https://wiki-de.moshellshocker.dns64.de/index.php?action=history&feed=atom&title=GROMACSGROMACS - Versionsgeschichte2026-06-02T06:45:00ZVersionsgeschichte dieser Seite in Wikipedia (Deutsch) – Lokale KopieMediaWiki 1.43.8https://wiki-de.moshellshocker.dns64.de/index.php?title=GROMACS&diff=1713943&oldid=previmported>Anagkai: Assoziative Verweise entfernt, die schon im Text verlinkt sind oder keine weiterführenden Informationen bieten.2026-03-11T20:28:37Z<p>Assoziative Verweise entfernt, die schon im Text verlinkt sind oder keine weiterführenden Informationen bieten.</p>
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{{Infobox Software<br />
|Logo = [[Datei:Gmx logo blue.png|150px|Logo]]<br />
|Hersteller = [[Königliche Technische Hochschule|KTH Stockholm]],<br />[[Universität Uppsala]]<br />u.&nbsp;a.<ref>{{Internetquelle |url=http://www.gromacs.org/About_Gromacs/People |titel=Die GROMACS-Entwickler |werk=gromacs.org |sprache=en |abruf=2017-10-06 |archiv-url=https://web.archive.org/web/20200226063101/http://www.gromacs.org/About_Gromacs/People |archiv-datum=2020-02-26 |offline=ja |archiv-bot= }}</ref><br />
|Betriebssystem = [[Windows]]<ref>{{Internetquelle |url=https://manual.gromacs.org/2024.4/install-guide/index.html#building-on-windows |titel=GROMACS auf Windows |werk=manual.gromacs.org |sprache=en |abruf=2025-01-18}}</ref>, [[macOS]], [[Linux]]<br />
|Kategorie = Simulationssoftware<br />
|Lizenz = [[GNU General Public License|GNU GPL]]<br />
|Deutsch = nein<br />
|Website = [http://www.gromacs.org/ www.gromacs.org]<br />
}}<br />
<br />
'''GROMACS''' ('''''Gro'''ningen '''Ma'''chine for '''C'''hemical '''S'''imulations'') ist ein [[Softwarepaket]] für Simulationen und Auswertungen [[Moleküldynamik|molekulardynamischer]] Prozesse (MD), das ursprünglich an der [[Universität Groningen]] entwickelt wurde. Heute findet die Unterstützung und Weiterentwicklung an verschiedenen Orten und Einrichtungen statt, darunter die [[Universität Uppsala]], [[Universität Stockholm]] und das [[Max-Planck-Institut für Polymerforschung]].<ref name="pmid16211538">{{Literatur |Autor=D. Van Der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark, H. J. Berendsen |Titel=GROMACS: fast, flexible, and free |Sammelwerk=J Comput Chem |Band=26 |Nummer=16 |Datum=2005 |Seiten=1701–1718 |DOI=10.1002/jcc.20291 |PMID=16211538}}</ref><ref name="Hess_2008">{{Literatur |Autor=B. Hess, C. Kutzner, D. Van Der Spoel, E. Lindahl |Titel=GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation |Sammelwerk=J Chem Theory Comput |Band=4 |Nummer=2 |Datum=2008 |Seiten=435 |DOI=10.1021/ct700301q}}</ref><br />
<br />
== Eigenschaften ==<br />
Ursprünglich wurde das GROMACS-Projekt in den frühen 1990er Jahren gestartet, um ein optimiertes Parallelcomputersystem für molekulare Simulation zu konstruieren. Das ganze System basierte anfänglich auf einer ringförmigen Architektur der beteiligten Rechner mit aufwändiger Kommunikation zwischen den einzelnen Knoten.<br />
Die spezifischen [[Routine (Programmierung)|Routinen]] basierten auf dem Programm [[GROMOS]], das in derselben Arbeitsgruppe in Groningen entwickelt wurde. Sie wurden aber in [[C (Programmiersprache)|C]] umgeschrieben, wohingegen GROMOS in [[Fortran]]77 geschrieben war.<br />
Zusätzlich wurde eine Vielzahl spezifischer Elemente hinzugefügt, z.&nbsp;B.:<br />
* eine besondere Routine, um die aufwändige [[Quadratwurzel]]berechnung zu umgehen<br />
* optimierte Verarbeitung der Liste benachbarter Atome<br />
* Berechnung der [[Virialgleichung]] als einfache anstatt doppelter Summe über die Partikel<br />
* schnelle Gitternetz basierte Suche benachbarter Atome<br />
* Verwendung von Vektor-Befehlssätzen ([[3DNow]] und [[Streaming SIMD Extensions|SSE]]) auf [[Pentium]] (III und höher), [[Athlon]] und [[Duron]] Prozessoren.<br />
* Verwendung von OpenCL und CUDA für GPU und MPI für Rechnernetze mit Version 5 oder 2016 und höher.<br />
* Verwendung von SYCL ab Version 2021 als Ersatz von OpenCL (deprecated mit Version 2021)<ref>https://www.iwocl.org/wp-content/uploads/22-iwocl-syclcon-2021-alekseenko-slides.pdf</ref><br />
* Implementierung ''des [[DSSP]]-Algorithmus'' für die ''Sekundärstrukturvorhersage''<ref>{{Internetquelle |autor=GROMACS development team |url=https://manual.gromacs.org/2023/release-notes/2023/major/highlights.html |titel=Highlights GROMACS 2023 |werk=manual.gromacs.org |datum=2023 |sprache=en |abruf=2023-04-27}}</ref><br />
<br />
Der durchgehend optimierte Code macht GROMACS zu einem der schnellsten Programme im Bereich der molekularen Simulationen, die zurzeit (Stand Juli 2009) zu finden sind. Zusätzlich wird GROMACS durch die Unterstützung verschiedener [[Kraftfeld (Computerphysik)|Kraftfelder]], wie ''AMBER'', ''OPLS'' oder GROMOS sehr flexibel. Die Verbreitung unter [[GNU General Public License|GPL]] Lizenzierung ist ein weiterer erwähnenswerter Punkt von GROMACS. Durch diese Art der Lizenzierung ist das Paket bereits in vielen Linux-Distributionen enthalten bzw. kann recht einfach nachinstalliert werden.<br />
Für das verteilte Rechnen ist eine [[Message Passing Interface|MPI]]-Unterstützung bei der Installation als Option vorhanden. Das Projekt [[Folding@home]] der [[Stanford University]] nutzt GROMACS unter einer Nicht-GPL-Lizenz im Bereich der ''ab initio''-Simulationen von Proteinfaltungen.<br />
Das Paket umfasst knapp 100 Programme zur Durchführung und Analyse molekulardynamischer Berechnungen.<br />
<br />
== Siehe auch ==<br />
* [[CHARMM]]<br />
* [[NAMD]]<br />
* [[Xmgrace|Grace]]<br />
<br />
== Weblinks ==<br />
* [http://www.gromacs.org/ Offizielle Website] (englisch)<br />
* [https://www.bwhpc-c5.de/wiki/index.php/Gromacs GROMACS on HPC-C5 Cluster-Systems]<br />
<br />
== Einzelnachweise ==<br />
<references /><br />
<br />
[[Kategorie:Freie Chemiesoftware]]<br />
[[Kategorie:Verteiltes Rechnen]]<br />
[[Kategorie:Windows-Software]]<br />
[[Kategorie:MacOS-Software]]<br />
[[Kategorie:Linux-Software]]<br />
[[Kategorie:Abkürzung]]</div>imported>Anagkai