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2026-04-16T19:38:36Z

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{{Dieser Artikel|behandelt den genetischen Begriff Contig. CONTIG ist in der Luftfahrt eine Abkürzung für „continuing“, siehe [[Abkürzungen/Luftfahrt/B–D#C]].}}
[[Datei:PET contig scaffold.png|mini|Überlappende Sequenzen aus der PET-DNA-Sequenzierung.]]

Ein '''Contig''' (von engl. {{lang|en|'''contig'''uous}} = angrenzend, zusammenhängend) ist ein Satz überlappender [[Desoxyribonukleinsäure|DNA]]- oder [[Protein]]-Stücke ({{lang|en|''reads''}}), die von derselben genetischen Quelle stammen.<ref>A. Guthals, K. R. Clauser, N. Bandeira: ''Shotgun protein sequencing with meta-contig assembly.'' In: ''Molecular & cellular proteomics : MCP.'' Band 11, Nummer 10, Oktober 2012, {{ISSN|1535-9484}}, S. 1084–1096, {{DOI|10.1074/mcp.M111.015768}}, PMID 22798278, {{PMC|3494147}}.</ref> Ein solches Contig kann dazu genutzt werden, die Original-DNA-Sequenz dieser genetischen Quelle (z. B. die Sequenz eines [[Chromosom]]s) abzuleiten.

Eine Contig-Karte zeigt die relative Reihenfolge einer zusammengehörenden Contig-Bibliothek, die z. B. ein komplettes [[Chromosom]] darstellen.

== MAGs ==
Ein damit zusammenhängender Begriff ist ein '''MAG''' ({{lang|en|'''m'''etagenome-'''a'''ssembled '''g'''enome|de=Metagenom-assembliertes Genom}}), das ein gesamtes aus solchen Bruchstücken zusammengesetztes vermutetes (vorhergesagtes) Genom bezeichnet.<ref name=Farag2021>Ibrahim F. Farag, Rui Zhao, Jennifer F. Biddle: {{Webarchiv |url=https://aem.asm.org/content/87/9/e02584-20/article-info |wayback=20210503050600 |text=“Sifarchaeota,” a Novel Asgard Phylum from Costa Rican Sediment Capable of Polysaccharide Degradation and Anaerobic Methylotrophy}}, in: ASM Appl Environ Microbiol 87:e02584-20, Epub 13. April 2021, [[doi:10.1128/AEM.02584-20]], PMID 33608286.<br />Preprint: [https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/10/14/2020.10.14.339440.full.pdf “Sifarchaeota” a novel Asgard phylum capable of polysaccharide degradation and anaerobic methylotrophy], auf: [[Cold Spring Harbor Laboratory|CSH]] bioRxiv vom 14. Oktober 2020, [[doi:10.1101/2020.10.14.339440]], [https://www.researchgate.net/publication/346238024_Sifarchaeota_a_novel_Asgard_phylum_capable_of_polysaccharide_degradation_and_anaerobic_methylotrophy ResearchGate].</ref><ref name=Caceres2019>
Eva F. Caceres: [http://uu.diva-portal.org/smash/record.jsf?pid=diva2%3A1355107&dswid=-4413 Genomic and evolutionary exploration of Asgard archaea], Doctoral thesis, Uppsala University, Disciplinary Domain of Science and Technology, Biology, Department of Cell and Molecular Biology, 12. November 2019. Siehe insbesondere §Genome binning.
</ref>

{{Anker|GVMAGs}}Ein davon abgeleiteter Begriff ist „GVMAG“ ({{lang|en|giant virus MAG}}), der ein [[Riesenvirus]]-MAG bezeichnet und in der [[Metagenomik]] der ''[[Nucleocytoviricota]]'' (NCLDVs) gebräuchlich ist.

{{Anker|Chimären}}Die durch fehlerhafte Aneinanderreihung entstandenen Sequenzen nennt man (Sequenz-)Chimären. zur Erkennung solcher Fehler wurde beispielsweise von [[Phil Hugenholtz]] ab 2001 das Programm [[Bellerophon (Software)|Bellerophon]] entwickelt.<ref name="jgi">
[https://jgi.doe.gov/wp-content/uploads/2013/12/2.1primer011205.pdf ''JGI Faces: Phil Hugenholtz—Bug Hunter from Down-Under''] (PDF; 1,3 MB). In: ''the PRIMER''. DOE Joint Genome Institute, US Department of Energy, Office of Science, Band 2, Nr. 1, S. 2–3, Januar 2005.
</ref><ref name="jgi-archive">
[https://web.archive.org/web/20100826114901/http://www.jgi.doe.gov/research/hugenholtz.html Phil Hugenholtz]. JGI, DOE Joint Genome Institute, US Department of Energy. Research Groups: Microbial Ecology. Stand: 11. Juni 2008, Memento im Webarchiv vom 26. August 2010.</ref>

== Sequenzierung ==
Bei der [[DNA-Sequenzierung]] und insbesondere beim [[Shotgun Sequencing]] muss die DNA-Sequenz bzw. bei der [[De-Novo-Peptidsequenzierung]] muss die Aminosäuresequenz durch Aneinanderreihung der verschiedenen Contigs ermittelt werden.<ref>{{cite journal |author=Rodger Staden |date=1979 |title=A strategy of DNA sequencing employing computer programs |journal=Nucleic Acids Research |volume=7 |pages=2601–2610 |pmc=327874 |language=en}}</ref> Für eine Genomsequenzierung wird zur Vorbereitung oftmals die [[genom]]ische DNA fragmentiert und die Bruchstücke anschließend vervielfältigt. Die einzelnen DNA-Stränge besitzen dann unterschiedliche, teilweise überlappende Sequenzen, die durch die Aneinanderreihung die vollständige Sequenz ergeben.<ref>S. H. Lin, Y. C. Liao: ''CISA: contig integrator for sequence assembly of bacterial genomes.'' In: ''PloS one.'' Band 8, Nummer 3, 2013, {{ISSN|1932-6203}}, S. e60843, {{DOI|10.1371/journal.pone.0060843}}, PMID 23556006, {{PMC|3610655}}.</ref><ref>Z. Frenkel, E. Paux, D. Mester, C. Feuillet, A. Korol: ''LTC: a novel algorithm to improve the efficiency of contig assembly for physical mapping in complex genomes.'' In: ''BMC Bioinformatics.'' Band 11, 2010, {{ISSN|1471-2105}}, S. 584, {{DOI|10.1186/1471-2105-11-584}}, PMID 21118513, {{PMC|3098104}}.</ref>

Ein Contig entsteht unter der Annahme, dass die zugehörigen Reads korrekt sind. Es gibt aber bei allen bisher genutzten Sequenziermethoden Schwächen, die oft auch bekannt sind und deren Einfluss von den Herstellern zu minimieren versucht wird. Ein Contig kann auch schon aus einem einzelnen Read bestehen, aber jeder überlappende Read (am besten aus verschiedenen Richtungen oder sogar durch eine andere Sequenziermethode) erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass hier die Wirklichkeit zu sehen ist.

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Genetik]]
[[Kategorie:Bioinformatik]]

Contig - Versionsgeschichte

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