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2025-03-23T20:42:23Z

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{{Dieser Artikel|erläutert den Dotplot in der Bioinformatik; zum Dotplot in der Statistik siehe [[Dotplot (Statistik)]].}}

[[Datei:Zinc-finger-dot-plot.png|mini|Ein [[DNA]]-Dotplot des menschlichen Zink-Finger Transkriptionsfaktors (GenBank ID NM_002383) zeigt regionale Selbst-Ähnlichkeiten.]]

Ein '''Dotplot''' (englisch für „Punktauftragung“) ist eine graphische Methode der [[Bioinformatik]] zwei biologische Sequenzen miteinander (oder eine Sequenz mit sich selbst) zu vergleichen. Dabei werden die Sequenzen auf die horizontale und vertikale Achse (oben und links) aufgetragen und Übereinstimmungen zwischen einer Zeile und Spalte an der entsprechenden Schnittstelle durch einen Punkt (englisch „dot“) markiert.

Der Dotplot dient der Auffindung von ähnlichen bzw. übereinstimmenden Regionen. Diese Darstellung wurde erstmals 1970 von Gibbs und McIntyre publiziert und wurde seitdem weiterentwickelt.<ref>{{Literatur |Autor=Adrian J. Gibbs, George A. Mcintyre |Titel=The Diagram, a Method for Comparing Sequences. Its Use with Amino Acid and Nucleotide Sequences |Sammelwerk=European Journal of Biochemistry |Band=16 |Nummer=1 |Datum=1970-09 |ISSN=0014-2956 |Seiten=1–11 |DOI=10.1111/j.1432-1033.1970.tb01046.x}}</ref> Obwohl fast 50 Jahre alt, finden Dotplots noch immer Eingang in aktuelle Publikationen, wie z. B. bei der Analyse der epigenetischen Steuerung in Pflanzen.<ref>{{Literatur |Autor=Aoi Hosaka, Raku Saito, Kazuya Takashima, Taku Sasaki, Yu Fu |Titel=Evolution of sequence-specific anti-silencing systems in Arabidopsis |Sammelwerk=Nature Communications |Band=8 |Nummer=1 |Datum=2017-12 |ISSN=2041-1723 |Online=http://www.nature.com/articles/s41467-017-02150-7 |Abruf=2018-05-13 |DOI=10.1038/s41467-017-02150-7 |PMC=5735166 |PMID=29255196}}</ref>

== Interpretation ==
Auf dem Bild rechts ist eine [[Desoxyribonukleinsäure|DNA]]-Sequenz mit sich selbst verglichen worden. Neben der zu erwartenden, vollständigen Übereinstimmung der Sequenz, erkennbar durch die Diagonale (links oben nach rechts unten), ergeben sich noch weitere, regionale Ähnlichkeiten.

Eine Unterbrechung der Diagonalen mit nach unten oder rechts verschobener Fortsetzung würde Insertionen (z. B. [[Intron]]s) bzw. Deletionen aufzeigen (hier nicht der Fall).
Linien außerhalb der Hauptdiagonalen stehen für ähnliche oder repetitive Einheiten.

== Siehe auch ==
* [[Rekurrenzplot]]
* [[Sequenzalignment]]

== Programme zur Erzeugung von Dotplots ==

* [http://www.csb.yale.edu/userguides/graphics/whatif/html/chap13.html ANACON] – Kontaktanalyse von Dotplots.
* [http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet Dotlet] – Programm zur Dotplot-Generierung.
* [http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/dotmatcher dotmatcher]<ref>{{Literatur |Autor=Peter Rice, Ian Longden, Alan Bleasby |Titel=EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite |Sammelwerk=Trends in Genetics |Band=16 |Nummer=6 |Datum=2000-06 |ISSN=0168-9525 |Seiten=276–277 |Online=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168952500020242 |Abruf=2018-05-13 |DOI=10.1016/s0168-9525(00)02024-2}}</ref> – Teil der EMBOSS-suite, Webformular für die Dotplot-Generierung.
* [http://www.ac-nice.fr/svt/productions/html5/dotplot/index.htm?arn=true Dotplot] – kleines HTML5 Tool für den Unterricht fürü Dotplots von RNA-Sequenzen.
* [https://github.com/evolvedmicrobe/dotplot dotplot] – R Package für traditionelle oder ggplot Dotplots.
* [http://sonnhammer.sbc.su.se/Dotter.html Dotter]<ref>{{Literatur |Autor=Erik L.L. Sonnhammer, Richard Durbin |Titel=A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis |Sammelwerk=Gene |Band=167 |Nummer=1–2 |Datum=1995-12 |ISSN=0378-1119 |Seiten=GC1–GC10 |Online=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0378111995007148 |Abruf=2018-05-13 |DOI=10.1016/0378-1119(95)00714-8}}</ref> – Interaktives Standalone Tool zur Dotplot-Generierung in Linux.
* [http://virology.uvic.ca/virology-ca-tools/jdotter/ JDotter]<ref>{{Literatur |Autor=Ryan Brodie, Rachel L. Roper, Chris Upton |Titel=JDotter: a Java interface to multiple dotplots generated by dotter |Sammelwerk=Bioinformatics |Band=20 |Nummer=2 |Datum=2004-01-22 |ISSN=1367-4803 |Seiten=279–281 |Online=https://academic.oup.com/bioinformatics/article/20/2/279/204948 |Abruf=2018-05-13 |DOI=10.1093/bioinformatics/btg406}}</ref> – Java-Version von Dotter.
* [https://github.com/molbio-dresden/flexidot Flexidot]<ref>{{Literatur |Autor=Kathrin M. Seibt, Thomas Schmidt, Tony Heitkam |Titel=FlexiDot: Highly customizable, ambiguity-aware dotplots for visual sequence analyses |Sammelwerk=Bioinformatics |DOI=10.1093/bioinformatics/bty395 |Online=https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/bty395/4995848 |Abruf=2018-05-14}}</ref> – Python-basierte, Feature-reiche Dotplot-Suite für Generierung von Dotplots.
* [http://cube.univie.ac.at/gepard Gepard]<ref>{{Literatur |Autor=Jan Krumsiek, Roland Arnold, Thomas Rattei |Titel=Gepard: a rapid and sensitive tool for creating dotplots on genome scale |Sammelwerk=Bioinformatics |Band=23 |Nummer=8 |Datum=2007-04-15 |ISSN=1367-4803 |Seiten=1026–1028 |Online=https://academic.oup.com/bioinformatics/article/23/8/1026/198110 |Abruf=2018-05-13 |DOI=10.1093/bioinformatics/btm039}}</ref> – Interaktives Dotplot-Tool für die Generierung von Dotplots zum Vergleich ganzer Genome
* [http://sourceforge.net/projects/genomdiff Genomdiff] – Java Dotplot-Program für virale Genome.
* [http://www.geny-online.de/ GenY] – Webanwendung, in der Dotplots generiert werden können.
* [https://www.bx.psu.edu/~rsharris/lastz/ lastz] und [http://globin.bx.psu.edu/dist/laj/ laj] – Programme für die Visualisierung von Genomalignments.
* [https://cran.r-project.org/web/packages/seqinr/index.html seqinr] – R Package für Dotplot-Generierung.
* [https://genomevolution.org/coge/SynMap.pl SynMap] – Web-basiertes Tool, um Dotplots für viele Genome zu generieren. Durch die Genomik-Plattform CoGe ist der Zugang zu einer umfangreichen Datenbank möglich.
* {{Webarchiv | url=https://ugene.unipro.ru/wiki/display/UUOUM15/Dotplot | wayback=20160416103836 | text=UGENE Dot Plot viewer}} – Open-Source-Software Dotplot.
* [http://www.code10.info/index.php?view=category&id=52%3Acat_coding_algorithms_dot-plots&option=com_content&Itemid=56 Grundlagenartikel zum Thema Dot-plots mit Referenzen und Beispielalgorithmen zur Erzeugung (in englischer Sprache)], sowie einer stand-alone [http://www.code10.info/index.php?view=article&catid=50%3Acat_coding_software_serolis&id=63%3Aserolis-software-package-for-dot-plot-creation&option=com_content&Itemid=61 Software] zur Erzeugung kleiner und mittler Dot-plots.

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Bioinformatik]]

Dotplot - Versionsgeschichte

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