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2021-04-13T07:22:16Z

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Das '''Nexus'''-Format ist ein in der [[Systematik (Biologie)|systematischen Biologie]] und [[Bioinformatik]] weit verbreitetes [[Dateiformat]], das in mehreren [[Computerprogramm]]en zur [[Phylogenetischer Baum|Stammbaumanalyse]] Anwendung findet.

== Syntax ==
Nexus-Dateien sind [[Textdatei]]en, die ein [[Modularität|modulares]] Format aufweisen: Neben obligatorischen Blöcken können optionale Blöcke Informationen und Befehle für bestimmte Anwendungen enthalten. Jeder Block beginnt mit der Zeile <code>BEGIN BlockName;</code> und endet mit der Zeile <code>END;</code>. Sinnabschnitte innerhalb eines Blocks werden mit <code>;</code> getrennt. Text zwischen [[Klammer (Zeichen)#Eckige Klammern|eckigen Klammern]] wird als [[Kommentar (Programmierung)|Kommentar]] aufgefasst und damit ignoriert. Die erste Zeile muss <code>#NEXUS</code> lauten.

Ein Beispiel für eine einfache Nexus-Datei mit einem [[Sequenzalignment]] ist:
#NEXUS
BEGIN data;[eröffnet den "Data"-Block]
Dimensions ntax=4 nchar=15; [Definiert die Größe des Alignments]
Format datatype=dna missing=? gap=-; [Definiert den Datentyp (DNA) und Symbole für fehlende Daten (?) und [[Indel|gaps]] (-)]
Matrix [hier beginnt das Alignment...]
Species1 atgctagctagctcg
Species2 atgcta??tag-tag
Species3 atgttagctag-tgg
Species4 atgttagctag-tag
; [...und hier endet es]
END; [beendet den "Data"-Block]

== Quellen ==
* {{Literatur
|Autor=D. R. Maddison, D. L. Swofford, W. P. Maddison
|Titel=NEXUS: An extensible file format for systematic information
|Sammelwerk=Systematic Biology
|Band=46
|Nummer=4
|Datum=1997
|Seiten=590–621
|DOI=10.1093/sysbio/46.4.590}}
* [http://informatics.nescent.org/wiki/NEXUS_Specification Detaillierter Artikel] über das NEXUS-Format mit einer Liste von Schlüsselwörtern (englisch)

[[Kategorie:Datenformat]]
[[Kategorie:Bioinformatik]]

Nexus (Bioinformatik) - Versionsgeschichte

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