SSCP

2025-03-16T12:42:44Z

31.18.248.228: Es wird richtig auf die 16S-rRNA verwiesen durch den Link. Im Text steht jedoch 16S-rDNA.

Unter '''SSCP''' (englisch ''single strand conformation polymorphism'') versteht man ein [[molekular]]es Nachweisverfahren, welches die Zusammensetzung und Veränderung von mikrobiellen Lebensgemeinschaften charakterisiert.<ref>A. Schmalenberger, C. C. Tebbe: ''Profiling the diversity of microbial communities with single-strand conformation polymorphism (SSCP).'' In: ''Methods in molecular biology.'' Band 1096, 2014, S. 71–83, {{ISSN|1940-6029}}. {{DOI|10.1007/978-1-62703-712-9_6}}. PMID 24515361.</ref><ref>P. Kozlowski, W. J. Krzyzosiak: ''Economical protocol for combined single-strand conformation polymorphism and heteroduplex analysis on a standard capillary electrophoresis apparatus.'' In: ''Methods in molecular biology.'' Band 653, 2010, S. 181–192, {{ISSN|1940-6029}}. {{DOI|10.1007/978-1-60761-759-4_10}}. PMID 20721743.</ref> Sie zählt zu den „DNA-Fingerprint“-Methoden.

== Prinzip ==
'''Ablauf''': Mit einer Probe wird eine [[DNA-Extraktion]] vorgenommen, wodurch die DNA der Lebensgemeinschaft erhalten wird. Mit dieser wird eine [[Polymerase-Kettenreaktion]] mit universellen [[Primer]]n für die 16S-[[rRNA]] durchgeführt.<ref>S. R. Hiibel, A. Pruden, B. Crimi, K. F. Reardon: ''Active community profiling via capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism analysis of amplified 16S rRNA and 16S rRNA genes.'' In: ''Journal of microbiological methods.'' Band 83, Nummer 3, Dezember 2010, S. 286–290, {{ISSN|1872-8359}}. {{DOI|10.1016/j.mimet.2010.10.002}}. PMID 20940021.</ref> Hierbei handelt es sich auf der einen Seite um einen universellen Rückwärtsprimer mit Phosphatgruppe und auf der anderen Seite um einen universellen Vorwärtsprimer. Die in der PCR entstandenen DNA-Doppelstränge werden mit einer Lambda-[[Exonuklease]] verdaut, so dass nur noch DNA-Einzelstränge ohne Phosphatgruppe übrig bleiben. Mit den Einzelsträngen findet nun eine [[Gelelektrophorese]] statt. Nach Anfärben (z. B. per [[Silberfärbung]]) der DNA im Gel können einzelne Banden aus dem Gel ausgeschnitten, kloniert und sequenziert werden.

'''Vorteile''' von molekularen „Fingerprint“-Methoden:
* Möglichkeit der simultanen Analyse von einer großen Anzahl an Proben
* Komplexe Populationsdynamiken von Mikroorganismen können erfasst werden

'''Nachteil''' von molekularen „Fingerprint“-Methoden:
* Es werden nur Mikroorganismengruppen erfasst, deren DNA-Anteil über 10 % der originalen Probe ausmacht

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Molekularbiologie|Sscp]]
[[Kategorie:Abkürzung]]

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