imported>CyberOne25 am 16. März 2025 um 14:21 Uhr

2025-03-16T14:21:30Z

Neue Seite

[[Datei:Go-logo.small.png|mini|alternativtext=Logo]]
'''Gene Ontology''' ('''GO''') ist eine internationale [[Bioinformatik]]-Initiative zur Vereinheitlichung eines Teils des [[Vokabular]]s der [[Biowissenschaften]]. Resultat ist die gleichnamige [[Ontologie (Informatik)|Ontologie]]-[[Datenbank]], die inzwischen weltweit von vielen biologischen Datenbanken verwendet und ständig weiterentwickelt wird. Die Datenbank will vor allem Informationen über die Funktionen der [[Gen]]e bereitstellen.<ref>[http://geneontology.org/ Geneontology.org], abgerufen am 31. Juli 2022</ref> Weitere Bemühungen sind die Zuordnung von GO-Termini (Annotation) zu einzelnen Genen und ihren [[Protein]]en sowie die Bereitstellung entsprechender [[Software]] zur Verwendung der Ontologie.

Die an GO teilnehmenden Institutionen sind in der Mehrzahl [[Vereinigte Staaten|US-amerikanisch]] und werden von den Regierungen und einem Unternehmen ([[AstraZeneca]]) unterstützt.<ref>{{Internetquelle |url=http://geneontology.org/page/go-consortium-contributors-list |hrsg= |titel=GO Consortium Contributors List |werk=geneontology.org |sprache=en |zugriff=2018-01-08}}</ref> GO ist primär in [[Englische Sprache|Englisch]] und spezies-neutral gehalten und steht zur freien Verfügung. Sie ist Teil eines größeren Projekts, der [[Open Biomedical Ontologies]].

== Datenbank und Termini ==
GO ist eine biomedizinische Ontologie, die drei Bereiche abdeckt: „Zelluläre Komponente“, „Biologischer Prozess“ und „Molekulare Funktion“. Jeder Terminus besteht aus einem Namen, einer Nummer und assoziierten Daten. Die Ontologie hat die Topologie eines gerichteten azyklischen [[Graph (Graphentheorie)|Graphen]].

=== Beispiel ===
id: GO:0000016
name: lactase activity
namespace: molecular_function
def: "Catalysis of the reaction: lactose + H2O = D-glucose + D-galactose." [EC:3.2.1.108]
synonym: "lactase-phlorizin hydrolase activity" BROAD [EC:3.2.1.108]
synonym: "lactose galactohydrolase activity" EXACT [EC:3.2.1.108]
xref: EC:3.2.1.108
xref: MetaCyc:LACTASE-RXN
xref: Reactome:20536
is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds

Datenquelle:<ref>{{cite web
|url = http://www.geneontology.org/ontology/obo_format_1_2/gene_ontology.1_2.obo
|title = gene_ontology.1_2.obo
|accessdate = 2009-03-16
|author = The GO Consortium
|date = 2009-03-16
|format = OBO 1.2 flat file
|archiveurl = https://web.archive.org/web/20151006032626/http://www.geneontology.org/ontology/obo_format_1_2/gene_ontology.1_2.obo
|archivedate = 2015-10-06
|offline = yes
|language=en
}}</ref>

== Anwendungen ==
Die Gene Ontology ist, wie andere Ontologien, ein Versuch, biologisches Wissen übersichtlich darzustellen. Eine solche Darstellung, zudem wenn sie Anspruch auf Optimalität erhebt, hätte neben einer Vereinheitlichung der Sprache viele Anwendungen, unter anderem im Verlags- und Bibliothekswesen. Hinzu kommt, dass durch die strukturierte Darstellung eine Verwendung in [[Software]] möglich ist, die so biologisches und klinisches Wissen benutzt, um Fragen zu beantworten und experimentelle Daten zu analysieren ([[künstliche Intelligenz#Logisches Schließen|Logisches Schließen]], [[Data-Mining]]).<ref>[[Michael Ashburner|M. Ashburner]], C. A. Ball u. a.: ''Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium.'' In: ''[[Nature genetics]].'' Band 25, Nummer 1, Mai 2000, S. 25–29. [[doi:10.1038/75556]]. PMID 10802651. {{PMC|3037419}}.</ref><ref name="DOI10.1093/nar/gkp1018">GO Consortium: ''The Gene Ontology in 2010: extensions and refinements.'' In: ''[[Nucleic Acids Research]].'' 38, 2009, S. D331–D335, [[doi:10.1093/nar/gkp1018]].</ref>

Die wichtigsten Hilfsmittel zum Durchsehen der GO-Einträge sind der Ontologieeditor OBO-edit und der Browser AmiGO, der als Webseite zur Verfügung steht. In [[Europa]] betreibt das [[European Bioinformatics Institute]] den [[Webbrowser|Browser]] QuickGO.<ref>[https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/ QuickGO], abgerufen am 31. Juli 2022</ref> OBO-edit stellt außer der Präsentation der Ontology Werkzeuge zur Abfrage und zum Filtern der Ontologieinformation zur Verfügung.<ref>J. Day-Richter, M. A. Harris u. a.: ''OBO-Edit–an ontology editor for biologists.'' In: ''Bioinformatics.'' Band 23, Nummer 16, August 2007, S. 2198–2200, {{ISSN|1367-4811}}. [[doi:10.1093/bioinformatics/btm112]]. PMID 17545183.</ref>

Für die Analyse von Experimenten, die als Resultat eine große Menge an Werten enthalten, die jeweils einzelnen Genen zugeordnet sind, können verschiedene Zielsetzungen des Data-Mining mit jeweils unterschiedlichen Algorithmen, zusammen mit der vorgegebenen Gene Ontology, zu nichttrivialen Schlussfolgerungen aus dem Experiment führen. Beispielsweise werden [[Clusteranalyse]]-Algorithmen verwendet, um festzustellen, welche biologischen Prozesse hauptsächlich durch bestimmte Umweltgifte in Zellen verändert werden, indem man Resultate entsprechender [[Microarray]]-Experimente mithilfe der GO-Annotationen aller Gene des betroffenen Organismus analysiert.<ref>P. Pavlidis, J. Qin u. a.: ''Using the gene ontology for microarray data mining: a comparison of methods and application to age effects in human prefrontal cortex.'' In: ''Neurochemical research.'' Band 29, Nummer 6, Juni 2004, S. 1213–1222, {{ISSN|0364-3190}}. PMID 15176478.</ref>

== Siehe auch ==
* [[GoPubMed]]

== Weblinks ==
* [http://www.geneontology.org/ Gene Ontology Consortium]
* [http://amigo.geneontology.org/ AmiGO browser]
* [http://gowiki.tamu.edu/wiki/index.php/Main_Page GONUTS Wiki] — Third party GO-Term Dokumentation
* [http://obofoundry.org/ OBO Foundry library]
* [https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/ QuickGO Browser]
* [http://www.semantic-systems-biology.org/ Semantic Systems Biology]

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Bioinformatik]]
[[Kategorie:Dokumentationssprache]]
[[Kategorie:Semantisches Web]]

Gene Ontology - Versionsgeschichte

imported>CyberOne25 am 16. März 2025 um 14:21 Uhr