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{{Infobox Chemikalie
| Strukturformel = [[Datei:6 FAM phosphoramidite.svg|250px|Struktur von 6-FAM-phosphoramidit]]
| Andere Namen = * 6-FAM-amidit
* [(3',6'-Dipivaloylfluoresceinyl)-6-carboxamidohexyl]-1-''O''-(2-cyanoethyl)-(''N'',''N''-diisopropyl)-phosphoramidit
* 2,2-Dimethylpropansäure-1,1′-(6-{10-[bis(1-methylethyl)amino]-13-cyano-1-oxo-9,11-dioxa-2-aza-10-phosphatridec-1-yl}-3-oxospiro[isobenzofuran-1(3''H''),9′-(9''H'')xanthen]-3′,6′-diyl)ester ([[IUPAC-Nomenklatur|IUPAC]])
| Summenformel = C46H58N3O10P
| CAS = {{CASRN|204697-37-0|KeinCASLink=1}}
| PubChem = 16211911
| ChemSpider = 17339829
| Beschreibung = schwach gelbes Pulver<ref name="sigma">{{Sigma-Aldrich|sial|30372|Abruf=2017-05-22}}</ref>
| Molare Masse = 843,94 g·mol−1
| Aggregat = fest<ref name="sigma" />
| Dichte =
| Schmelzpunkt =
| Siedepunkt =
| Dampfdruck =
| Löslichkeit =
| Quelle GHS-Kz = <ref name="sigma" />
| GHS-Piktogramme = {{GHS-Piktogramme|-}}
| GHS-Signalwort =
| H = {{H-Sätze|-}}
| EUH = {{EUH-Sätze|-}}
| P = {{P-Sätze|-}}
| Quelle P = <ref name="sigma" />
| MAK =
}}

'''6-FAM-phosphoramidit''', auch '''6-FAM-amidit''', ist das [[Phosphoramidit-Synthese|Phosphoramidit]]-Derivat des [[6-Carboxyfluorescein]] (FAM), ein [[Fluoreszenzfarbstoff]], der bei in der Synthese von [[Oligonukleotid]]en zur Erzeugung von [[Real Time Quantitative PCR|Hydrolisierungssonden]] für [[Real time quantitative PCR|Real-Time-PCR]]-Assays und somit zum quantitativen Nachweis von [[Nukleinsäuresequenz]]en verwendet wird.

== Herstellung ==
Zunächst wird der Vorläufer für die [[Phosphoramidit-Synthese|Phosphoramidit]]-Einheit synthetisiert. Dazu wird [[Phosphortrichlorid]] erst mit [[Ethylencyanhydrin|3-Hydroxypropionitril]] und dann mit [[Diisopropylamin]] umgesetzt. Die Fluorescein-Einheit wird ausgehend von [[Resorcin]] und [[Trimellitsäureanhydrid]] hergestellt. Die Estergruppen werden mittels [[Pivaloylchlorid]] eingeführt. Die Verbindung wird zunächst ''in situ'' mittels [[Nitrophenole|4-Nitrophenol]] und [[Dicyclohexylcarbodiimid]] in einen Nitrophenylether überführt. Dieser reagiert mit [[6-Aminohexanol]], wodurch die C6-Kette als Brücke eingeführt wird. Reaktion mit dem separat synthetisierten Phosphorreagenz ergibt das 6-FAM-Phosphoramidit.<ref>{{Literatur |Autor=Alexander Stepakov, Svetlana Galkina, Denis Bogomaz, Elena Gaginskaya, Alsu Saifitdinova |Titel=Modified Synthesis of 6-carboxyfluorescein (6-FAM): Application to Probe Labeling for Conventional Cytogenetics |Sammelwerk=British Journal of Applied Science & Technology |Band=7 |Nummer=4 |Datum=2015-01-10 |DOI=10.9734/bjast/2015/15991 |Seiten=423–428}}</ref>

== Verwendung ==
6-FAM-phosphoramidit ist ein Reporter-Farbstoff, der kovalent an das 5’-Ende der Sonde gebunden ist, die für das Farbsignal der Reaktion verantwortlich ist. Die Anregungs[[wellenlänge]] von 6-FAM-phosphoramidit liegt bei 496 nm, die Emissionswellenlänge bei 520 nm. Am 3’-Ende der Sonde ist ein [[Quenching-Effekt|Quencher]]-Farbstoff gebunden (z. B. TAMRA). Die mit einer 5’-[[Exonuklease]]aktivität ausgestattete [[Taq-Polymerase]] löst den Reporterfarbstoff von der [[DNA]] ab. Nach der vollständigen Synthese des PCR-Produkts wird auch der Quencherfarbstoff frei. Durch die räumliche Trennung gibt der Reporterfarbstoff nach Anregung ein Fluoreszenzsignal. Wird hingegen die intakte Sonde angeregt, so unterdrückt der Quencherfarbstoff aufgrund der räumlichen Nähe zum Reporterfarbstoff dessen [[Fluoreszenz]].<ref>Thomas A. Schild, [https://www.uniklinik-freiburg.de/fileadmin/mediapool/07_kliniken/med_innere1/downloads/core_facility Einführung in die Real-Time TaqMan™ PCR-Technologie], 28. Mai 1998, abgerufen am 1. Oktober 2024</ref><ref name="sigma2">{{Sigma-Aldrich|sigma|m041130|Abruf=2024-10-01}}</ref>

== Einzelnachweise ==
<references />

== Weblinks ==
* Thomas A. Schild: ''[http://www.core-facility.uni-freiburg.de/lc480/lc480obj/sdsman Einführung in die Real-Time Taqman PCR-Technologie]''. 7700 SDS Workshop

{{DEFAULTSORT:Fam-phosphoramidit}}
[[Kategorie:Xanthen]]
[[Kategorie:Phthalid]]
[[Kategorie:Benzamid]]
[[Kategorie:Propansäureester]]
[[Kategorie:Phosphorigsäureester]]
[[Kategorie:Säureamid]]
[[Kategorie:Nitril]]
[[Kategorie:Spiroverbindung]]
[[Kategorie:Fluoreszenzfarbstoff]]
[[Kategorie:N,N-Dialkylamid]]

6-FAM-phosphoramidit - Versionsgeschichte

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