Quelltext der Seite SABIO-Reaction Kinetics Database

'''SABIO-RK''' ('''S'''ystem for the '''A'''nalysis of '''Bio'''chemical Pathways – '''R'''eaction '''K'''inetics)  ist eine web-zugängliche [[Datenbank]], welche umfassende Informationen über [[Chemische Reaktion#Biochemische Reaktionen|biochemische Reaktionen]] und ihre [[Kinetik (Chemie)|kinetischen]] Eigenschaften speichert.<ref>{{Literatur |Autor=U. Wittig, M. Rey, A. Weidemann, R. Kania, W. Müller |Titel=SABIO-RK: an updated resource for manually curated biochemical reaction kinetics. |Sammelwerk=Nucleic Acids Research |Band=46 |Nummer=D1 |Datum=2018-01-04 |Seiten=D656–D660 |DOI=10.1093/nar/gkx1065 |PMID=29092055}}</ref><ref>{{Literatur |Autor=U. Wittig, R. Kania, M. Golebiewski, M. Rey, L. Shi, L. Jong, E. Algaa, A. Weidemann, H. Sauer-Danzwith, S. Mir, O. Krebs, M. Bittkowski, E. Wetsch, I. Rojas, W. Müller |Titel=SABIO-RK--database for biochemical reaction kinetics. |Sammelwerk=Nucleic Acids Research |Band=40 |Nummer=Database issue |Datum=2012-01 |Seiten=D790-6 |DOI=10.1093/nar/gkr1046 |PMID=22102587}}</ref><ref>{{Literatur |Autor=I. Rojas, M. Golebiewski, R. Kania, O. Krebs, S. Mir, A. Weidemann, U. Wittig |Titel=Storing and annotating of kinetic data |Sammelwerk=In Silico Biology |Band=7 |Nummer=2 Suppl |Datum=2007 |Seiten=37–44 |PMID=17822389}}</ref><ref>{{Literatur |Autor=Ulrike Wittig, Martin Golebiewski, Renate Kania, Olga Krebs, Saqib Mir, Andreas Weidemann, Stefanie Anstein, Jasmin Saric, Isabel Rojas |Titel=Data Integration in the Life Sciences |Reihe=Lecture Notes in Computer Science |BandReihe=4075 |Datum=2006 |ISBN=3-540-36593-1 |Kapitel=SABIO-RK: Integration and Curation of Reaction Kinetics Data |Seiten=94–103 |DOI=10.1007/11799511_9}}</ref><ref>Wolfgang Müller: [https://www.spektrum.de/magazin/datengetriebene-wissenschaft-pfade-im-informationsdschungel/1129374 ''Datengetriebene Wissenschaft: Pfade im Informationsdschungel.''] In: ''[[Spektrum der Wissenschaft]].'' Dezember 2011. Auf Spektrum.de ([https://www.spektrum.de/pdf/sdw-11-12-hits-s026-pdf/1129402?file PDF]; 554,16&nbsp;kB), abgerufen am 12.&nbsp;Mai 2022.</ref>

Im Gegensatz zu anderen Datenbanken, welche entweder als Enzymdatenbank ([[BRENDA]]) oder Proteindatenbank ([[UniProt]]) oder Modelldatenbank (BioModels, JWS Online) angelegt sind, repräsentiert SABIO-RK eine Reaktions-orientierte Datenbank mit quantitativen Informationen zur Reaktionsdynamik.

Die Dynamik biochemischer Reaktionen ist von zentraler Bedeutung in [[Biologie]] und [[Medizin]] für das Verständnis zellulärer Vorgänge und bei der Entwicklung von Medikamenten. Die experimentell erhaltenen Daten zur quantitativen Beschreibung von Reaktionsdynamik und [[Enzymkinetik]] werden manuell aus der Literatur extrahiert und in standardisierter Form in SABIO-RK gespeichert. Der Inhalt der Datenbank umfasst kinetische [[Parameter (Mathematik)|Parameter]] in Bezug auf biochemische Reaktionen und ihre biologischen Quellen. Darüber hinaus werden kinetische Geschwindigkeitsraten von [[Enzyme]]n und die entsprechenden Gleichungen sowie die zugehörigen experimentellen Bedingungen gespeichert. Alle Daten werden von biologischen Experten manuell kuratiert und kommentiert, unterstützt durch automatisierte Konsistenzprüfungen. Auf SABIO-RK kann über web-basierte Benutzeroberflächen oder automatisch über Web Services zugegriffen werden. Beide Schnittstellen unterstützen den Export der Daten zusammen mit entsprechenden [[Annotation#Biologie|Annotationen]] in [[Systems Biology Markup Language|SBML (Systems Biology Markup Language)]], beispielsweise für den Import in Modellierungs-Werkzeugen. SABIO-RK wird am [[Heidelberger Institut für Theoretische Studien|Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS)]] gepflegt und weiter entwickelt.

Gegenwärtig sind in SABIO-RK etwa 71.000 einzelne kinetische Datensätze gespeichert, welche aus über 7.300 Publikationen stammen<ref>[http://sabio.h-its.org/layouts/content/statistic.gsp Statistics of SABIO-Reaction Kinetics Database Status: 2021-10] abgerufen am 16. Oktober 2021.</ref> (Stand Oktober 2021). Annotationen erfolgen zu einer Reihe weiterer Datenbanken, darunter [[Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes|KEGG]], [[ChEBI]], [[PubChem]], [[UniProt]], [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]], [[Reactome]], [[BRENDA]], MetaCyc, BioModels, und [[PubMed]].

== Zugang zu SABIO-RK ==
Für akademische und nicht-kommerzielle Nutzer ist die Nutzung von SABIO-RK kostenlos. Kommerzielle Nutzer benötigen eine Lizenz.
Die gespeicherten Daten sind auf verschiedenen Wegen abrufbar:
* Web-basiert (Browser): die Datenbank lässt sich mit verschiedenen Kriterien nach kinetischen Daten durchsuchen. Zu diesen Kriterien zählen u.&nbsp;a. die Suche nach [[Substrat (Biochemie)|Substraten]], Produkten, [[Kofaktor (Biochemie)|Coenzymen]], [[Inhibitor]]en, [[Enzym]]namen, [[EC-Nummer]]n, [[Gewebe (Biologie)|Geweben]], [[Organismus|Organismen]], [[Publikation]]en, [[Enzymkinetik|kinetischen Parametertypen]], [[Zelle (Biologie)|zellulärer Lokalisationen]] oder [[Stoffwechselweg]]en.
* Daneben werden Webservices zur Verfügung gestellt, welche die kinetischen Informationen auf automatisierte Anfrage weiterleiten ([[Representational State Transfer|REST]]-konforme Schnittstellen).

== Weblinks ==
* [http://sabio.h-its.org/ Offizielle SABIO-RK Webseite]

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Biochemie-Onlinedatenbank]]
[[Kategorie:Enzymkinetik]]