'', deren Namensrechte die [[Eclipse Foundation]] trägt, erneut bestätigt.<ref>Diana Kupfer: [https://jaxenter.de/projekt-chemclipse-eclipse-fur-die-chemische-analyse-109 Projekt ChemClipse: Eclipse für die chemische Analyse], JAXenter, 5. Januar 2015.</ref><ref>Hartmut Schlosser: [https://jaxenter.de/chemclipse-stellt-sich-vor-eclipse-trifft-wissenschaft-13050 ChemClipse stellt sich vor: Eclipse trifft Wissenschaft], JAXenter, 9. Januar 2015.</ref>

Das Team der Firma Lablicate ist in die [[Forschung]] und [[Lehren|Lehre]] des Fachbereichs Chemie der [[Universität Hamburg]] integriert. An [[Chemometrik]] und [[Bioinformatik]] interessierte Studenten werden durch [[Mentoring]] gezielt gefördert und unterstützt.<ref>Andreas Klingberg: [https://www.chemie.uni-hamburg.de/zeitung/Mitarbeiterzeitung_19_Dez_2015.pdf Lablicate – Eine Ausgründung für Analysetools im Bereich Chromatographie und Massenspektrometrie], CU, Chemie, [[Uni Hamburg]], Die Mitarbeiterzeitung, Ausgabe 19, Dezember 2015.</ref> Durch Kooperation mit der Abteilung für [[Massenspektrometrie]] bleiben die OpenChrom-Entwickler in direktem Kontakt mit den Praktikern und ihren alltäglichen [[Benutzerfreundlichkeit|Benutzbarkeitsproblemen]] im Umgang mit komplexer wissenschaftlicher Auswertesoftware.<ref>[https://www.chemie.uni-hamburg.de/service/wissenschaftlicher-service/ms/openchrom.html Universität Hamburg: Fachbereich Chemie: OpenChrom®].</ref> Zudem ist das Team von Lablicate auch auf wissenschaftlichen Veranstaltungen präsent und bietet [[Workshop]]s für [[Nachwuchswissenschaftler]] an.<ref>Philip Wenig, Andreas Klingberg: [https://www.dgms2016.uni-hamburg.de/en/program/workshops.html Prozessierung und Interpretation von massenspektrometrischen Daten mit OpenChrom], [[Deutsche Gesellschaft für Massenspektrometrie]].</ref>

== Unterstützte Datenformate ==
Jeder Hersteller legt die aufgenommenen Messdaten üblicherweise in einem eigenen Datenformat ab. Diese Datenformate sind in den meisten Fällen [[proprietär]] und damit für Softwarelösungen anderer Hersteller unzugänglich. Es kommt zur [[Wettbewerbsverzerrung]] durch einen technisch herbeigeführten [[Vendor-Lock-in]]. Das erschwert den Vergleich von Messdaten und behindert den wissenschaftlichen Austausch. Zudem müssen [[Software-Entwickler]] ein aufwändiges [[Reverse Engineering]] der Formate durchführen, um die Daten lesbar zu machen.

Das Ziel von OpenChrom ist es, eine möglichst große Bandbreite an unterschiedlichen Formaten zu unterstützen. Hierfür werden in das Programm integrierte [[Dateikonverter|Konverter]] kostenfrei zur Verfügung gestellt. Die [[Rohdaten]] werden importiert und bleiben selbst unverändert. Darüber hinaus ermöglicht es OpenChrom die analysierten Messdaten in [[Offenes Format|offenen Formaten]] abzuspeichern. Dazu stellt OpenChrom ein eigenes Open-Source-Format (*.ocb) zur Verfügung. Dieses Format speichert nicht nur die Messdaten, sondern auch die Identifizierungsergebnisse.

=== Massenselektiver Detektor ===
{{Hauptartikel|Massenselektiver Detektor}}
* Agilent *.D (DATA.MS and MSD1.MS)
* [[AMDIS]] Library (*.msl)
* Bruker Flex [[MALDI-TOF]] MS (*.fid)
* Chromtech (*.dat)
* [[Character Separated Values|CSV]] (*.csv)
* Finnigan (*.RAW)
* Finnigan MAT95 (*.dat)
* Finnigan ITDS (*.DAT)
* Finnigan ITS40 (*.MS)
* Finnigan Element II (*.dat)
* [[JCAMP-DX]] (*.JDX)
* [[Microsoft Excel]] (*.xlsx)
* [[mzXML]] (*.mzXML)
* [[mzData]] (*.mzData)
* [[NetCDF]]/[[Analytical Data Interchange Format|ANDI/AIA]] (*.cdf)
* NIST Text (*.msp)
* OpenChrom (*.ocb)
* Peak Loadings (*.mpl)
* PerkinElmer (*.raw)
* Varian SMS (*.SMS)
* Varian XMS (*.XMS)
* VG MassLab (*.DAT_001;1)
* Shimadzu (*.qgd)
* Shimadzu (*.spc)
* Waters (*.RAW)
* Agilent ICP-MS (*.icp)
* Finnigan ICIS (*.dat)
* [[mzML]] (*.mzML)
* [[mzMLb]] (*.mzMLb)
* [[mz5]] (*.mz5)
* [[mzDB]] (*.mzDB)
* MassHunter (*.D)
* Finnigan ICIS (*.dat)
* MassLynx (*.RAW)
* Galactic Grams (*.cgm)
* [[GAML]] (*.gaml)
* [[Mascot (Software)|Mascot]] Generic Format (*.mgf)
* [[AnIML]] (*.animl)
* [[Chemical Markup Language]] (*.cml),
* [[Allotrope Data Format]] (*.adf)<ref>{{Internetquelle |url=https://lablicate.com/marketplace/extensions/allotrope |titel=Allotrope |werk=Lablicate Marketplace |sprache=en |abruf=2026-02-04}}</ref>
* [[Allotrope Simple Model]] (*.json)<ref>{{Internetquelle |url=https://lablicate.com/marketplace/extensions/asm |titel=Allotrope Simple Model |werk=Lablicate Marketplace |sprache=en |abruf=2026-02-04}}</ref>
* …

=== Flammenionisationsdetektor ===
{{Hauptartikel|Flammenionisationsdetektor}}
* Agilent FID (*.D/*.ch)
* FID Text (*.xy)
* [[NetCDF]]/[[Analytical Data Interchange Format|ANDI/AIA]] (*.cdf)
* PerkinElmer (*.raw)
* Varian (*.run)
* Finnigan FID (*.dat)
* Finnigan FID (*.raw)
* Shimadzu (*.gcd)
* Arw (*.arw)
* [[GAML]] (*.gaml)
* [[AnIML]] (*.animl)
* Thermo Scientific Atlas (*.r01)
* PeakSimple (*.CHR)
* …

=== Diodenarraydetektor ===
{{Hauptartikel|Diodenarraydetektor}}
* Agilent DAD (*.UV/*.ch)
* ABSciex
* Chromulan
* Shimadzu (*.lcd)
* Waters Empower

=== FT-IR ===
{{Hauptartikel|FTIR-Spektrometer}}
* [[JCAMP-DX]] (*.dx)
* Thermo Galactics (*.spc)
* Thermo Fisher Nicolet (*.spa)
* GAML (*.gaml)
* Chemical Markup Language (*.cml)

=== NIR ===
{{Hauptartikel|Nahinfrarotspektroskopie}}
* Bruker OPUS (*.0)

=== UV/Vis ===
* Chemical Markup Language (*.cml)
* [[SpectroML]] (*.xml)

=== qPCR ===
{{Hauptartikel|Real Time Quantitative PCR}}
* Roche LightCycler (*.ixo)
* bioMérieux GeneUp (*.egu)
* [[RDML]] (*.rdml)
* RDES (*.tsv)

=== Weitere Formate ===
* Peak Loadings (*.mpl)
* [[National Institute of Standards and Technology|NIST]]-DB (*.msp)
* AMDIS Bibliothek (*.msl)
* AMDIS Kalibrierstandard (*.cal)
* AMDIS Ergebnisdatei (*.ELU)
* [[MassBank]] (*.txt)
* [[Scalable Vector Graphics|SVG]] (*.svg)
* [[ZIP-Dateiformat|ZIP]] (*.zip)
* SIRIUS Datenbank (*.ms)
* CAMAG [[HPTLC]]

== Hauptfunktionen ==
OpenChrom stellt eine Vielzahl an Funktionen zum Bearbeiten chromatographischer Daten zur Verfügung, die modular durch Erweiterungen ([[Plug-in]]s) zur Verfügung gestellt werden und unabhängig vom Hauptprogramm eingespielt und aktualisiert werden können:

* native Bearbeitung chromatographischer Daten ([[Massenselektiver Detektor|MSD]] und [[Flammenionisationsdetektor|FID]])
* automatische Verarbeitung der Daten ([[Stapelverarbeitung]])
* Basislinienerkennung und -korrektur
* Spitzendetektoren und -integratoren
* Filter (Entfernen von Massenfragmenten und Scans, Rauschreduktion, [[Savitzky-Golay-Filter]], [[COmponent Detection Algorithm|CODA]], [[Backfolding]])
* Anpassen von [[Retentionszeit]]en und Setzen von [[Retentionsindex|Retentionsindizes]]
* Vergleich von Chromatogrammen und Identifikation von [[Peak]]s und Massenspektren zum Aufbau von Datenbanken mit Referenzsubstanzen
* Darstellung von identifizierten Molekülen mit dem [[Chemistry Development Kit|CDK]]
* Quantifizierung mit [[Interner Standard|internen]] oder [[Externer Standard|externem Standards]]
* Subtraktion von Massenspektren
* [[Hauptkomponentenanalyse]] (PCA)
* Einbindung von [[OpenOffice.org|OpenOffice]]/[[LibreOffice]] und [[Microsoft Office]]
* [[Labor-Informations- und Management-System|LIMS]]-Anbindung

== Versionen ==
Seit 2010 gibt es offizielle Versionen von OpenChrom. Jede Hauptversion ist nach einem berühmten Wissenschaftler aus dem Bereich der Chromatografie und/oder Massenspektrometrie benannt.<ref>{{Internetquelle |url=http://wiki.openchrom.net/index.php/OpenChrom_Versions |titel=OpenChrom Versions |werk=OpenChrom-Wiki |hrsg=Lablicate GmbH |sprache=en |archiv-url=https://web.archive.org/web/20171116185617/http://wiki.openchrom.net/index.php/OpenChrom_Versions |archiv-datum=2017-11-16 |abruf=2026-02-04}}</ref> Innerhalb einer Versionsreihe erfolgt eine Veröffentlichung im Wochenzyklus.<ref>{{Internetquelle |url=https://github.com/OpenChrom/openchrom/wiki/changelog |titel=Changelog |werk=[[GitHub]] |hrsg=Lablicate GmbH |sprache=en |abruf=2026-02-04}}</ref>

{| class="wikitable"
|-
! Projektname
! Namensgeber
! Datum
! Version
|-
| Thomson
| [[Joseph John Thomson]]
| April 2010
| {{Version |o |0.1.0 | sortKey="0.1.0"}}
|-
| Goldstein
| [[Eugen Goldstein]]
| Mai 2010
| {{Version |o |0.2.0 | sortKey="0.2.0"}}
|-
| Wien
| [[Wilhelm Wien]]
| Oktober 2010
| {{Version |o |0.3.0 | sortKey="0.3.0"}}
|-
| Tswett
| [[Michail Semjonowitsch Zwet]]
| April 2011
| {{Version |o |0.4.0 | sortKey="0.4.0"}}
|-
| Martin
| [[Archer John Porter Martin]]
| Oktober 2011
| {{Version |o |0.5.0 | sortKey="0.5.0"}}
|-
| Synge<ref name="AnalytikNews"/>
| [[Richard Laurence Millington Synge|Richard L. M. Synge]]
| April 2012
| {{Version |o |0.6.0 | sortKey="0.6.0"}}
|-
| Nernst<ref name="AnalytikNews"/>
| [[Walther Nernst]]
| Oktober 2012
| {{Version |o |0.7.0 | sortKey="0.7.0"}}
|-
| Dempster<ref>{{Internetquelle |titel=Eclipse für Chemiker: OpenChrom 0.8.0 mit vielen Neuerungen |autor=Dr. Philip Wenig |werk=JAXenter |datum=2013-07-30 |url=https://jaxenter.de/eclipse-fur-chemiker-openchrom-0-8-0-mit-vielen-neuerungen-2866 |archiv-url=https://web.archive.org/web/20201020173647/https://jaxenter.de/eclipse-fur-chemiker-openchrom-0-8-0-mit-vielen-neuerungen-2866 |offline=ja |abruf=2026-02-04}}</ref><ref>{{Internetquelle |autor=Jan Kleinert |url=https://www.linux-magazin.de/news/frisch-geputzt-fuer-die-chemische-analytik-open-chrom-0-8-0/ |titel=Frisch geputzt für die chemische Analytik: Open Chrom 0.8.0 |werk=[[Linux-Magazin]] |datum=2013-07-31 |sprache=de |abruf=2026-02-04}}</ref>
| [[Arthur Jeffrey Dempster]]
| Juli 2013
| {{Version |o |0.8.0 | sortKey="0.8.0"}}
|-
| Mattauch<ref>{{Internetquelle |titel=Eclipse-Software OpenChrom mit neuen Data Converters |autor=Claudia Fröhling |werk=JAXenter |datum=2014-08-07 |url=https://jaxenter.de/eclipse-software-openchrom-mit-neuen-data-converters-802 |archiv-url=https://web.archive.org/web/20200929011556/https://jaxenter.de/eclipse-software-openchrom-mit-neuen-data-converters-802 |offline=ja |abruf=2026-02-04}}</ref>
| [[Josef Mattauch]]
| Juli 2014
| {{Version |o |0.9.0 | sortKey="0.9.0"}}
|-
| Aston<ref>{{Internetquelle |autor=Michael Thomas |titel=OpenChrom 1.0.0 mit neuen Datenkonvertern |werk=JAXenter |datum=2015-08-04 |url=https://jaxenter.de/openchrom-1-0-0-neue-datenkonverter-24416 |archiv-url=https://web.archive.org/web/20151017005056/https://jaxenter.de/openchrom-1-0-0-neue-datenkonverter-24416 |offline=ja |abruf=2026-02-04}}</ref>
| [[Francis William Aston]]
| Juli 2015
| {{Version |o |1.0.0 | sortKey="1.0.0"}}
|-
| Diels
| [[Otto Diels]]
| Juli 2016
| {{Version |o |1.1.0 | sortKey="1.1.0"}}
|-
| Alder
| [[Kurt Alder]]
| August 2017
| {{Version |o |1.2.0 | sortKey="1.2.0"}}
|-
| Dalton
| [[John Dalton]]
| August 2018
| {{Version |o |1.3.0 | sortKey="1.3.0"}}
|-
| Lawrence
| [[Ernest Lawrence]]
| August 2019
| {{Version |o |1.4.0 | sortKey="1.4.0"}}
|-
| McLafferty
| [[Fred McLafferty]]
| März 2022
| {{Version |o |1.5.0 | sortKey="1.5.0"}}
|-
| Hillenkamp
| [[Franz Hillenkamp]]
| Januar 2026
| {{Version |c |1.6.0 | sortKey="1.6.0"}}
|}
<small>{{Version|l|show=11101}}</small>

== Einzelnachweise ==
<references />

== Literatur ==
* [https://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/405/abstract ''OpenChrom: a cross-platform open source software for the mass spectrometric analysis of chromatographic data''], Philip Wenig, Juergen Odermatt, ''BMC Bioinformatics''; '''2010''', {{DOI|10.1186/1471-2105-11-405}}

== Weblinks ==
{{commonscat|OpenChrom}}
* [https://www.openchrom.net/ offizielle Webpräsenz]
* {{SourceForge}}
* {{GitHub|OpenChrom/OpenChrom}}

[[Kategorie:Chromatographie]]
[[Kategorie:Freie Chemiesoftware]]
[[Kategorie:Linux-Software]]
[[Kategorie:MacOS-Software]]
[[Kategorie:Windows-Software]]
[[Kategorie:Massenspektrometrie-Software]]

OpenChrom - Versionsgeschichte

imported>Matthias M.: /* Versionen */ JAXenter archiviert